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戊型肝炎病毒基因型地域分布特征的演变
自Reyes1990年首次克隆出缅甸株HEV基因序列以来,国内外不同基因型的HEV毒株陆续被发现.科学家们对已分离的HEV毒株进行了全基因及部分基因的克隆及测序,借助于系统软件的分析对HEV进行了基因分型,发现在世界范围内HEV基因型地域分布特征发生了很多变化.本文回顾了HEV基因型地域分布演变的过程,概括了HEV基因型新的地域分布特征.
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不同基因型丙型肝炎病毒混合感染者体内丙型肝炎病毒基因型和序列的分布
应用套式PCR从一例维吾尔族丙型肝炎病毒(HCV)感染者血清[职业献血员,有多次献血史,无自觉肝炎症状,抗-HCV(+),PCR基因分型为Ⅰ/Ⅱ/Ⅲ混合型]中,扩增出C区部分基因片段(357bp),将其克隆于T载体中进行基因型分析,并对不同基因型的C区片段进行序列测定.
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60例丙型肝炎患者血清丙型肝炎病毒RNA的基因分析
丙型肝炎(丙肝)病毒(HCV)全基因或片段基因克隆的序列分析,据国内外报道证实至少存在12种基因型,不同国家地区核苷酸有很大差异.目前日本和美国已分离出4种基因型,美国以Ⅰ型为主,日本以Ⅱ型为主,中国是Ⅱ、Ⅲ型,其次是Ⅱ/Ⅲ混合型.不同基因型的HCV致病性及对干扰素治疗反应不同.我们对克拉玛依地区慢性丙肝患者血清HCV RNA进行基因分型的检测,了解该地区HCV基因型分布情况,指导治疗及判断预后.
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遗传距离方法在统计分析中的应用
在遗传流行病学研究中,经常会遇到要比较2个人群中不同等位基因频率的差别以及不同基因型、不同单倍型的差别等问题,如果等位基因为2个即双等位基因位点,则需比较的表格可以列成2×2表,而用4格表的统计方法来比较不同人群间的基因频率差别.这时,基因型的比较也可以用3×2表来计算,而单倍型则为4×2表.但是如果我们所研究的基因座位为一多等位基因位点,常用的列联表方式来统计2个人群,甚至更多群体间的差别则会出现因单元格过多,多个格子可能出现理论数小于5甚至为0的情况[1],无法得到满意结果.因此提出精确概率法,蒙特卡罗模拟方法等,还有学者提出通过计算遗传距离的方法进行率差别的统计学检验的方法.
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抗栓1-5号治疗脑梗死后遗症期患者53例临床观察
脑梗死属中医的“中风”范畴,其系缺血性中风,是老年人的多发病、常见病,我们依据患者的不同体质、不同基因型,从同病异治、缓则治其本的角度拟订抗栓1-5号,治疗中风后遗症期患者53例,并与西药阿斯匹林组50例对照观察1年复发率,取得了良好疗效,现总结如下:
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铜绿假单胞菌氨基糖苷类耐药性及其修饰酶基因的研究
铜绿假单胞菌是院内感染常见的细菌之一,因其外膜通透性极低的特异性,表现出对多种抗生素的天然耐药.以往的研究多侧重于对β-内酰胺类和喹诺酮类抗生素的耐药机制,而临床工作中发现,铜绿假单胞菌对氨基糖苷类抗生素耐药现象亦非常严重.细菌对氨基糖苷类抗生素耐药主要是由于细菌产生的氨基糖苷类修饰酶(aminoglycosides-modifying enzymes,AME)对进入细胞内的药物分子进行修饰使之失去生物活性而耐药.AME基因型的分布带有明显的地区性和菌株差异,且不同基因型的细菌耐药和流行特征也不同.我们对2003年6月-2004年3月的26株铜绿假单胞菌进行AME基因型分布研究.
