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重庆地区中蜂囊状幼虫病病毒型特异性遗传变异分析
目的 分析重庆地区中蜂囊状幼虫病病毒(Chinese sacbrood virus,CSBV)的遗传多样性.方法 采用RT-PCR法从重庆地区中蜂囊状幼虫病病死幼虫体内扩增CSBV的2段结构蛋白和1段非结构蛋白的编码序列,并克隆至pMD18-T载体进行双向序列测定,所得序列在NCBI上进行BLAST搜索,以进行同源性分析；应用ClustalW2软件进行多序列比对分析；应用SNAP软件计算同义替换率(Synonymous substitution rate,dS)、非同义替换率(Nonsynonymous substitution rate,dN)及其比值(dS/dN);采用MEGA 4软件的邻接法(Neighbor-joining)中的大可能性算法(Maximum likelihood method)构建系统进化树.结果 CSBV重庆分离株片段SBl-2、SB6-7和SB14-15的序列同源性高于99.06％,序列保守,3个片段序列均只发现少数点变异碱基,属于亚洲型,与东方蜜蜂广州分离株和韩国分离株的亲缘关系近；CSBV重庆分离株存在特有的核苷酸和氨基酸位点,且与亚洲型分离株存在广泛的共有基序；亚洲型分离株的替换率高于欧洲型分离株.结论 CSBV分离株存在型特异的遗传变异规律.
