首页 > 文献资料
-
宁夏HIV/AIDS抗病毒治疗人群HIV病毒基因亚型及耐药研究
目的 调查分析宁夏地区接受抗病毒治疗的艾滋病病人HIV病毒基因亚型和耐药突变流行情况,指导抗病毒药物的选择.方法 收集宁夏地区接受抗病毒治疗的人群中HIV-1感染者的血浆,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和套式聚合酶链反应(Nested-PCR)方法,扩增蛋白酶(PR)基因区和反转录酶(RT)基因区,并对扩增片断进行序列测定和分析,用Mega等软件构建进化树、亚型及耐药研究.结果 共获得17例HIV-1完整的PR和RT基因序列,10例产生15个耐药位点致使7例AIDS耐药,总耐药率为8.3％,其中1份样本产生了核苷类抑制剂(NRTI)和非核苷类抑制剂(NNRTI)耐药性突变,1份样本产生蛋白酶抑制剂(PI)主要耐药突变,4份样本产生PI次要耐药突变;1份样本产生了NRTI耐药性突变,5份样本产生了NNRTI耐药性突变.非核苷类耐药性突变、核苷类耐药性突变和PI次要耐药突变位点分别以V179E、Y181C、V179D、K101E、G190A和M46LM、L10LV、A71 AT为主.结论 宁夏已经出现了针对蛋白酶抑制剂耐药的毒株、核苷类抑制剂和非核苷类抑制剂双重耐药的毒株,有必要对未进行抗病毒治疗的感染者进行耐药监测.
-
北京入境人员中HIV-1感染毒株的序列特征和亚型分析
[目的] 了解北京入境人员中HIV-1型感染毒株的分子流行病学特征.[方法] 采集12份确认为HIV-1型感染者的全血,分离单核细胞(PNMC),提取前病毒DNA,通过套式PCR扩增得到12份样品的结果,并对其env C2-V3区进行序列测定和分析.[结果] 得到的样品分别属于HIV-1型的A、B、C亚型和重组AE型流行株.[结论] 北京口岸入境人员中HIV-1型毒株的感染情况比较复杂.提示应加强对入境人员的HIV-1的检测,防止其它亚型的HIV-1型毒株传入我国.
-
南方五省口岸蚊类携带虫媒病毒调查
[目的]掌握南方口岸蚊媒携带病毒的本底资料,为蚊传疾病的预防控制工作提供依据.[方法]采用电动吸蚊器人工法和捕蚊磁场自动法采集南方5省口岸各类蚊虫.采集到的蚊类超低温送至实验室,研磨处理后用荧光PCR方法检测登革病毒、乙脑病毒、黄热病毒、西尼罗病毒、基孔肯雅病毒等重要蚊媒病毒,结果阳性的标本进一步进行PCR扩增和核苷酸序列测定分析;蚊标本研磨液同时用C6/36细胞进行虫媒病毒分离培养,出现细胞病变后分别用黄病毒科、甲病毒科各自的通用引物进行鉴定;对未能鉴定的未知病毒进一步用随机PCR方法进行扩增、克隆、序列测定、Blast搜索.[结果]从南方5省口岸采集到各类蚊虫12575只,鉴定后共分成254组.各组标本经荧光PCR方法检测,结果登革病毒、黄热病毒、西尼罗病毒、基孔肯雅病毒均为阴性;检测到2份福建省来源三带喙库蚊的标本乙脑病毒核酸阳性,经乙脑病毒E基因引物PCR扩增、测序分析证实为G Ⅰ型病毒.254份标本经C6/36细胞分离培养出现42份细胞病变,用黄病毒科、甲病毒通用引物PCR扩增,均未得到特异片段.选取1份典型病变的细胞培养物进行随机PCR鉴定,结果发现了1种潜伏于C6/36细胞中的浓核病毒.[结论]南方5省口岸蚊媒中可能未携带登革病毒、黄热病毒、西尼罗病毒、基孔肯雅病毒等重要蚊媒病毒,只有少量蚊虫携带乙脑病毒,蚊虫体内检测到的G Ⅰ型乙脑病毒属于福建省首次发现,出现病变的C6/36细胞可能是由自身潜伏的1种C6/36细胞浓核病毒引起.
