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中日产川芎的matK、ITS基因序列及其物种间的亲缘关系
目的分析中国产川芎Ligusticum chuanxiong Hort.及日本产川芎Cnidium officinale Makino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据.方法采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和matK基因核苷酸序列并作序列变异分析.结果川芎和日本川芎的matK序列长度均为1268 bp,编码422个氨基酸.ITS1-5.8S-ITS2序列长度均为699 bp,其中18S rRNA基因3′端序列54 bp,ITS1序列215 bp,5.8S rRNA基因序列162 bp,ITS2序列222 bp,26S rRNA基因5′端序列46 bp.根据排序比较,川芎原植物与其商品药材间的matK基因和ITS基因序列完全相同,而川芎与日本川芎间matK基因则仅有1个变异位点,即在上游959 nt处1个转换替代(T→C),反映在氨基酸序列则发生一个非同义取代V(GTG)→A(GCG);ITS基因也仅有1个变异位点,即在ITS1上游54 nt处1个转换替代(T→C).结论通过进化速率较快的基因序列同源性分析,基本可以认为中日所产川芎基原一致,日本川芎学名似应改为Ligusticum chuanxiong Hort..
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6种川产姜黄属药用植物叶绿体trnK基因序列变异分析及其分子鉴定
目的建立6种川产姜黄属(Curcuma)药用植物快速简单的分子鉴定方法.方法采用叶绿体赖氨酸tRNA基因(trnK)测序与序列变异分析方法.结果 6种姜黄属药用植物(包括姜黄C. longa、莪术C. phaeocaulis、川郁金C. sichuanensis、川郁金C. chuanyujin、川黄姜C. chuanhuangjiang、川莪术C. chuanezhu)完整trnK基因长度在2699～2705 bp.序列可变区包括matK基因编码区和trnK外显子与matK内含子之间区域,共有6个单核苷酸多态性(SNPs)位点、1个9-bp的缺失重复序列和2个4-bp、14-bp插入重复序列.结论 trnK基因序列可变位点可以作为6种川产姜黄属药用植物快速简单的分子鉴定标记,并为它们之间种的归并提供了分子依据.
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罕见cisAB血型家族的遗传学分析
目的 cisAB是一种罕见的ABO表型,常表现为正反定型不符.文中对1例在常规血型鉴定中发现的罕见cisAB血型及其家族成员进行鉴定.方法 抽取先证者及其家族成员共计7人的外周抗凝血液,采用试管法分析血型血清型;以PCR-SSP基因分型法和直接测序法分析这些样本的ABO基因.结果 血清学方法证实该家系6份样本的红细胞都有接近正常的A抗原和较弱的B抗原,血清中含有弱的抗-B抗体.PCR-SSP基因分型显示该6份样本均为cisAB01型.ABO基因测序结果:6份样本的第7外显子均存在467C>T和803G>C点突变;在第6外显子,先证者出现261delG和297G>A,2例标本出现261delG和297AA,3例标本表现为只有297AA.结论 该家系6名成员的表型均为cisAB01型,先证者基因型为cisAB/O02.
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四川省德阳市埃柯病毒6型的基因特征分析
目的 了解四川省德阳市埃柯病毒6型(echovirus 6,E6)的基因特征.方法 对2013年德阳市手足口病咽拭子标本的病毒分离阳性株进行核苷酸测序,获取的E6毒株序列与世界各地的E6参考株序列构建进化树并分析基因特征.结果 4株E6分离株中,3株VP1区核苷酸序列一致,与另1株仅有1个核苷酸差异.同E6原型株(D'Amori)比较,核苷酸一致性≥77.0％.进化树分析显示,德阳市E6分离株为C2基因亚型,与部分山东分离株聚集在同一进化分支上.结论 德阳市E6为C2基因亚型.其中3份标本来自同一地区的不同月份,提示E6在此地持续传播.
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肠道病毒核苷酸序列和血清型的相关性
目的 了解肠道病毒VP1区、VP4-VP2区核苷酸序列与血清型的相关性.方法 逆转录-多聚酶链反应(RTPCR)和核苷酸测序后,病毒分离物与肠道病毒原型株部分VP1区、VP4-VP2区的核苷酸和氨基酸一致性比较、亲缘关系树分析及血清中和实验.结果 与同源原型株比较,16株病毒分离物VP1区核苷酸一致性为78%～85%,氨基酸一致性为90%～99%;VP4-VP2区核苷酸一致性为77%～86%,氨基酸一致性为96%～99%.VP1区核苷酸亲缘关系树分析显示同源血清型聚集在同一进化分支上(bootstrap值90%～99%).15株分离物的VP4-VP2区血清型与VP1区血清型一致.14株分离物的血清型用经典中和实验得到证实.结论 VP1区核苷酸序列同病毒血清型相关联.
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血友病携带者与产前基因诊断
目的 建立1种简便、快速的血友病携带者检测与产前诊断体系.方法对38个血友病A家系,用长链PCR及序列特异PCR作咫基因内合子22及1倒位检测;有家族史家系可联合F8基因内外的8个多态性位点进行遗传连锁分析,DXS 52(ST14)位点多态性以PCR产物凝胶电泳法检测,7个STR位点(F8Civs13、CA22、DXS15、DXS9901、G6PD、DXS1073、DXS1108)的多态性以多重荧光PCR法检测,产前诊断加用性别位点(Amelo);对于散发家系,通过直接核苷酸测序查找先证者的基因突变,继而对家系女性成员作携带者与产前诊断.对12个血友病B家系采用直接核苷酸测序法确定基因突变,多重荧光PCR法检测F9基因外6个SIR位点(DXSll92、DXS1211、DXS8094、DXS8013、DXS1227、DXS102)的多态性.结果 38个血友病A家系中,10名先证者的咫基因内含子22倒位检测为阳性,l例先证者为咫基因内含子1倒位阳性,对于有家族史的家系,综合应用倒位检测和遗传连锁分析.携带者与产前诊断率均为100%;4个散发家系均可找到致病突变;38个血友病A家系的携带者及产前诊断总诊断率为94.81%.12个血友病B家系中有10个家系通过直接测序可找到突变,联合丹基因外6个STR位点对血友病B家系的遗传连锁分析的可诊断率为96.88%.结论咫基因内含子22及1倒位筛检联合咫基因内、外多个位点的遗传连锁分析可以进行血友病A的携带者及产前诊断;直接核苷酸测序可确定丹基因突变,而联合基因外多个多态性位点检测并进行遗传连锁分析,是血友病B携带者检测与产前诊断的简便、快速的方法.
