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肠道病毒71型武汉分离株(EV71-WH029)全基因组cDNA克隆及序列分析
目的 对肠道病毒71型武汉分离株(EV71-WH029)进行全基因组克隆、序列测定及分析,了解其基因组结构和遗传进化特征,并初步探索EV71毒力相关位点.方法 采用RT-PCR扩增覆盖基因组全长的cDNA片段,利用Over-lap extension PCR得到WH029全基因组cDNA克隆;cDNA片段测序后利用BioEdit 4.8.8和MEGA 5.2.2等软件进行序列分析和遗传进化分析;采用Fisher's exact test进行编码区氨基酸变异位点的统计分析;采用RNAfold服务器进行非编码区二级结构分析.结果 WH029分离株基因组全长7 406 nt(未包含多聚腺苷酸尾),5'-和3'-UTR分别为743 nt和81 nt,中间为一个全长6 582 nt开放阅读框(ORF),编码一个长度为2 194 aa的多聚蛋白,编码区无核苷酸的缺失或插入;该毒株与安徽阜阳株EU703813及上海株JQ736684的核苷酸及氨基酸序列同源性均高(分别为97.53％～100％和97.41％～99.73％),系统进化分析也表明该毒株与以上两株的亲缘关系近;编码区氨基酸序列分析发现有7个位点变异.非编码区的二级结构预测提示,该区域的核苷酸位点变异与毒力无直接相关性,而与地域有相关性.结论 WH029分离株全基因组结构符合EV71病毒特征,经序列比对及进化分析证实WH029分离株属于EV71 C4a基因亚型,并推断该株可能来源于2008年安徽HFMD疫情.对不同临床症状的EV71毒株序列的比较分析提示,EV71毒力与编码区单一位点的突变及非编码区二级结构的变异无直接相关性,可能与多位点突变共同作用及患者的个体差异相关.
关键词： 肠道病毒71型 全基因组cDNA克隆 生物信息学分析 毒力 -
一种新的柯萨奇病毒A组16型中国湖北分离株(CV-A16 WH16)全基因组序列测定及分析
目的 对分离自2010年中国湖北手足口患者的柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)病毒WH16株进行全基因组克隆、序列测定及进化分析.方法 利用RT-PCR扩增覆盖基因组全长的cDNA片段,利用Over-lap PCR进行分步连接,得到CV-A16 WH16的全基因组cDNA克隆.对cDNA克隆进行测序,并利用BioEdit 4.8.8、EditSeq 5.01和MEGA 6.06软件进行序列分析和进化树构建.结果 CV-A16 WH16基因组(未包含多聚腺苷酸尾)长度为7 406 nt;WH16与CV-A16 TS10/07、CV-A16原型株G-10以及EV71原型株BrCr的核苷酸一致性分别为97.7％、79.1％和79.5％,而氨基酸一致性分别为98.9％、94.7％和88.7％.全基因组进化树分析表明,CV-A16 WH16与CV-A16 TS10/07亲缘关系近,与G-10株存在显著差异;开放阅读框核苷酸序列进化树分析表明,CV-A16 WH16与EV71BrCr的亲缘关系较近.结论 进化树分析表明,与G-10相比,CV-A16 WH16部分区域的核苷酸序列和BrCr的亲缘关系更近.
关键词： 柯萨奇病毒A16 全基因组cDNA克隆 序列分析 进化树