-
河南省豫东南地区420例HIV感染者亚型分析
目的 了解河南省豫东南地区HIV-1流行株的亚型及序列变异特征.方法 在河南省豫东南地区的上蔡县及尉氏县采集420例有偿献血HIV-1感染者静脉血,分离单个核细胞(PBMC),用套式聚合酶链反应(nestPCR)对单个核细胞中前病毒脱氧核糖核酸(DNA)的膜蛋白(env)基因进行扩增,并对其C2-V3及邻区350～450个核苷酸序列进行了测定和分析.结果 420份样品间的基因离散率为8.37%.与国际A-E亚型参考序列及部分地区B′亚型代表株序列相比较,河南省上蔡县及尉氏县的420个毒株及流行与我国云南德宏、四川等地的B′亚型毒株序列接近,均属于泰国B′亚型,基因离散率为6.94%.系统树分析显示,420份样品仍和泰国B′亚型聚集,远离其他国际亚型.对V3环四肽序列的分析表明,具有泰国B′亚型基因型GPGQ的300例,具有欧美B′亚型的GPGR的70例.结论 根据以上数据及其他资料提示,目前河南省上蔡县及尉氏县的既往献血人群中,泰国B′亚型依然占主导地位,该流行区毒株的传入与流行在云南德宏州的相同亚型HIV-1毒株密切相关.但是根据其离散率及系统树的结果提示,既往献血人群中泰国B′亚型有向其他亚型进一步变异的趋势,应引起有关部门的注意.
-
福建省2012-2014年登革病毒E蛋白基因序列研究
目的 测定分析福建省2012 2014年登革病毒E基因序列,探讨病毒传播来源及基因型.方法 收集福建省2012-2014年登革热患者血清样本33份,RT-PCR法扩增登革病毒E基因,测定基因序列并绘制系统发育树,结合流行病学资料分析.结果 福建省2012-2014年登革热主要来源仍为输入性,可能来源于东南亚国家,以DENV-1和DENV-2基因型为主.基于E基因系统进化分析表明,福建省2012-2014年DENV-1属于Genetype Ⅰ、Genetype Ⅳ和Genetype Ⅴ;DENV-2基因型均为Cosmopolitan(混合型).结论 福建省2012-2014年登革病例仍以输入为主,存在输入引起本地感染的风险,应加强出入境人员的监测工作.
-
山西省吸毒人员丙型肝炎病毒的基因分型和序列分析
目的探讨山西省吸毒人群中HCV基因型分布现状和基因特征.方法采集太原强制戒毒所576份吸毒人员血清标本,用ELISA法进行抗HCV的检测;检出抗HCV阳性的血清进一步用型特异性引物RT-巢式PCR法进行基因分型,选择1b型和2a型各一株进行PCR产物直接测序.结果576份吸毒人员的抗HCV检出率为7.5%其中本省的抗HCV检出率为5.7%,外省为27.7%,外省吸毒者的抗HCV检出率非常显著高于山西省吸毒者(χ2=30.32,P＜0.01).山西省吸毒人群的HCV基因型以1b型为主(78.9%),其次为2a型(15.8%)和1b/2a混合型(5.3%);未检出1a型、2b型和3a型,但山西省分型阳性者中口吸者居多(84.2%).山西吸毒者HCV 1b型分离株在其核心区的144个核苷酸序列中,与日本、河北、上海、湖南及邻省的同源性都在94%以上,与湖南株的同源性好(97%);而推导的氨基酸序列与日本的差异大(7%).山西吸毒者HCV 2a型分离株在其核心区的174个cD-NA核苷酸序列和推导的氨基酸序列中与日本的同源性分别为94%和96%,但氨基酸的变异小于核苷酸.值得注意的是,nt 522和nt 564(核心区第209和223位)的变异是所有中国1b型株的共同特征.结论山西省吸毒人群中HCV基因型以1b为主.在同一亚型中,山西吸毒者的HCV分离株在核心区部分序列与日本及国内其他地区的分离株有一定差异,但不显著.
