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TaqMan实时荧光定量PCR检测动物组织中结核分枝杆菌的研究
目的 以结核分枝杆菌的IS6110基因为特异性分子扩增靶标,利用TaqMan实时荧光定量PCR检测动物组织中结核分枝杆菌,以期作为科研或临床组织标本中结核分枝杆菌的检测方法. 方法 从155份小鼠、豚鼠和恒河猴的肺和脾组织中提取DNA,用TaqMan实时荧光定量PCR检测结核分枝杆菌IS6110基因,计算方法的灵敏度和特异度.结果 实时荧光定量PCR对组织中结核分枝杆菌的低检出限为1CFU/ml组织研磨液,其灵敏度和特异度分别为95.6％(95％CI:89.5％-98.4％)和100％(95％CI:89.6％-100％);相比而言,培养法的灵敏度和特异度分别为82.3％(95％CI:73.7％-88.6％)和100％(95％CI:89.6％-100％).两种方法的kappa系数为0.762(95％CI:0.79-0.965). 结论 TaqMan实时荧光定量PCR能快速检测感染组织中的结核分枝杆菌,具有高灵敏度和特异度,适用于科研和临床实验室对组织标本中结核分枝杆菌的检测.
关键词： 结核分枝杆菌 TaqMan实时荧光定量PCR 培养 诊断 -
蔗糖浓度对口腔变形链球菌gbpC基因表达的影响
目的 观察不同浓度蔗糖环境对变形链球菌葡聚糖结合蛋白C编码基因gbpC表达的影响.方法 变形链球菌分别在0.5%、1.0%、5.0%蔗糖条件下培养,提取总RNA,逆转录成cDNA,利用TaqMan实时荧光定量PCR技术检测不同环境条件下变形链球菌gbpC基因的表达.结果 当蔗糖浓度从0.5%升高至1.0%时变形链球菌gbpC基因表达明显上调(P<0.05),而5.0%蔗糖较1.0%蔗糖条件下gbpC表达无明显改变(P>0.05);黏附较强菌株其gbpC基因表达高于黏附较弱菌株,特别是在0.5%和1.0%蔗糖环境中差异具统计学意义(P<0.05).结论 蔗糖量从0.5%增至1.0%可促进变形链球菌gbpC基因表达,这可能是蔗糖促进变形链球菌黏附的机制之一;gbpC基因的表达量可能与变形链球菌黏附力相关.
关键词： 变形链球菌 葡聚糖结合蛋白C 黏附 TaqMan实时荧光定量PCR -
金属硫蛋白基因多态性与昆明地区汉族2型糖尿病的相关性研究
目的 探讨金属硫蛋白(MT)1A基因rs8052394多态性与昆明地区汉族T2DM的相关性.方法 采用Taqman实时荧光定量PCR技术对257例T2DM患者(T2DM组)和108名健康对照(NC)组M T1A基因型进行检测.结果 T2DM组MT1A基因rs8052394 A/A基因型频率及A等位基因频率高于NC组(χ2=20.519、29.213,P<0.01).Logistic回归分析显示,MT1A rs8052394 A/A基因型携带者相对于A/G和G/G基因型携带者患T2DM的危险性增加.结论 昆明地区汉族人群MT1A基因rs8052394多态性可能与T2DM的发生有关,A等位基因可能增加T2DM的发病风险.
关键词： 金属硫蛋白1A基因 多态性 糖尿病 2型 TaqMan实时荧光定量PCR -
葡萄糖浓度对变形链球菌spaP基因表达的影响
目的 观察不同浓度葡萄糖对变形链球菌初始粘附相关基因spaP表达的影响.方法 变形链球菌分别在0.2、1.0、5.0%葡萄糖条件下培养,提取总RNA,逆转录成cDNA,利用TaqMan实时荧光定量PCR技术检测不同环境条件下变形链球菌初始粘附相关基因spaP的表达情况.结果 在0.2%～5.0%葡萄糖浓度范围内,粘附较强的变形链球菌菌株spaP基因的表达随糖浓度的增加而明显增强,粘附较弱的菌株也呈现这样的趋势,但差异不具有统计学意义.粘附较强的变形链球菌菌株其spaP基因的表达总体上高于粘附较弱的菌株.结论 在一定浓度范围内(0.2%～5.0%),葡萄糖浓度升高利于变形链球菌spaP基因表达可能是其促进变形链球菌初始粘附的机制之一;变形链球菌对牙面的粘附力可能与其spaP表达量有关.
