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异源双链泳动分析法在人类免疫缺陷病毒1基因亚型分析中的应用
目的运用异源双链泳动分析法(HMA)进行人类免疫缺陷病毒1(human immunodeficiency virus-1,HIV-1)基因亚型分析,了解福建省HIV-1亚型的流行情况.方法收集细胞培养中HIV-1感染的外周血单个核细胞(PBMC),聚合酶链反应(PCR)扩增HIV-1膜蛋白基因(env)区的核酸片段,与标准亚型的对照质粒的PCR产物进行杂交,形成异源双链二聚体,根据其在聚丙烯酰胺凝胶电泳中的泳动率确定其亚型,并进一步对标本进行序列测定和系统树分析.结果15份标本中,80.00%为E亚型,6.67%为B亚型,2份不能确定其亚型.比较异源双链泳动法和序列测定法的结果,显示两种分析方法对HIV-1病毒基因分型有较高的一致性,其亚型一致率为86.67%.结论福建省流行的HIV-1毒株以E亚型为主.亚型分析法具有快速、简便、经济和高特异性的特点,可用作对HIV流行毒株进行长期监测的重要手段.
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异源双链泳动分析法快速检测TT病毒基因型
目的建立一种简单、敏感、特异和成本低的TT病毒(TTV)基因型测定方法.方法采用巢式聚合酶链反应方法(nPCR)对96名正常人和180例各型肝炎患者血清标本进行TTV DNA检测,然后采用异源双链泳动分析法(HMA)和序列测定分析法对TTV DNA阳性标本进行基因分型.结果各型病毒性肝炎中TTV DNA阳性率为22.2%(40/180),正常人为19.8%(19/96),两者差异无显著性(χ2=0.220,P=0.639).在甲、乙、丙、戊型肝炎和非甲～戊型肝炎患者中TTV DNA 阳性率分别为20.0%(6/30)、16.7%(5/30)、23.3%(7/30)、36.7%(11/30)和18.3%(11/60).在40例TTV DNA阳性标本中,经HMA法分型,G1型为50.0%(20/40),G2型为17.5%(7/40),混合型为25.0%(10/40),另有7.5%(3/40) 未能分型.10例TTV混合型感染的标本经克隆测序及基因进化树分析,5例为G1和G2型, 2例为G1和G3型,1例为G1和G4型,1例为G2和G3型,1例为G1、G2和G3混合型感染.结论 HMA是一种简单、敏感、特异和经济的分型法,可用于TTV基因型分型.
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辽宁省流行的人类免疫缺陷病毒1基因亚型调查
目的了解辽宁省人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus-1, HIV-1)各亚型的流行情况.方法采集1997年6月至2000年12月间辽宁省检出的16例HIV-1感染者的全血标本,提取核酸后用巢式-聚合酶链反应(nested-PCR)技术扩增HIV-1 env基因区,用异源双链泳动分析法(heteroduplex mobility assay, HMA)进行HIV-1亚型的分析.结果辽宁省目前已有HIV-1A、B'、C和E亚型流行.经性途径感染占全部HIV感染的31.25%,分别为泰国B(B')亚型和A亚型,以B'为主;经注射吸毒感染占全部HIV感染31.25%,分别为C亚型和E亚型,以C亚型为主,其中1名吸毒者为B或E亚型;经输供血途径感染占全部HIV感染的31.25%,主要为泰国B'亚型,也可见C亚型;垂直传播1名为A亚型.结论辽宁省已有多种亚型HIV-1毒株流行,有效地控制艾滋病经性乱、吸毒和输供血途径传播的问题已迫在眉睫.
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HIV-1准种的变化与疾病进展关系的研究
目的研究HIV-1准种的变化对疾病进展的影响. 方法 PCR 方法扩增HIV-1 V3～V5区片段,采用HMA(异源双链泳动分析)的方法分析48例HIV/AIDS准种的变化,并结合HIV/AIDS CD4+ T淋巴细胞计数及病毒载量的结果分析HIV-1准种的变化对疾病进程的影响. 结果在不同的疾病状态下,体内病毒变异是不相同的,在体内CD4+ T淋巴细胞计数较高,血浆病毒载量低的个体内,病毒毒株有很强的变异特征,体内具有很高的准种复杂度;而在CD4+细胞数很低,病毒载量较高的个体,病毒基因变异较少,病毒准种较为单一. 结论 HIV-1准种的变化与疾病进展相关.
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异源双链泳动分析技术的建立及其在HIV-1基因变异和临床中的应用研究
获得性免疫缺陷综合征(AIDS,艾滋病)是近20年来发现的一种严重危及人体健康的传染病,至今全球艾滋病毒感染者已超过6000万.我国目前HIV感染人数已达100万.艾滋病毒的一个显著生物学特征是其基因具有高度变异性,对HIV基因变异的研究是HIV分子流行病学、血清学诊断、致病机理、药理治疗以及HIV疫苗研制等领域所关心的课题.因此,在HIV研究中占有极为重要的位置.用于研究HIV变异的方法很多且各有优点,比较而言,由华盛顿大学mullins教授在HIV基因变异研究中建立起来的异源双链泳动分析(Heteroduplex Mobility assay,HMA),是一种简便、快速、可靠的方法.目前已在全球HIV分离鉴定网上广泛使用.但我国尚未建立起适合中国HIV流行株分型的HMA.本研究首次在国内系统,建立了这项技术并将其用于HIV基因分型、变异分析以及临床追踪等相关方面的研究.
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慢性丙型肝炎患者HCV准种变异研究
目的 研究慢性丙型肝炎患者体内准种的多样性及动态变化过程,探讨其与病程进展的关系及感染慢性化的原因.方法 应用异源双链泳动技术(HMA)研究在干扰素治疗压力下慢性丙型肝炎患者体内准种的变化.结果 慢性HCV患者无论对干扰素应答情况如何,其体内HCV准种的数量没有明显变化,但无应答者体内HCV准种的异质性发生了明显改变;治疗前占支配地位的准种株群在不同感染者体内的比例并不相同,随着抗病毒治疗的进行,不断有新的异质性程度更高的准种株出现,打破原有的平衡比例.结论 慢性HCV患者对干扰素治疗有无应答,取决于变异株的异质性程度,而不是变异株数量.在干扰素治疗压力下,原来宿主与病毒之间的平衡已经被打破,耐药的准种株被选择出来,占据支配地位,是导致感染持续存在的原因之一.
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山东省HIV异源双链泳动分析法分型体系研究
[目的]克隆山东省流行的HIV-1优势亚型的代表毒株的包膜蛋白基因,建立用于山东省HIV-1分型的异源双链泳动分析体系.[方法]2003年11～12月将与山东省HIV-1 B′/C、B′和A/E各亚型共享序列接近的毒株用套式聚合酶链反应(PCR)技术扩增包膜(env)基因,克隆到p GEM-Teasy载体中,构建成用于异源双链泳动分析(HMA)分型的山东标准亚型质粒,并摸索各反应和电泳的佳条件.[结果]共建立HMA的分型标准质粒11株,建立以标准质粒为分型标准、包含3套可供选择的片段扩增策略的HMA体系,与序列分析比较各亚型代表株的检出率(敏感性)分别达到了B′94%、B′/C 90%、A/E 90%.[结论]建立的HMA分型体系经济、方便、易掌握、结果可靠,值得推广.
