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B组轮状病毒WH-1株 NSP2基因序列和蛋白质结构分析
目的克隆成人腹泻标本WH-1中B组轮状病毒组(group B rotavirus, GBRV)非结构蛋白NSP2基因,分析其核苷酸序列,比较与其它GBRV基因同源性,预测其mRNA二级结构、蛋白质二级结构. 方法利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从成人腹泻标本WH-1中扩增GBRV NSP2基因,克隆载体pUCmT,对NSP2基因进行核苷酸序列分析.利用GeneBee软件比较与其它GBRV毒株NSP2基因同源性,Rnaviz2.0软件绘制NSP2基因的二级结构,PredictProtein软件分析NSP2蛋白结构. 结果成人腹泻标本WH-1中GBRV非结构蛋白NSP2基因全长1007bp,与ADRV核苷酸序列的同源性达98%,与印度加尔各达分离株CAL-1达82%,与IDIR(鼠)同源性仅为79%.氨基酸序列与ADRV的同源性达98.4%,与CAL-1达97.7%,而与IDIR仅为89.0%.其mRNA折叠形成多达26个发卡环状结构.NSP2蛋白是由301个氨基酸残基组成的多肽,含有2个潜在的N-糖基化位点和多个磷酰化位点. 结论成人腹泻标本WH-1中GBRV非结构蛋白NSP2基因和氨基酸序列与人GBRV有较高的同源性,而与动物中GBRV同源性相对较低,其中与ADRV的同源性高,推测GBRV WH-1株与ADRV具有相同起源.
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人B组轮状病毒WH-1株NSP2基因片段的克隆与序列分析
目的了解人B组轮状病毒近20年来基因变异情况,为轮状病毒疫苗的研制提供依据.方法利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,扩增人B组轮状病毒WH-1株NSP2基因489bp的片断,并将其克隆到载体pUCmT,转化感受态细胞One-shot Top10F',提取转化菌质粒经限制性内切酶PstI酶切分析,筛选出阳性菌提取质粒,对插入片段进行了测序和核苷酸序列分析.结果利用GeneBee与其他B组轮状病毒株ADRV(人)、CAL-1(人)及IDIR(鼠)的NSP2基因进行同源性比较,发现毒株WH-1与ADRV核苷酸序列的同源性达99.8%,与CAL-1达93.7%,与IDIR(鼠)的同源性为80.0%.使用PredictProtein软件分析WH-1NSP2的蛋白组成,发现其编码的149个氨基酸组成的多肽中,含有1个潜在的N-糖基化位点和多个磷酰化位点.从氨基酸序列的同源性看,WH-1与ADRV的同源性达99.3%,与CAL-1达98.6%,而与IDIR为86.2%.结论 WH-1与ADRV的起源相同,且B组轮状病毒NSP2基因保守性很高.对人B组轮状病毒NSP2基因序列分析将有助于B组轮状病毒的流行病学、基因进化以及轮状病毒疫苗的研制都将有重要意义.