-
1998-2002年杭州市流感病毒的HA1序列及与推荐疫苗株的比较研究
近年来,杭州市在部分人群中进行了流感灭活疫苗的接种.为了解杭州市当前甲型和乙型流感毒株HA1区氨基酸序列的变化情况及与流感疫苗株相应序列的关系,我们对1998-2002年于杭州分离的甲1、甲3和乙型流感病毒毒株HA1片段进行核酸序列测定,并与WHO推荐的流感疫苗株HA1序列进行比较分析,现将结果报告如下.
-
河南省人免疫缺陷病毒1型流行现状研究
目的 了解河南省人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株的亚型状况及序列变异、流行特征,分析其传播来源和传播规律.方法 对2006-2007年在河南省采集的1287例HIV-1感染者抽取静脉血,用巢式聚合酶链反应(nest-PCR)对单个核细胞中前病毒脱氧核糖核酸的env基因和gag基因进行扩增,并测定和分析核苷酸序列.结果 1287份样本中存在B'、C亚型及BC、AE两个重组亚型,其在所有分析样本中的比例分别为95.882%(1234/1287)、0.466%(6/1287)、2.875%(37/1287)、0.777%(10/1287).与国内及国际的参考毒株RL42、C.95in21068、07-BC.CN.97.C54A、01AE.TH.90.CM240间的离散率分别为(9.327±0.245)%、(5.214±0.183)%、(6.278±0.194)%、(5.332±0.1 58)%.结论 目前河南省艾滋病感染者中有B'、C亚型及BC、AE两个重组亚型.泰国B'亚型依然占主导地位.B'亚型以既往有偿献血人员为主,BC亚型以性传播为主,AE亚型以性传播及既往献血途径为主,C亚型以性传播为主.
-
河北省2007年HIV-1流行毒株基因序列测定及亚型分析
HIV具有基因易变性特点,为探讨河北省HIV-1感染人群传播特点,监测不同人群中亚型毒株的分布和基因变异规律,开展了此项研究.
-
恙虫病东方体山东分离株Sta56基因全序列扩增及酶切分析
目的 明确山东恙虫病东方体(Ot)分离株Sta56基因全序列与其他已知的序列之间的遗传变异关系.方法 对从山东省费县恙虫病患者、黑线姬鼠、小盾纤恙螨体内分离的3株Ot分离株Sta56基因全序列进行聚合酶链反应(PCR)扩增;选取4种内切酶HinfⅠ、Hha Ⅰ、HaeⅢ、Pst Ⅰ对PCR扩增产物进行限制性片段长度多态性分析(RFLP);对代表株XDM2株Sta56基因全序列测序,运用Clustal X(5.0)和PHYLIP软件对测得的序列与GenBank中已知的Ot序列构建系统发育树,进行比较分析.结果 患者分离株B-16、黑线姬鼠分离株FXS2和小盾纤恙螨分离株XDM2均扩增出接近1.6 kbp的目的条带.Ot山东分离株PCR扩增产物经HhaⅠ、HinfⅠ、HaeⅢ、PstⅠ酶切后图谱一致,但与国际参考株Glliam、Karp、Kato株的RFLP图谱均不相同;虽与日本地方株Kawasaki株的酶切图谱有相似之处,但存在酶切位点的突变.序列同源性分析结果显示,山东地区代表株XDM2株Sta56基因全序列与Kawasaki型相应的序列同源性高,为97%,氨基酸序列同源性为92%.结论 经Sta56基因全序列分析,Ot山东分离株基因型虽与日本Kawasaki型相似,但也存在差异.
