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ORF14/15基因文献资料
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凡纳滨对虾白斑综合征病毒广西株变异区基因的比较分析
对凡纳滨对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)广西株变异区ORF14/15基因序列进行比较分析,了解WSSV广西株遗传进化差异及其与各地WSSV毒株间的遗传进化关系.考虑地理和时间因素选取2010年5月至2013年7月采自广西凡纳滨对虾主要养殖地区北海、钦州和防城港的40份WSSV阳性的凡纳滨对虾样品,PCR扩增、克隆样品中WSSV的ORF14/15基因并对其进行序列测定与比较分析.40份样品中有25份的ORF14/15基因被成功克隆和测序,其中22株为619 bp,3株为620 bp;相对于此区域为完整的TH-96-Ⅱ株,25株WSSV广西株的ORF14/15基因均在中间缺失了5 949 bp,仅剩5′端的190 bp和3′端的429 bp(430 bp),与印度株IN-05 Ⅰ缺失大小和位置相同;在变异区25株WSSV广西株中有16株核苷酸序列同源性为100％,其余毒株间的同源性也在97.9％以上,仅存在单个碱基的变异;基于变异区构建的系统进化树显示,WSSV广西地方株在遗传上相距较近,全部与印度株IN-05-Ⅰ聚在一个大的分支,而与目前发表的其他毒株均相距较远.广西养殖凡纳滨对虾中流行的WSSV毒株变异区ORF14/15基因的变异类型为中间大片段缺失,广西各地流行的WSSV毒株间无明显的地域和时间差异;WSSV广西株与印度株IN-05-Ⅰ的遗传进化关系近.
关键词： 凡纳滨对虾 白斑综合征病毒 ORF14/15基因 序列分析
