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基于RNA-Seq技术的先天性巨结肠转录组学
目的 筛选先天性巨结肠(hirschsprung disease,HSCR)患者病变肠组织和正常肠组织的差异表达基因.方法 选取2例全结肠型HSCR、1例长段型HSCR患者,从福尔马林固定后石蜡包埋样本中提取RNA,采用去除核糖体的方法构建cDNA文库后,应用RNA-Seq全面分析3对肠组织样本的转录组,筛选出病变组织和正常组织的差异表达基因.应用GO(gene ontology)方法分析差异表达基因的功能聚类,应用KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集性方法分析差异表达基因相关的信号通路.结果 3对标本的总RNA提取质量合格,RNA-Seq测序数据质量合格,测序数据与人类基因组参考基因对比匹配率合格,样品间基因表达相关性合格.3对病变组织和正常组织共有1382个差异表达基因,包括899个表达一致上调的基因、483个表达一致下调的基因.1382个差异表达基因被分为383个功能聚类.KEGG分析表明这些差异表达基因参与胆汁分泌、蛋白质消化与吸收、脂肪消化与吸收、维生素A代谢、类固醇激素生物合成、淀粉和蔗糖代谢等信号通路.结论 本研究首次利用RNA-Seq技术对先天性巨结肠病变组织和正常组织中的差异表达基因进行了全面分析,可为推动疾病发病机制的研究提供新思路.
关键词： 先天性巨结肠 全转录组测序 差异表达基因 福尔马林固定后石蜡包埋 -
基于RNA-Seq技术的跨种属跨病因肝癌差异表达基因的筛选
目的:运用全转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)技术和跨种属、跨病因筛选策略,定位出影响肝癌发生发展的关键因子.方法:运用RNA-Seq技术,对人肝癌、癌旁和正常肝组织,以及乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)和黄曲霉毒素B1(aflatoxins,AFB1)诱发的树鼩肝癌、癌旁和正常肝组织标本进行全转录组测序、基因表达水平分析和比较;分别筛选出人肝癌差异表达分子、HBV和AFB1致癌的树鼩肝癌差异表达因子,后定位出跨人和树鼩两个物种、跨HBV和AFB1两种致癌因素的肝癌共同差异表达分子.结果:各标本总RNA提取质量合格,RNA-Seq测序数据质量合格,测序数据与参考基因对比匹配率合格,样品间基因表达相关性合格.人肝癌差异表达基因有68个,其中上调基因14个,下调基因54个;HBV诱发的树鼩肝癌差异表达基因有314个,AFB1诱发的树鼩肝癌差异表达基因有20个,HBV和AFB1诱发的树鼩肝癌共同差异表达基因11个,均为下调基因.人肝癌和树鼩肝癌共同差异表达基因为2个,分别是载脂蛋白F(apolipoprotein F,APOF)和人胰岛素样生长因子酸不稳定亚基(insulin-like growth factor binding protein,acid labile subunit,IGFALS),其mRNA表达水平在肝癌中均下调.结论:运用RNA-Seq技术,跨种属、跨病因筛选肝癌关键基因的研究策略有可能推动肝癌关键基因的定位;APOF和IGFALS有可能是影响肝癌发生发展的重要分子.
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肺癌的下一代测序技术
肺癌在生物学上具有侵袭性，并且是癌症相关死亡的主要原因。根据临床特征、预后、对治疗的反应和耐受性，每一例肺癌患者的进展均是独特的。传统上基于毛细管的单基因测序的第一代技术（如Sanger测序法）已被允许大量平行测序且成本更低、通量更高的下一代测序技术（next-generation sequencing, NGS）所替代。与传统方法相比，NGS技术取得显著进步。我们希望这些方法可全面地解释癌症全球图谱，并提供更多信息以满足个体化用药的需求。本综述包括对不同NGS技术的简要说明，NGS在肺癌研究进展中的应用和重要发现的总结，包括对已知靶基因（EGFR、ALK和KRAS）的进一步探索、其它肺癌突变的鉴定和癌症基因组研究的全局协调。
