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苏黎世克罗诺杆菌文献资料
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苏黎世克罗诺杆菌DSM 18703株外膜蛋白OmpA基因克隆及生物信息学分析
目的 克隆苏黎世克罗诺杆菌(CT) DSM 18703株外膜蛋白A(Outer membrane protein A,OmpA)基因,并对其编码蛋白进行生物信息学分析.方法 以CT DSM 18703株DNA为模板,PCR扩增OmpA基因,克隆入表达载体pMD19-T进行测序分析,利用生物信息学方法对编码OmpA蛋白的理化性质、保守结构域、亲水性/疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、抗原决定簇、二级和三级结构及同源性进行预测分析.结果 CT DSM 18703株OmpA基因核苷酸序列长度为1 044 bp,其编码蛋白由347个氨基酸组成(基因登录号:AGQ57145.1),编码蛋白的分子质量单位为37.11 ku,等电点值理论为5.20.该蛋白具有1个跨膜蛋白保守结构域,含有1个信号肽,不含跨膜区,是一种外膜蛋白;含11个与免疫相关的抗原决定簇,具有形成抗原表位的优势结构,可作为潜在的候选疫苗.二级结构中a-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲的含量分别为29.97％、19.60％、8.93％和41.50％.多重序列比对和聚类分析显示,该蛋白序列与CT z2032株OmpA蛋白(CBA 29736.1)有高度同源性,且在系统发育树上与二者聚为一簇.结论 成功克隆了CT DSM 18703株OmpA基因,生物信息学分析显示其编码蛋白OmpA含有潜在的抗原决定簇区域,可作为苏黎世克罗诺杆菌工程疫苗候选基因.
