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中国台湾地区H6N1禽流感病毒血凝素基因的适应性进化
2013年在中国台湾地区发现了第一例人感染H6N1禽流感,研究该地区H6N1病毒血凝素基因(HA)的适应性进化特征和种群动力学,将为人感染H6N1病毒的来源、进化及致病机制的理解提供更多信息,为进一步的研究和防治提供一定帮助.本研究从Flu和GISAID两大数据库中获得中国台湾地区所有已释放的H6N1病毒的HA序列,构建系统发育树和进化动力曲线,并推测其进化速率,分析其适应性进化特征.结果表明中国台湾地区H6N1病毒的HA有五种类型,其中人感染H6N1病毒的HA所属类型为目前当地优势类型;该病毒种群于1971年底第一次扩张,2008年迅速减少,而后又略有增加.同时在长期的进化过程中,3个位点受到正选择作用的影响,增加了病毒的适应能力;89个位点受负选择作用的影响,它们在病毒的复制、流行中可能具有重要的功能;其中剪切位点附近的329位所受负选择作用强烈(PsLAC0.001、PFEL0.000、BFREL 137),此位点可能与病毒毒力有关.中国台湾地区H6N1病毒的HA已发生了明显的适应性进化,具有发生疫情的可能性,人们应高度重视,并能及时给与监测和防治.
关键词： 人感染H6N1禽流感病毒 适应性进化 进化动力学 血凝素 生物信息学方法 -
隐匿性乙型肝炎病毒感染者病毒S基因的适应性进化分析
目的：检测隐匿性乙型肝炎病毒（ HBV ）感染者病毒S基因的适应性进化现象，验证隐匿性HBV感染现象的分子机制。方法 GenBank中下载隐匿性HBV感染者病毒S基因及HBV各基因型参考株序列，PAML4．07软件检测其阳性选择位点。结果 Clustal W对位排列、手工比对后共获得174条隐匿性HBV感染者病毒S基因。 PAML4．07软件包CODEML程序中，LRT法检验分析结果显示选择模型均显著优于中性模型，优化模型M8（ BEB法）共检出14个阳性选择位点，其中有8个位点位于外膜蛋白免疫表位区。 HBV各基因型参考株S基因仅检出2个阳性选择位点。结论隐匿性HBV感染者病毒S基因在宿主强烈免疫抑制下发生适应性进化形成免疫逃避株，故病毒能持续存在。
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SARS-CoV由果子狸向人类跨种传播中S蛋白的适应性进化研究
目的: 研究SARS-CoV表面S蛋白由动物向人类跨种传播过程中的适应性进化过程.方法: 用系统进化树构建和群体遗传学方法,对100个S基因序列进行了分析.这些序列均从GenBank获得,并能反映整个SARS流行期.结果: 依据系统进化树和流行病学资料,将SARS病毒分为三个流行群:02-04跨种传播群、03-早中期流行群和03-晚期流行群.它们分别代表SARS-CoV克服种间障碍实现跨种传播阶段、进入人类后的初适应阶段以及在人类中建立感染后的阶段.在前两个流行群中,S蛋白受到了阳性选择压力,而在03晚期流行群中却遭受了很强的负选择压力.三个流行群选择压力的比较显示,SARS-CoVs从动物向人类跨种传播过程中,S蛋白受到的阳性选择压力依次减小.结论: 从初的阳性选择到后的负选择,S蛋白经历了变化的自然选择压力.这种变化的选择压力不仅反映了SARS-CoV由动物向人类跨种传播的适应性进化过程,也为研究其他病毒的跨种传播机制提供重要线索.
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分子靶向药物Herceptin治疗HER-2过表达乳腺癌的进展
从肿瘤的分子遗传学的视角而言:肿瘤的生长、侵入和转移是肿瘤细胞通过累积基因组上的突变而获得适应性进化的结果.恶性肿瘤的分子靶向治疗,是一种以肿瘤细胞的特定基因或基因的表达产物作为治疗靶点,定向杀死肿瘤细胞,而对正常细胞杀伤较小的治疗模式[1].它在很大程度上改变了传统单纯化疗带来的靶点不明确、副作用大的缺点.
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干扰素治疗早期乙型肝炎病毒的适应性进化
目的 探讨慢性乙型肝炎(chronic heptitis B,CHB)患者干扰素-α(IFN-α)治疗早期乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)的适应性进化.方法 对16例进入免疫清除期的慢性乙型肝炎患者进行IFN-α抗病毒治疗,治疗12周有6例取得完全病毒学应答,3例部分病毒学应答,7例无应答.分别采集治疗前和治疗12周的患者血清,提取HBV DNA后扩增HBV全基因组,进行分子克隆后测序,对病毒基因组4个开放读码框进行适应性进化分析,并研究适应性进化与IFN-α抗病毒效果的关系.结果 用大似然法分别检测治疗前后3组患者HBV基因组的正选择位点,一共检测到28个密码子位点.治疗前无应答组检测到的正选择位点(16个)多于完全应答组(9个)和部分应答组(8个),治疗12周部分应答组和无应答组的正选择位点数量减少.对检测到的正选择位点进行抗原表位定位,发现28个正选择位点中有18个位于已知的抗原表位区.治疗后新出现的正选择位点S-ORF188位密码子位点、P-ORF 213位密码子位点以及部分应答组和无应答组治疗12周都未消失的正选择位点X-ORF144位密码子位点突变可能与干扰素应答不良相关.结论 慢性乙型肝炎免疫清除期各个基因都存在适应性进化,且检测到的正选择位点大部分位于免疫表位区.HBV基因组的正选择作用可能与氨基酸突变病毒逃逸宿主免疫应答有关,S-ORF188位密码子位点、P-ORF213位密码子位点以及X-ORF 144位密码子突变可能与干扰素α治疗早期应答不佳相关.
