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基于蛇足石杉转录组的SNP和SSR多态性分析

张林甦;刘承贵;蒙慧彤;夏亚兰

摘要: 目的:对蛇足石杉的单核苷酸多态性(SNP)及微卫星短序列重复多态性(SSR)进行分析.方法:用HISAT、GATK、MISA等软件对蛇足石杉转录组筛选得到SNP和SSR并设计了SSR引物.结果:共发现50388个SNP位点,转换占64.2%,颠换占35.8%.共筛选出11934条SSR,分布在9358个unigene中,其中含有两条以上SSR的unigene有1786个.二核苷酸重复出现频率多,占总SSR47.6%,三核苷酸重复占31.2%,六核苷酸重复占10%、单核苷酸重复占4.2%、四核苷酸重复占3.9%,少的是五核苷酸重复占3.1%.结论:蛇足石杉具有较丰富的SNP和SSR标记,为其品种鉴定、种质培育等研究奠定了基础.

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