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进化动力学文献资料
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中国台湾地区H6N1禽流感病毒血凝素基因的适应性进化
2013年在中国台湾地区发现了第一例人感染H6N1禽流感,研究该地区H6N1病毒血凝素基因(HA)的适应性进化特征和种群动力学,将为人感染H6N1病毒的来源、进化及致病机制的理解提供更多信息,为进一步的研究和防治提供一定帮助.本研究从Flu和GISAID两大数据库中获得中国台湾地区所有已释放的H6N1病毒的HA序列,构建系统发育树和进化动力曲线,并推测其进化速率,分析其适应性进化特征.结果表明中国台湾地区H6N1病毒的HA有五种类型,其中人感染H6N1病毒的HA所属类型为目前当地优势类型;该病毒种群于1971年底第一次扩张,2008年迅速减少,而后又略有增加.同时在长期的进化过程中,3个位点受到正选择作用的影响,增加了病毒的适应能力;89个位点受负选择作用的影响,它们在病毒的复制、流行中可能具有重要的功能;其中剪切位点附近的329位所受负选择作用强烈(PsLAC0.001、PFEL0.000、BFREL 137),此位点可能与病毒毒力有关.中国台湾地区H6N1病毒的HA已发生了明显的适应性进化,具有发生疫情的可能性,人们应高度重视,并能及时给与监测和防治.
关键词： 人感染H6N1禽流感病毒 适应性进化 进化动力学 血凝素 生物信息学方法