关键词： 恙虫病东方体 基因 Sta56 核苷酸限制性片段长度多态性分析 序列测定 -
异源双链泳动分析法在人类免疫缺陷病毒1基因亚型分析中的应用
目的运用异源双链泳动分析法(HMA)进行人类免疫缺陷病毒1(human immunodeficiency virus-1,HIV-1)基因亚型分析,了解福建省HIV-1亚型的流行情况.方法收集细胞培养中HIV-1感染的外周血单个核细胞(PBMC),聚合酶链反应(PCR)扩增HIV-1膜蛋白基因(env)区的核酸片段,与标准亚型的对照质粒的PCR产物进行杂交,形成异源双链二聚体,根据其在聚丙烯酰胺凝胶电泳中的泳动率确定其亚型,并进一步对标本进行序列测定和系统树分析.结果15份标本中,80.00%为E亚型,6.67%为B亚型,2份不能确定其亚型.比较异源双链泳动法和序列测定法的结果,显示两种分析方法对HIV-1病毒基因分型有较高的一致性,其亚型一致率为86.67%.结论福建省流行的HIV-1毒株以E亚型为主.亚型分析法具有快速、简便、经济和高特异性的特点,可用作对HIV流行毒株进行长期监测的重要手段.
-
汉坦病毒四川分离株S85-46的遗传学特征
目的了解汉坦病毒四川分离株S85-46株分子流行病学特征. 方法将特异性引物从S85-46病毒感染细胞PCR扩增的产物克隆于T载体,正确的克隆纯化后测序,应用DNASTAR软件比较分析. 结果 S85-46株M片段与HTN型毒株同源性为84.1%～99.7%,而与SEO型毒株同源率仅为70.4%～70.9%,表明S85-46毒株属HTN型.核苷酸同源性比较显示, S85-46与韩国分离的76-118株高度同源,而与国内一些HTN型病毒差异较大,而且同一地区的毒株也可以差异很大.S片段全基因序列同源性比较也支持以上的观点. 结论不同地区汉坦病毒的流行株基因序列可以高度同源.
-
不同基因型丙型肝炎病毒混合感染者体内丙型肝炎病毒基因型和序列的分布
应用套式PCR从一例维吾尔族丙型肝炎病毒(HCV)感染者血清[职业献血员,有多次献血史,无自觉肝炎症状,抗-HCV(+),PCR基因分型为Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ混合型]中,扩增出C区部分基因片段(357bp),将其克隆于T载体中进行基因型分析,并对不同基因型的C区片段进行序列测定.
-
河南省1157份人免疫缺陷病毒1型毒株亚型分析
目的 了解河南省人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株的亚型状况及序列变异、流行特征,分析其传染来源及传播规律,为河南省艾滋病防治策略提供依据.方法 对2005-2006年在河南全省收集的1157例HIV-1感染者抽取静脉血,分离单个核细胞(PBMC),用套式聚合酶链反应(nest-PCR)对单个核细胞中前病毒脱氧核糖核酸(DNA)的膜蛋白(env)基因进行扩增,并对其C2V3区核苷酸序列进行了测定和分析.结果 1157份样本中存在B'、C亚型及BC、AE 2个重组亚型.其在所有分析样本中的比例分别为96.456%(1116/1157)、0.346%(4/1157)、2.593%(30/1157)、0.605%(7/1157).与国内及国际的参考毒株RL42、C.95in21068、07-BC.CN.97.C54A、01AE.TH.90.CM240间的离散率分别为(8.971±3.182)%、(5.109±0.112)%、(3.568 4±0.254)%、(4.775±0.128)%.B'亚型以既往有偿献血人员为主,BC亚型以性传播为主,AE亚型以性传播及既往献血途径为主,C亚型以性传播为主.结论 目前河南省艾滋病感染者中有B'、C亚型及BC、AE两个重组亚型.泰国B'亚型依然占主导地位.在局部地区,非B'亚型有聚集的现象,应引起当地卫生机构的注意,加大对流动人员的检测.