关键词： 变形链球菌 初始粘附 TaqMan实时荧光定量PCR -
酸性环境对变形链球菌srtA基因表达的影响
目的 检测酸性环境对变形链球菌初始粘附相关基因srtA表达的影响.方法 变形链球菌分别在初始pH为5.5和7.0的条件下培养,提取总RNA,逆转录成cDNA,利用TaqMan实时荧光定量PCR技术检测不同环境条件下变形链球菌初始粘附相关基因srtA的表达.结果 酸性环境中高粘附能力变形链球菌srtA基因表达明显上调,低粘附能力菌株的srtA基因表达也升高但不具有统计学意义;中性环境中高粘附能力菌株srtA基因表达明显高于低粘附能力菌株,而在酸性环境中这种差异无统计学意义.结论 酸性环境促进变形链球菌srtA基因表达可能是变形链球菌抵抗酸性环境的机制之一;变形链球菌对牙面的粘附力可能与其srtA表达的量有关.
关键词： 变形链球菌 初始粘附 TaqMan实时荧光定量PCR -
Taqman qPCR检测CD147/Basigin剪接变异体在人上皮性卵巢癌中的表达
目的:应用Taqman qPCR技术检测CD147/basigin剪接变异体在人上皮性卵巢癌组织与正常卵巢组织中的表达差异.方法:运用半定量RT-PCR技术检测CD 147/basigin剪接变异体在上皮性卵巢癌细胞系中的表达；Taqman qPCR检测CD 147/basigin剪接变异体在人上皮性卵巢癌细胞系中的表达分布；进一步通过收集32例上皮性卵巢癌组织与26例正常卵巢组织,提取组织RNA,反转录cDNA,Taqman qPCR检测CD147/basigin剪接变异体mRNA在上皮性卵巢癌组织与正常卵巢组织中的表达差异.结果:半定量RT-PCR结果显示basigin-2,basigin-3和basigin-4在上皮性卵巢癌细胞系中均有表达,主要以basigin-2为主；Taqman qPCR检测到三种剪接变异体在不同卵巢癌细胞系中表达不同,basigin-2在卵巢癌细胞系中较basigin-3,basigin-4表达较高,basigin-4较basigin-3略高；Basigin-2剪接变异体在高转移Ho-8910pm细胞中表达较高,在低转移HO-8910细胞中表达较低.组织Taqman qPCR检测basigin-2和basigin-4在上皮性卵巢癌组织中的表达水平显著高于正常卵巢组织(P值分别为＜0.0001和0.0261),basigin-3的表达水平略有升高(P=0.2616),但无统计学意义.结论:三种剪接变异体在卵巢癌组织中较正常卵巢组织表达上调.CD147/basigin-2在高转移卵巢癌细胞系HO-8910pm中高表达,在低转移卵巢癌细胞系HO-8910中低表达,且表达强度与上皮性卵巢癌的转移相关；探讨CD 147/basigin-2在上皮性卵巢癌中的高表达,为卵巢癌的进一步治疗开辟一新途径.
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葡萄糖浓度对变形链球菌srtA基因表达影响的研究
目的 观察不同浓度葡萄糖对变形链球菌初始黏附相关基因srtA表达的影响.方法 变形链球菌分别在0.2%、1.0%、5.0%葡萄糖条件下培养,提取总RNA,逆转录成cDNA,利用TaqMan实时荧光定量PCR技术检测不同浓度葡萄糖环境中变形链球菌初始黏附相关基因srtA的表达情况.结果 在0.2%-5.0%葡萄糖浓度范围内,黏附较强的变形链球菌菌株srtA基因的表达随糖浓度的增加而明显增强,黏附较弱的菌株也呈现这样的趋势,但差异不具有统计学意义.在0.2%和1.0%葡萄糖的环境中,黏附较强的菌株srtA基因表达显著高于黏附较弱的菌株.结论 在一定浓度范围内(0.2%-5.0%),葡萄糖浓度升高所致变形链球菌srtA基因高表达可能是其促进变形链球菌初始黏附的机制之一;变形链球菌对牙面的黏附力可能与其srtA表达量有关.