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白念珠菌ITS基因多样性与人胃黏膜病理损伤的关系
现有研究认为幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)等微生物感染与胃黏膜炎症损伤关系密切,且胃溃疡合并真菌感染者溃疡口愈合进程明显延长,溃疡面积明显大于单纯性溃疡,应用抗真菌治疗后,溃疡面积显著减小,症状减轻,其中白念珠菌为常见的真菌感染菌种~([1]).不同基因型的白念珠菌菌株与胃黏膜损伤程度的关系,尚缺乏研究.本实验通过检测胃黏膜白念珠菌的ITS(internal transcribedspacer region)序列基因多样性,分析真菌菌株进化方向与胃黏膜病损的关系,初步探寻胃黏膜损害密切相关白念珠菌菌株.
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浙江丽水市畲族人群乙型肝炎病毒基因型分布研究
根据乙型肝炎病毒(HBV)全基因序列的差异≥8%或S基因序列≥4%,可以将HBV分为A~H等8种基因型.不同基因型致病性及治疗效应不同.为了解丽水市畲族人群乙型肝炎病毒基因型的分布特点及其与混居汉族人群乙型肝炎病毒基因型分布是否存在差异,我们随机抽样检测了1744例畲族及混居的557例汉族人群血样,对其中的HBVDNA阳性者采用荧光定量PCR法(试剂由深圳匹基生物工程有限公司提供)进行病毒基因分型检测,现将结果报告如下.
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应用AFLP方法对我国土拉弗菌基因分型的研究
土拉菌病又称"野兔热",是由土拉弗菌经患病野生动物、吸血昆虫或遭受污染的水或食物传播的一种自然疫源性疾病,呈世界性分布.其致病菌是革兰阴性胞内寄生菌,包括4种基因型.由于不同基因型在地理分布、毒性等方面存在较大差异,基因分型研究一直是该领域的研究热点,而近年来随着16S rRNA的序列分析、随机引物扩增多态性(RAPD)、限制性片段长度多态性(RFLP)、扩增片段长度多态性(AFLP)等分子生物学方法在细菌分型中的应用,世界范围内许多地区的土拉弗菌株得到了很好的基因型鉴别,也对一些传统认识提出了新的质疑,如欧亚地区是否也存在致病性较强的A型菌株?事实上在1998年科学家们证实了这一疑问[1].
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CYP2C19基因多态性对氯吡格雷代谢的影响
在人群中不同个体间对药物的反应、毒性和治疗效应存在着很大的差异,产生这种个体差异的原因有很多,如患者的年龄、性别、病程进展、心理状态等。其中遗传因素,即药物代谢酶、转运体和药物作用靶点(如受体)的遗传多态性是一个重要的影响因素。不同个体间药物代谢相关物质遗传多态性的存在,可能导致相应药物在治疗中出现药效和不良反应的个体差异。随着药物代谢基因组学研究的不断深入,不同个体基因多态性导致个体对药物反应差异性的研究已成为国内外研究热点[1]。CYP2C19,作为细胞色素P450(cytochrome P450,CYP450)家族中一类重要的亚型,在多种药物应用中体现出其重要性。氯吡格雷作为一种常见的抗血小板药物,其代谢也受CYP2C19多态性的影响,不同基因型患者对氯吡格雷的治疗反应性不同。本文就CYP2C19的几个主要基因多态性位点对氯吡格雷代谢影响作一简要综述。
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丙型肝炎的病理生理学及抗病毒治疗
丙型肝炎病毒(HCV)属于黄病毒(Flaviviridae)家族中的嗜肝病毒(Hepcivirus).它是一种直径为55~65 nm的单股正链RNA病毒.HCV完整基因组或部分序列的系统发育分析证实,HCV主要存在6种基因型和50多种亚型.不同基因型的核苷酸序列异源性为33%~34%,氨基酸序列异源性约30%,而基因亚型不同区域的核苷酸序列异源性为20% ~ 23%.人类是HCV惟一的宿主,全球大约1.7亿即3%的人口受HCV感染.HCV从世界的一个区域向另一个区域传染流行.HCV主要经血液传输(医药和手术传输过程、静脉内注射毒品以及输血过程).在发达国家,由于高危途径如输血传播和医院感染已得到了有效的控制,60%~70%的新感染病例与静脉内注射毒品相关[1].
