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HPV16型E6蛋白的B细胞线性表位预测及分析
目的 对高危型人乳头瘤病毒(Human papillomavirus) 16型E6蛋白的B细胞线性表位进行预测. 方法 以HPV16型E6蛋白(P03126)的全长氨基酸序列为基础,采用EXPASY网站上的生物信息学软件和DNAstar软件包中的Protean软件分析E6蛋白的二级结构,跨膜趋势及其亲水性,表面可及性,抗原性,极性和柔韧性等特性.综合以上参数预测HPV16型E6蛋白的B细胞线性表位,并进一步进行同源性匹配分析. 结果 综合多个参数分析显示B细胞线性表位可能位于E6蛋白N端2-7、9-19、30-36、45-49、105-109、119-125和148-158区段及其附近,进一步同源性匹配分析支持其中区段2-7、9-19、119-125及148-158为可能的B细胞线性表位,其中区段148-158(RSS-RTRRETQL)为HPV16型E6蛋白所特有的序列,而区段2-7 (HQKRTA)、9-19 (FQDPQERPRKL)与HPV9型E6蛋白具有同源性,区段119-125(PEEKQRH)与HPV31型E6蛋白具有同源性. 结论 综合分析预测HPV16型E6蛋白的B细胞线性表位可能位于E6蛋白N端2-7、9-19、119-125及148-158区段,为HPV16型E6蛋白的进一步研究奠定了基础.
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人乳头瘤病毒58型L1蛋白B细胞表位预测和分析
目的 对人乳头瘤病毒58型(HPV58)主要结构蛋白(L1)的B细胞表位进行预测和分析. 方法 利用生物信息学软件EXPASY在线分析HPV58型L1蛋白的二级结构及生物学特性,包括跨膜趋势、表面可及性、抗原性、亲水性,溶性等,从而对其B细胞表位进行综合分析和预测. 结果 通过亲水性参数,Zimmcrman极性,柔韧性参数,表面可及性及抗原性进行综合分析,预测人乳头瘤病毒58型L1蛋白的B细胞表位可能位于其N端的29-37,43,46-58,64-67,74,79-88,93,100-101,103-125,133-139,149,151-180,187-213,220-213,235,238-247,252-271,277-282,286-309,320-323,327-338,341-348,351,353-368,373-396,408,427,419-425,433-444,453-468,470,475-486,488-490,493-494,497-524肽段区域;进一步用Protien Plast在线同源匹配分析,79-88、190-216、373-396、453-468、497-524肽段区段为可能的B细胞表位. 结论 用多参数预测分析HPV58型L1蛋白可能的B细胞表位,为进一步研究高危型58型L1蛋白的生物学特性提供了理论基础.
关键词： 人乳头瘤病毒58型(HPV58) B细胞表位 L1蛋白 同源性匹配分析
