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新城疫病毒HBNU/LSRC/F3株HN基因的克隆及生物信息学分析
目的 克隆新城疫病毒HBNU/LSRC/F3株的血凝素神经氨酸酶蛋白(HN)基因,同时应用生物信息学工具分析其编码蛋白的主要特性. 方法 根据HN基因开放阅读框设计引物,提取新城疫病毒总RNA,通过逆转录PCR(RT-PCR)扩增HN基因,并将其连接到克隆载体上,利用蛋白分析专家系统(ExPASy)提供的ProtParam、Protscale、TMpred、Coil、MotifyScan、SWISS-MODEL等,NCBI上的CONSERVE DOMON、SMART、Signal P4.0、Bepipred 1.0、NetCTL等以及Bcepred、ABCpred、SOPMA、SYFPEITHI等生物信息学在线分析程序,结合PSORT Ⅱ Prediction、rasmol等生物信息学软件,分析、预测其编码HN蛋白的主要特性及T/B细胞抗原表位等. 结果 HN基因RT-PCR扩增产物与预期大小一致,并成功连接到克隆载体上,测序结果显示HN基因序列与GenBank上已发表的序列完全一致.其编码蛋白由571个氨基酸组成,分子式为C2766H4316N752O852S24,分子质量单位为62.5 ku,等电点理论值为6.24.HN蛋白为跨膜蛋白,富含无规则卷曲(Cc)和α-螺旋(Hh),其主要定位在线粒体和胞质中.该蛋白共有12个亲水性较高区域(参数得分≥1.9),17个表面可及性较高区域(参数得分≥1.9),9个柔韧性较高区域(参数得分≥2.0),36个翻译后修饰位点,17个潜在的B细胞表位,12个CTL表位和辅助性T细胞的联合表位. 结论 成功克隆了HN基因并分析了其编码蛋白的主要特性,为后期HN蛋白的分子克隆及其抗肿瘤特性研究奠定了基础.
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草鱼肠炎嗜水气单胞菌分离株的主要特性及系统发育学分析
目的对分离于草鱼( Ctenopharyngodon idellus )肠炎的病原嗜水气单胞菌( Aeromonas hydrophila ),进行了主要理化特性方面较系统的表观分类学指征检验及系统发育学分析,为对该菌的有效鉴定提供依据.方法对死于肠炎病的鱼中分离到的5株病原嗜水气单胞菌(HC960715-1至HC960715-5),按常规方法进行形态特征、培养特性、主要生化及药物敏感性的检测.同时,择代表菌株(HC960715-1)进行16S rRNA基因的分子鉴定,测定16S rRNA基因序列、分析相关细菌相应序列的同源性,构建系统发生树.结果 5株供试菌的主要生物学性状表现一致,代表菌株(HC960715-1)的16S rRNA基因序列长度为1429 bp(GenBank 登录号:AY966887),与GenBank数据库中的气单胞菌基因序列的相似性在98%和100%.结论根据表观分类学指征及系统发育分析结果,表明供试5株菌均为嗜水气单胞菌.对37种供试抗菌类药物的敏感性在株间无明显差异.