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三株奇异变形杆菌超广谱β内酰胺酶基因型研究
超广谱β内酰胺酶(ESBLs)是造成大肠埃希菌和克雷伯菌对3代头孢菌素等β内酰胺类抗生素耐药的主要原因.近年来肠杆菌科中的其他细菌ESBLs的检出率也逐年增加,不同国家和地区均有检测到变形杆菌ESBLs不同基因型的报道[1-2].本研究对温州医学院附属第一医院和浙江大学医学院附属第二医院分离的奇异变形杆菌进行ESBLs检测及基因型研究.
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乙型肝炎病毒基因型及其临床意义的研究
目的:建立乙型肝炎病毒(HBV)前S基因巢式聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(nested PCR-RFLP的基因分型方法,并分析不同基因型与临床疾病谱的相关性.方法:设计nested PCR扩增前S基因,建立分型方法.并对32例慢性无症状携带者(ASC)、35例慢性乙型肝炎(CHB)、37例乙肝肝硬化(LC)、36例慢性重型乙型肝炎(HCH)患者的HBV DNA进行分型及分析.结果:广州地区分型结果:A型(2.9%)B型(30%),C型(67.1%);LC患者与ASC、CHB患者的基因型分布有统计学差异,前者以C型为主(分别为P<0.01,P<0.05).而HCH与ASC、CHB、LC患者的基因型分布并无统计学差异.结论:新的基因分型方法结果可靠,运用范围更广.广州地区以C型和B型为主,其中C型与B型相比,前者与更严重的肝损害相关.C型发展为肝硬化的可能较大,相对B型的预后则较好.
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cagA基因对胃黏膜上皮细胞增生的影响
目的:观察不同基因型Hp感染对胃上皮细胞增生的影响,进而探讨Hp增加胃癌发生危险性的机制.方法:研究对象为11例Hp阴性的慢性胃炎和55例Hp阳性的慢性胃炎患者.应用流式细胞技术评价胃幽门窦上皮细胞增生,应用聚合酶链反应(PCR)技术检测Hp的cagA基因.结果:Hp阳性患者的增生指数(PI)显著高于Hp阴性者(17±4对7.3±3.3,P<0.01).cagA+Hp患者(n=39)的PI明显高于cagA-Hp患者(n=16)(18.6±5.8对13.8±4.2,P<0.05),而cagA-Hp患者的PI也显著高于Hp-患者,cagA+Hp感染时胃黏膜萎缩、肠化生、不典型增生的发生率分别为23.1%、15.4%及10.26%,显著高于cagA-Hp感染时萎缩、肠化生、不典型增生的发生率18.8%、12.5%及6.3%.结论:Hp感染诱导胃上皮细胞过度增生,cagA+Hp具更强的促增生作用会增加胃癌发生的危险性.
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诱导型一氧化氮合酶基因启动子-969G→C多态性的功能
目的:探讨诱导型一氧化氮合酶(iNOS)基因启动子-969G→C多态性的功能意义.方法:采用聚合酶链反应(PCR)扩增已知的iNOS基因启动子-969G→C多态性的GC和GG基因型启动子DNA序列,再采用基因重组技术将获得的启动子与PGVB-2-E荧光素酶载体质粒连接,构建新的重组质粒pPGV-iNOSmt和pPGV-iNOSwt,并进行酶切图谱分析和测序分析.然后将重组质粒分别在脂质体的介导下转染HepG2细胞,检测荧光素酶的表达水平,分析不同基因型启动子的活性差异.结果:成功构建iNOS基因-969G→C多态性的GC和GG基因型启动子荧光素酶载体重组质粒pPGV-iNOSmt和pPGV-iNOSwt,发现iNOSmt启动子的活性比对照启动子的活性显著升高,升高132.1%,差异有显著性(P<0.05),iNOSwt启动子的活性比对照启动子的活性升高14.3%,差异无显著性(P>0.05).iNOSmt启动子活性升高的百分率是iNOSwt启动子的9倍.结论:iNOS基因启动子-969G→C的多态性改变导致该启动子的活性增强.
