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H3N2亚型人甲型流感病毒HA1序列进化正向选择位点研究
目的 筛选H3N2亚型人甲型流感病毒红细胞凝聚素(HA1)序列中的正向选择位点,为进一步揭示流感病毒的变异规律.方法 从NCBI GenBank和流感数据库中下载甲型流感病毒H3亚型RNA4节段序列,用两步聚类法将全部序列分为6个年代类别,使用固定效应似然比检验模型分别筛选每一类中的正向选择位点,并使用两步聚类法归纳所筛选出位点的正向选择压力变化模式.结果 各年代类别筛选出的正向选择位点不完全相同,共有50个位点在进化过程中经历过正向选择,其中有42个位点属于5个抗原决定簇之一,A、B抗原决定簇在各年代均有较多的位点入选,且承受较大的免疫选择压力.50个位点可被归纳为7种变化模式,前6种模式的位点依次在某一个时间段存在正向选择,第7种模式则在多个年代中均存在正向选择.结论 分析结果提示流感病毒HA1序列在进化过程中的正向选择位点并非恒定,而是在不同年代中存在更替趋势.抗原决定簇A、B的变异在流感进化过程中起关键作用,8个位于非抗原决定簇正向选择位点有可能是未被识别的抗原决定簇位点.
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生物进化中序列正向选择位点筛选方法的模拟研究
目的 探寻生物进化中序列正向选择位点筛选的佳方法.方法 以流感病毒H3亚型HA1序列的进化树分析结果作为产生模拟序列的进化模式,按照不同的进化参数模拟序列数为8、16、32、64、128的样本,分别采用计数模型、固定效应似然比检验模型及随机效应模型筛选模拟序列的正向选择位点.结果 随着分析序列数的增多、进化强度的增强,三种方法筛选正向选择位点的灵敏度均增高;同序列数、同进化强度的筛选中,计数模型、随机效应模型的灵敏度显著低于固定效应似然比检验模型;三种模型的运算速度由快至慢分别为计数模型、固定效应似然比检验模型、随机效应模型.结论 对于高进化速度、大序列样本的流感病毒正向选择位点筛选,固定效应模型比其他两类方法更加适宜.
关键词： 生物进化 正向选择位点 计数模型 固定效应似然比检验模型 随机效应模型