-
北京人类免疫缺陷病毒1型阳性吸毒者env基因序列测定和亚型分析
人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)高度变异既是病毒自身特点决定的,也是适应环境和免疫逃逸的结果[1].一般来说感染的途径不同,HIV-1病毒的变异情况也不同.北京于1993年发现首例静脉吸毒感染HIV的吸毒者,2000年开始对吸毒人群进行哨点监测,2006年首次对流动人口中的吸毒者HIV-1毒株亚型进行测定,但关于北京吸毒人群HIV-1的毒株亚型及其分布仍知之甚少.
-
丙型肝炎病毒西安株2a型包膜蛋白E区部分cDNA的分析
丙型肝炎病毒（HCV）包膜蛋白区（E区）基因是HCV基因组中变异大的部位，不同分离株的核苷酸差异可达40%左右［1］。作者对陕西省HCV地方株的全部E1，部分E2/ NSI区进行了序列测定，并与已发表的多个株做同源性比较。 1.材料和方法：HCV血清取自西京医院丙型肝炎患者，血清经5′非编码区通用引物RT-PCR确认HCV RNA阳性，引物参照HC-J6设计［2］。序列分别为：R1（+）GTGGGTAA-GGTCATCGAT(695～712)，R2（+）GCCGACCTCATGGGGTAC-(731～748)，R3（-）ACCTAGTGCCAACTGCCATTGGT(1 586～1 603)，R4（-）GTTGATGTGCCAACTGCC(1 592～1 609)。 用异硫氢酸胍-冷酚法一步提取HCV RNA，反转录成cDNA，用R1/R4，R2/R3进行套式PCR扩增，琼脂糖凝胶电泳鉴定，产物纯化、回收，与PGEM-T载体连接，克隆并测序。 2．结果：将所分离毒株的核苷酸序列和推导的氨基酸序列分别与已报道的HC-J6，HC-J1，BEBE1，HC-J8，HCV-H，HCV-HB，HCV-T的相应序列进行比较。从表1可见，在核苷酸水平上分离株E区与HC-J6相应序列的同源性为78.2%，与其他几株的同源性相对要低一些，与中国河北株HCV-HB的同源性低；在氨基酸水平上分离株E区与HC-J6相应序列的同源性为75.7%，与其他株的同源性低，与中国河北株HCV-HB的同源性低。 3.讨论：HCV 核酸存在广泛的异质性，其中E区不断发生变异，可能是使病毒在体内持续存在的原因，其变异亦可能与疾病程度、对干扰与治疗的抵抗、引起慢性化及肝细胞癌等有一定相关，赵小宁等［3］已经用RT-PCR法从1例陕西地区丙型肝炎患者血清中扩增并克隆和测定了5′NCR，C区的基因序列，分析同源性为2a型，本次研究用同一份血清，测定了全部E1区，部分E2/NSI区共878 bp的核苷酸序列，将所得序列与已报道的几株HCV序列比较后发现，我们的分离株同HC-J6的同源性大，同属于2a亚型。我国已有完整克隆的河北株、北京株和台湾株，但都属于HCV-1b型，本次对2a型的实验克隆对全面了解HCV基因组的结构及其变异，对HCV的基础及临床研究都具有重要意义。
-
DNA芯片(DNA chip)
一种通过光刻技术或其他技术将DNA片段或基因集成在固体基底(玻璃或尼龙、硅片)表面而形成的阵列.通常1cm2的阵列可包含几百、几千甚至几万个DNA片段,故也叫微阵列(microarray).它是分子生物学和微加工技术进步的产物.DNA芯片在生命科学研究中发挥着重要的作用.其应用范围涉及:基因表达谱分析、基因突变检测、DNA(基因)序列测定、疾病机理分析、疾病诊断、药物筛选、环境因素对机体的作用机理、毒物基因组学、食品卫生、病原体检测和生物样品的制备等.此外,它还将生命科学中许多不连续的过程如样品制备、化学反应和检测等步骤在芯片上实现其连续和微型化,建立缩微芯片实验室(Lab-on-A-chip).DNA芯片与PCR芯片、毛细管电泳芯片及介电电泳芯片等一起通称生物芯片(biochip).(本文编辑:邵隽一)
