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B组轮状病毒WH-1株 NSP2基因序列和蛋白质结构分析
目的克隆成人腹泻标本WH-1中B组轮状病毒组(group B rotavirus, GBRV)非结构蛋白NSP2基因,分析其核苷酸序列,比较与其它GBRV基因同源性,预测其mRNA二级结构、蛋白质二级结构. 方法利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从成人腹泻标本WH-1中扩增GBRV NSP2基因,克隆载体pUCmT,对NSP2基因进行核苷酸序列分析.利用GeneBee软件比较与其它GBRV毒株NSP2基因同源性,Rnaviz2.0软件绘制NSP2基因的二级结构,PredictProtein软件分析NSP2蛋白结构. 结果成人腹泻标本WH-1中GBRV非结构蛋白NSP2基因全长1007bp,与ADRV核苷酸序列的同源性达98%,与印度加尔各达分离株CAL-1达82%,与IDIR(鼠)同源性仅为79%.氨基酸序列与ADRV的同源性达98.4%,与CAL-1达97.7%,而与IDIR仅为89.0%.其mRNA折叠形成多达26个发卡环状结构.NSP2蛋白是由301个氨基酸残基组成的多肽,含有2个潜在的N-糖基化位点和多个磷酰化位点. 结论成人腹泻标本WH-1中GBRV非结构蛋白NSP2基因和氨基酸序列与人GBRV有较高的同源性,而与动物中GBRV同源性相对较低,其中与ADRV的同源性高,推测GBRV WH-1株与ADRV具有相同起源.
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计算机辅助设计抗肿瘤凋亡基因livin的反义核酸
目的:研究利用计算机辅助设计抗肿瘤细胞凋亡基因livin mRNA的反义核酸.方法:利用RNAdraw和Sfold两种软件进行livin mRNA反义核酸的二级结构预测,并转染肿瘤细胞HeLa,诱导细胞凋亡.结果:用这种方法设计出5个反义核酸,它们能够有效地抑制肿瘤细胞HeLa的生长,促进其凋亡.结论:利用这两种计算机软件设计livin mRNA反义核酸是可行的,能够有效的促进细胞凋亡.
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人B组轮状病毒vp7基因的克隆和序列分析
利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,扩增了人B组轮状病毒WH-2vp7基因,连接到克隆载体pUCm-T,并对其基因序列进行了分析.WH-2与ADRV的同源性达98%,与印度加尔各达分离株CAL-1达92%,而与动物B组轮状病毒同源性差别较大,如与IDIR(鼠)同源性仅为58%,与WD653(牛)B组轮状病毒同源性为63%,与ATI(牛)同源性为61%.对vp7基因的二级结构分析发现其mRNA折叠形成多达18个发卡环状结构.VP7蛋白是249个氨基酸组成,分子量为28.4kDa,含有3个潜在的N连接的糖基化位点和多个磷酰化位点,从氨基酸序列的同源性来看,WH-2与ADRV的同源性达99%,与CAL-1达95%,而IDIR仅为51%,说明了WH-2和ADRV的起源相同.此研究对了解B组轮状病毒基因的进化和变异规律具有重要意义,也将为B组轮状病毒预防性疫苗的研制提供科学的依据.
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人B组轮状病毒WH-1株 NSP5基因序列和蛋白质结构分析
[目的]克隆人B组轮状病毒WH-1株NSP5基因并测定其核苷酸序列,分析其基因和蛋白质结构.[方法] 利用RT-PCR技术扩增人B组轮状病毒WH-1株NSP5基因,克隆到载体pUCm-T,测定其基因序列;利用基因序列和氨基酸序列同源性比较软件GeneBee,比较与其B组轮状病毒基因及氨基酸序列同源性,绘制了NSP5基因的种系进化树; RNAstructure 3.7 和RNAviz 2.0绘制NSP5基因的二级结构;Predict Protein分析了NSP5蛋白结构.[结果] WH-1NSP5基因全长631 bp,与ADRV核苷酸序列的同源性达98%,与印度加尔各达分离株CAL-1达82%,与IDIR(鼠B组轮状病毒)同源性仅为64%.NSP5基因的mRNA折叠形成多达17个发卡环状结构.蛋白质结构为170个氨基酸组成的多肽,含有4个潜在的N-糖基化位点和多个磷酰化位点.WH-1与ADRV的氨基酸序列同源性达99%,与CAL-1达91%,而IDIR仅为68%.[结论] 人B组轮状病毒WH-1株NSP5基因与ADRV的起源相同.
