首页 > 文献资料
-
罂粟属植物核心DNA条形码的筛选
DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种准确、高效且对操作人员要求不高的物种鉴定技术.为了筛选出适合罂粟属的DNA条形码,从GenBank上获得罂粟属植物共69条序列,包括21条ITS序列,10条matK序列,8条psbA-trnH序列,14条rbcL序列和16条trnL-trnF序列.应用Mega 6.0软件分析了罂粟属的ITS,matK,psbA-trnH,rbcL,trnL-trnF序列的特征,通过计算序列的种内、种间距离,评估序列的Barcoding Gap和构建NJ,UPGMA系统发育树进行分析.分析结果表明:trnL-trnF不仅种内变异和种间变异差别大,而且有明显的barcoding gap,种内变异和种间变异重合较少,能较好地区分不同种类的罂粟;所构建的NJ和UPGMA系统发育树,也能将全部物种区分开.综合考虑,建议把trnL-trnF作为鉴定罂粟属植物的核心条形码,结合其他片段作为组合条形码.
-
基于trnL-trnF序列的人参和西洋参DNA条形码鉴定研究
探讨trnL-trnF序列的相似度、特异位点、遗传距离和系统发育树这4个分子鉴定指标对人参和西洋参药材的鉴定能力,优化人参和西洋参分子鉴定指标.从人参和西洋参药材中提取DNA,以trnL-trnF通用引物进行扩增测序,利用NCBI数据库中的BLAST功能计算相似度,利用DNAman软件比较特异位点,利用Mega软件计算遗传距离,构建系统发育树.结果表明,人参和西洋参的种内相似度均为100％,种间相似度为99.6％;人参和西洋参分别在G153A,T463A,C732G,T818C有特异位点;种内遗传距离(0)小于种间遗传距离(0.004);系统发育树中人参和西洋参均分为2个单系分支.因此,利用trnL-trnF序列,相似度、特异位点、遗传距离和系统发育树指标均可以区分人参和西洋参.综合分析,trnL-trnF序列的G153A,T463A,C732G,T818C特异位点指标是人参和西洋参的佳鉴定指标.
-
苍术属植物的遗传关系研究
运用对PCR产物直接测序的方法测定了苍术属8种植物的ITS序列和叶绿体atpB-rbcL、psbB-psbF和trnL-trnF基因间隔区序列.计算了小同种间ITS序列、atpB-rbcL+psbB-psbF+trnL-trnF序列的碱基差别(转换值/颠换值)和Kimura遗传距离.序列数据经排列后进行UPGMA法分析,结果显示:①罗田苍术-苍术和辽东苍术-朝鲜苍术各自构成一个分支,再参照分支内各植物之间的遗传距离值,认为将罗田苍术作为苍术变种不适宜;②鄂西苍术与属内其余植物亲缘关系都较远,在属内处于原始地位;③支持将辽东苍术归入朝鲜苍术,将北苍术作为苍术的一个变种处理.