-
河南省有偿供血者HIV-1外膜蛋白env基因序列分析及表型预测
应用套式聚合酶链反应(nested-PCR)从60例河南省HIV-1抗体阳性有偿献血者的外周血单核细胞的DNA样品中扩增全长env基因并对扩增产物测序,共扩增到21个全长env基因,序列分析发现其中15个env基因有完整的可读框(ORF),14个为B亚型,与国际参考株RL42的基因离散率为4.87%±0.31%,1个为B亚型,与国际参考株HXB2的基因离散率为5.43%.根据核苷酸序列推导出相应的氨基酸序列,并且分析及比较了重要的功能结构域.发现这15个序列的N糖基化位点和数目没有显著变化;CD4受体结合位点高度保守;根据V3环氨基酸序列及净电荷数目,预测大多数分离株使用CCR5辅助受体;V3环四肽序列以典型欧美B亚型GPGR多,占40%;gp120/gp41剪切位点高度保守,预测所有gp160前体都能有效剪切;四种广谱中和抗体2G12、IgG1b12、4E10及2F5的识别位点高度保守,表明大多数分离株对这四种中和抗体敏感.有必要进一步阐明env基因型与相关功能的关系,这将为疫苗研究和药物开发提供依据.
-
一株重组乙型肝炎病毒的全基因克隆和序列分析
通过血清学和PCR方法对广西地区乙型肝炎病毒感染者样本进行检测,发现一株乙型肝炎病毒基因序列与其余病毒差异较大,利用PCR的方法,扩增出该株病毒的全长cDNA序列,并将其克隆到T载体,进行序列测定,结果显示基因全长为3 215bp,血清型为adr.将测定序列与网上公布的标准基因序列进行比对分析,发现该株病毒全基因组序列进化分析结果与C型基因比较接近,而对其全基因组进行分析时发现1 630bp～2 880bp间基因起源与和C型基因为接近,而其余基因序列则与A型基因更接近,提示这是一株C型和A型重组的乙型肝炎病毒,首次在国内发现这种类型的基因重组病毒,丰富了我国乙型肝炎病毒研究内容,并对基因型别研究和病毒进化研究提供了参考.
-
广西不同时期IBV分离株S1基因高变区Ⅰ的遗传变异分析
对广西1985～2007年间分离到的22株传染性支气管炎病毒(IBV)的S1基因高变区Ⅰ(HVR Ⅰ)进行序列测定,并与发表的其他IBV参考株及鸽子分离的冠状病毒株的基因序列进行比较和分析.系统进化关系显示毒株可分为5个基因群,其中有16个广西分离株属第Ⅰ群,它们与鸽子冠状病毒分离株的氨基酸序列同源性较高,与Massachusetts(Mass)型疫苗株的同源性较低.有15个分离株在33～34位和34～35之间分别有4个和3个氨基酸残基的插入,GX-NN6在33～34位和34～35位之间则均有4个氨基酸残基的插入;GX-YL1、GX-NN2与常用的Mass型疫苗株的亲缘关系近,同属于第Ⅱ群;GX-G、GX-XD与日本同一时期分离的毒株JP Miyazaki 89亲缘关系近,属于第Ⅲ群;GX-YL6、GX-NN7与欧洲毒株4/91亲缘关系较近,属于第V群.结果表明广西存在着多种类型IBV毒株的流行,毒株S1基因HVR Ⅰ碱基的突变或插入比较普遍,可导致其氨基酸序列的变化,绝大部分毒株与目前常用的Mass型疫苗株的亲缘关系较低.同一时期的分离株同源性较高,但无明显的地域性差异.