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丙型肝炎病毒5'-非翻译区的结构与功能研究
0引言丙型肝炎病毒(HCV)是含外膜蛋白的单股正链RNA病毒,属黄病毒科肝炎病毒类.在大多数感染人群中丙型肝炎病毒表现为持续性感染,并可导致慢性肝炎、肝硬化,或肝细胞癌[1,2].从不同患者中分离的病毒表现出明显的序列差异,从同一患者分离的病毒呈现出准种的特点.然而5'-非翻译区(5'-NTR,5'-nontranslated RNA)在HCV不同基因型却相对保守和稳定,这种序列保守的特点可能在病毒基因组的复制和翻译中起着重要的作用[3,4].
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SREBP-2基因多态与胆固醇水平的关联研究
目的 探讨SREBP2基因的常见多态rs4822063与胆固醇水平的关系.方法 在948个研究对象中采用PCR-限制性片段长度多态方法进行基因分型,分析rs4822063不同基因型间胆固醇水平的相关关系.结果 与常见G等位基因的携带者(GG+GC基冈型)相比,少见等位基因纯合子CC携带者的高总胆同醇(Total cholesterol,TC)及高低密度脂蛋白胆同醇(Low density lipoprotein cholesterol,LDL-C)的危险增加;CC基因型携带者TC和LDL-C的水平高于常见G等位基因的携带者(GG+GC).结论 SREBP2基因的常见多态rs4822063与胆固醇水平相关.
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CYP2C19功能缺失基因与急性心肌梗死患者住院期间不良事件的关系
目的:探讨中国急性心肌梗死(AMI)患者基本临床特征及CYP2C19功能缺失基因(LOF)与住院期间死亡、新发AMI、脑卒中、支架内血栓形成、再次血运重建、复发性心绞痛等不良事件的关系。
方法:按照是否含有LOF等位基因,将CYP2C19分为强代谢组(不携带任何LOF等位基因,即*1/*1和*1/*17)和中弱代谢组(携带一个或者两个LOF等位基因,即*1/*2-*4,*2/*2-*4,*3/*3-*4)。收集入选患者临床基本信息(包括姓名、性别、年龄、出入院日期、既往病史、烟酒史、主要诊断及治疗情况等),结合基因结果,运用Logistic回归分析不同基因型与近期死亡、新发AMI、脑卒中、支架内血栓形成、再次血运重建、复发性心绞痛等不良事件的关联。首先是LOF基因携带者对单一临床终点的研究,其次是LOF基因携带者对死亡、再次心肌梗死、卒中、支架内血栓形成、再次血运重建和复发性心绞痛的联合终点的分析。统计学方法采用Logistic回归,结果使用OR值及95%CI表示。 -
经皮冠状动脉介入治疗术后纤溶功能变化与血小板膜糖蛋白Ia基因多态性关系的探讨
本试验通过对不同基因型冠心病患者行经皮冠状动脉介入治疗(PCI)术前后纤溶功能变化情况的观察,旨在了解血小板膜糖蛋白Ia基因多态性与PCI术后纤溶功能变化的关系,为临床冠心病介入手术中抗栓治疗提供参考依据.
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乙型肝炎病毒DNA基因分型与相关慢性肝病关系的临床研究
人类感染不同基因型乙型肝炎病毒(HBV)及受宿主因素的不同影响,可引起不同的慢性肝脏疾病,包括慢性无症状乙型肝炎表面抗原携带者(ASC)、慢性乙型肝炎(CHB)、肝硬化(LC)及肝细胞癌(HCC)等.我们分析了我院264例慢性HBV感染者的HBV基因型,旨在探讨HBV基因型与HBV感染相关肝病的相互关系及临床意义.