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白念珠菌ITS基因多样性与人胃黏膜病理损伤的关系
现有研究认为幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)等微生物感染与胃黏膜炎症损伤关系密切,且胃溃疡合并真菌感染者溃疡口愈合进程明显延长,溃疡面积明显大于单纯性溃疡,应用抗真菌治疗后,溃疡面积显著减小,症状减轻,其中白念珠菌为常见的真菌感染菌种~([1]).不同基因型的白念珠菌菌株与胃黏膜损伤程度的关系,尚缺乏研究.本实验通过检测胃黏膜白念珠菌的ITS(internal transcribedspacer region)序列基因多样性,分析真菌菌株进化方向与胃黏膜病损的关系,初步探寻胃黏膜损害密切相关白念珠菌菌株.
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中日产川芎的matK、ITS基因序列及其物种间的亲缘关系
目的分析中国产川芎Ligusticum chuanxiong Hort.及日本产川芎Cnidium officinale Makino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据.方法采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和matK基因核苷酸序列并作序列变异分析.结果川芎和日本川芎的matK序列长度均为1268 bp,编码422个氨基酸.ITS1-5.8S-ITS2序列长度均为699 bp,其中18S rRNA基因3′端序列54 bp,ITS1序列215 bp,5.8S rRNA基因序列162 bp,ITS2序列222 bp,26S rRNA基因5′端序列46 bp.根据排序比较,川芎原植物与其商品药材间的matK基因和ITS基因序列完全相同,而川芎与日本川芎间matK基因则仅有1个变异位点,即在上游959 nt处1个转换替代(T→C),反映在氨基酸序列则发生一个非同义取代V(GTG)→A(GCG);ITS基因也仅有1个变异位点,即在ITS1上游54 nt处1个转换替代(T→C).结论通过进化速率较快的基因序列同源性分析,基本可以认为中日所产川芎基原一致,日本川芎学名似应改为Ligusticum chuanxiong Hort..
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食源性阪崎肠杆菌的双重PCR检测方法研究
目的:建立食品中阪崎肠杆菌双重PCR检测方法.方法:以食品中污染的阪崎肠杆菌为研究对象,以其基因组16 S rRNA-23 S rRNA的内部转录间隔区(ITS)基因和外膜蛋白A(OmpA)基因为靶标选择引物,进行双重PCR扩增,产物用琼脂糖凝胶电泳检测.结果:在优化的双重PCR条件下,阪崎肠杆菌的ITS基因和OmpA基因均可得到有效扩增,方法的灵敏度为1.6×102cfu/mL.所建立的方法用于实际食品样品检测,结果稳定.结论:本研究所建立的方法特异好、灵敏较高、分析周期短、结果准确,可用于食品中阪崎肠杆菌的日常检测.
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奥尔森派琴虫和北海派琴虫ITS基因测序及同源性分析
通过设计能扩增奥尔森派琴虫和北海派琴虫ITS序列的特异性引物，对我国东南沿海8个地区养殖牡蛎中常见的两种派琴虫相应基因进行扩增、克隆和测序，并进行同源性分析。国内不同地区奥尔森派琴虫ITS序列的同源性超过99.3%，与国外分离株的同源性也在98.8%以上；种间同源性分析发现，奥尔森派琴虫与海水派琴虫和P.honshuensis的同源性较高，分别为94.2%和95.0%，与P.qugwadi的同源性低，仅62.9%。深圳和三亚分离的北海派琴虫ITS序列有18个碱基存在差异，其中ITS-1有3个碱基差异，ITS-2有15个碱基差异，而5.8S高度保守，没有碱基差异；北海派琴虫与其他种类之间的差异主要表现在ITS-1和ITS-2区域；同源性比较发现，北海派琴虫的同源性在100%-97.9%之间，其中深圳北海派琴虫的同源性较低，为97.9%。种间同源性分析表明，北海派琴虫与奥尔森派琴虫的同源性较高，为89.4%，其次为海水派琴虫和P.honshuensis，与P.qugwadi同源性低，仅71.9%。