关键词： 变形链球菌 初始黏附 TaqMan实时荧光定量PCR -
蔗糖浓度对变形链球菌wapA基因表达的影响
目的:观察不同浓度蔗糖环境对变形链球菌粘附相关基因wapA表达的影响.方法:变形链球菌分别在0.5%、1%、5%蔗糖条件下培养,提取总RNA,逆转录成cDNA,利用TaqMan实时荧光定量PCR技术检测不同环境条件下变形链球菌粘附相关基因wapA的表达.结果:不同浓度蔗糖条件下变形链球菌wapA基因表达的变化不具有统计学意义;0.5%和5%蔗糖条件下,粘附较强的菌株其wapA基因的表达明显高于粘附较弱的菌株.结论:蔗糖量的增加对变形链球菌wapA基因表达的影响不大;wapA基因表达的量可能与变形链球菌的蔗糖依赖性粘附呈正相关关系.
关键词： 变形链球菌 蔗糖依赖性粘附 TaqMan实时荧光定量PCR -
TaqMan实时荧光定量PCR法检测紫河车掺伪的研究
目的:建立快速准确的检测出紫河车中的常见掺伪物种的方法.方法:采用Taq-man实时荧光定量PCR法,以常见掺伪动物猪、牛、羊的特异性基因作为引物,对紫河车及掺伪样品进行定性研究.结果:该法可准确鉴别紫河车掺伪品中的猪、牛、羊物种,3个物种间以及与人之间均无交叉反应,3个掺伪物种的小检出浓度分别为3.313、3.375、3.281 μg/g.结论:所建立的方法具有灵敏度高、特异性强、稳定性好、准确度高和检测快速的优点,可用于紫河车中猪、牛、羊掺伪的定性鉴别.
关键词： 紫河车 猪、牛、羊 TaqMan实时荧光定量PCR 掺伪 定性鉴别 -
ACACB基因rs2268388多态性检测的实验条件
目的 建立一种快速、准确、特异的定量检测ACACB基因rs2268388多态性的方法.方法 针对ACACB基因序列设计引物和Taqman探针,探索实时荧光定量PCR技术检测ACACB基因rs2268388多态性的佳条件,设立不同浓度,并检测其灵敏度和特异性.结果 PCR反应预变性时间为10 min,退火、延伸时间为1min时扩增产物效果理想.Taqman实时荧光定量PCR探针及引物浓度0.5 μL(0.2 μM),TaqMan Genotyping Master Mix 5 μL,dH2O 2.5 μL总体系为10 μL时扩增产物效果理想并节约了实验费用,检测特异性良好.结论 优化Taqman探针法的实验条件能够灵敏、特异、稳定地对ACACB基因rs2268388多态性进行定量检测,并有效节约了实验成本.
关键词： TaqMan实时荧光定量PCR ACACB基因 特异性 敏感性 -
肺炎链球菌TaqMan实时荧光定量PCR的建立及临床应用
目的：建立TaqMan实时荧光定量PCR检测肺炎链球菌的方法，应用于临床儿童社区获得性肺炎（CAP）标本的快速筛查。方法根据 GenBank公布的肺炎链球菌自溶酶基因（lytA）设计引物和探针，建立实时荧光定量 PCR，并对体系进行优化；同时以痰培养法做双盲对照，应用于1504份 CAP患儿标本检测。结果 TaqMan实时荧光定量 PCR菌液的低检出限可达18.75 cfu/PCR，无交叉反应，特异度好；对1504份儿童CAP标本检测，141份肺炎链球菌实时荧光定量PCR阳性，其中140份肺炎链球菌痰培养阳性，该方法灵敏度为100％，特异度为99.93％。从样品处理到结果报告仅需2.5 h。结论 TaqMan实时荧光定量PCR快速、简便、灵敏度高、特异度强，可用于儿童CAP中肺炎链球菌的初筛和指导抗生素的的合理使用。
