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桂郁金EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发
目的:分析桂郁金EST中SSR位点分布规律,开发桂郁金EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于桂郁金品种遗传多样性的可行性.方法:从NCBI公共数据库下载姜黄属EST序列(expressed sequence tag,EST)12 678条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,选出符合条件的序列,采用Primer 5.0软件设计EST-SSR引物,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳研究这些EST-SSR引物PCR扩增的特点,进一步验证开发结果的合理性与有效性.结果:下载得到的12 678条EST序列中,共有926条序列包含SSR位点,占整个EST数据库的7.30％,其中SSR位点所占比例大的是二核苷酸重复序列,三核苷酸和四核苷酸次之,分别为623 (50.90％)个,388 (31.70％)个和125(10.21％)个.根据筛选得到的微卫星序列共设计了165个EST-SSR引物对,选择其中92分以上的24个合成.PCR检测表明,21个引物对(87.50％)可以扩增出稳定清晰的带型;在6份不同种质桂郁金中检测到13对EST-SSR引物有多态性,占设计引物的54.17％.利用13对验证的EST-SSR引物对20个桂郁金品种进行了亲缘关系分析.结论:桂郁金EST-SSR标记开发的效率较高,是桂郁金SSR标记开发的重要措施,对于桂郁金品种鉴定和遗传多样性分析以及育种等方面具有重要的意义.
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广西莪术EST-SSR标记开发
目的 利用NCBI公布的姜黄EST序列,挖掘SSR位点,开发近缘种广西莪术EST-SSR标记.方法 下载NCBI公布的姜黄EST序列,利用SSR-FINDER搜索SSR位点,采用PrimerS.0设计SSR引物,挑选30个表现型差异较大的广西莪术进行有效性及多态性检测.结果 12 678条EST序列含有SSR位点1 243个,其中二核苷酸、三核苷酸重复序列多,分别占50.36％,31.54％,以AT/TA和CT/GA出现频率高.利用Primer5.0设计引物共325对,PCR检测表明,104对引物可以扩增出稳定清晰的带型;在至少30份不同种质广西莪术中检测到48对SSR引物具有多态性,占设计引物的38.09％.结论 姜黄EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高.
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广西莪术EST-SSR标记开发及其在遗传多样性分析中的应用
目的:分析姜黄表达序列标签(EST)中简单重复序列(SSR)位点的分布特点,开发近缘种广西莪术EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于进行广西莪术遗传多样性分析及分子育种的可行性.方法:下载NCBI中公布的姜黄EST 12 678条,利用SSR-FINDER搜索SSR位点,筛选符合条件的序列,采用Primer 5.0设计SSR引物,挑选30个表现型差异较大的广西莪术种质进行引物有效性及多态性检测,对50份广西莪术种质进行遗传多样性分析.结果:12 678条EST序列含有SSR位点1 243个,其中二核苷酸出现频率为50.36％,三核苷酸31.54％,四核苷酸10.30％,以AT/TA和CT/GA出现频率高.利用Primer 5.0设计引物共325对,聚合酶链式反应(PCR)检测表明,104对引物可以扩增出理想PCR产物,在至少30份不同种质广西莪术中检测到48对SSR引物具有多态性,占设计引物的38.09％.遗传多样性分析研究,聚类分析结果表明50份广西莪术种质在相关系数0.7处,聚类为2类,遗传相似性系数变化范围较窄.结论:姜黄EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高.本研究开发了48对广西莪术EST-SSR标记,并筛选出富含SSR位点的候选序列,用聚类图验证了植物之间的亲缘关系,为广西莪术遗传多样性分析和分子育种研究提供参考.
