首页 > 文献资料
-
中国地区丙型肝炎病毒的NS5A基因序列及干扰素敏感决定区特征分析
丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)NS5A基因编码的ISDR、PKRBD和V3等区域氨基酸序列的变异与HCV对干扰素-α( interferon-α,IFN-α)治疗的不同反应性有关[1-6],了解NS5A基因的序列特征及干扰素敏感决定区(IFN Sensitivity Determining Region,ISDR)的氨基酸序列有助于进一步研究中国地区HCV的致病性及HCV相关肝炎的药物治疗与预后.笔者选取了美国国立生物技术信息中心数据库(NCBI)中发表的中国地区HCV多聚蛋白的核苷酸和氨基酸序列及NS5A蛋白的部分氨基酸片段,对NS5A基因序列及ISDR氨基酸序列进行多序列比对、聚类分析、相似性分析及氨基酸变异位点分析,分析中国地区HCV的NS5A基因序列及ISDR特征,现将结果报道如下.
-
SARS冠状病毒RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)蛋白保守氨基酸基序的鉴定
严重急性呼吸综合片冠状病毒(SARS病毒)的高危害性,使得研究其分子机制并开发有效的治疗药物成为当前生物学家面临的紧迫任务.
-
免疫算法的改进及在DNA多序列比对中的应用研究
免疫算法(IA)是一种新的基于生物免疫系统的寻优算法.虽然以往的免疫算法有许多优良的计算特性,但在DNA多序列比对(MSA)中已知的免疫算法模型仍有许多不足.本文对已有的免疫算法通过加入免疫算子等进行改进,在保证群体的多样性性能的同时,加入了促使群体快速持续收敛的措施,并把它应用到多序列比对中,试验结果证明了此改进算法的可行性.
-
重庆地区中蜂囊状幼虫病病毒型特异性遗传变异分析
目的 分析重庆地区中蜂囊状幼虫病病毒(Chinese sacbrood virus,CSBV)的遗传多样性.方法 采用RT-PCR法从重庆地区中蜂囊状幼虫病病死幼虫体内扩增CSBV的2段结构蛋白和1段非结构蛋白的编码序列,并克隆至pMD18-T载体进行双向序列测定,所得序列在NCBI上进行BLAST搜索,以进行同源性分析；应用ClustalW2软件进行多序列比对分析；应用SNAP软件计算同义替换率(Synonymous substitution rate,dS)、非同义替换率(Nonsynonymous substitution rate,dN)及其比值(dS/dN);采用MEGA 4软件的邻接法(Neighbor-joining)中的大可能性算法(Maximum likelihood method)构建系统进化树.结果 CSBV重庆分离株片段SBl-2、SB6-7和SB14-15的序列同源性高于99.06％,序列保守,3个片段序列均只发现少数点变异碱基,属于亚洲型,与东方蜜蜂广州分离株和韩国分离株的亲缘关系近；CSBV重庆分离株存在特有的核苷酸和氨基酸位点,且与亚洲型分离株存在广泛的共有基序；亚洲型分离株的替换率高于欧洲型分离株.结论 CSBV分离株存在型特异的遗传变异规律.
-
基于结构信息的RNA多序列比对
本研究提出了一种考虑了结构信息的同源RNA多序列比对算法,它先利用热力学方法计算出每条序列的配对概率矩阵,得到结构信息,由此构造各条序列的结构信息矢量,结合传统序列比对方法,提出优化目标函数,采用动态规划算法和渐进比对得到后的多序列比对.试验证实了该方法的有效性.
-
基于EV71交叉保护抗原P1的前体蛋白B细胞抗原位点的预测
目的 获得EV71 P1保守氨基酸序列COBRA EV71 P1和基于此序列的B细胞抗原表位预测信息.方法 从NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)上下载获取1970-2010年间世界各地暴发流行的包含P1或VP1基因片段的EV71源序列和对应的氨基酸序列,根据VP1基因片段信息构建系统进化树,对源序列进行基因分组；对多基因型的EV71 P1氨基酸源序列采用多序列比对,以优势氨基酸位点代替差异氨基酸位点的方法,获得EV71 P1保守序列(COBRA EV71 P1),并运用IEDB Analysis Resource(http://tools.immuneepitope.org/main/)在线预测工具和DNASTAR软件里的Protean模块,运用单参数和二级结构预测综合考虑的方法,对COBRA EV71 P1前体蛋白的B细胞抗原表位进行预测.结果 成功比对出COBRA EV71 P1氨基酸序列,预测结果发现在COBRA EV71 P1前体蛋白的第10-24,41-60,68-82,208-225,328-345,498-514,592-609,664-678,772-786和841-855位点均具有较好的亲水性、表面可及性、柔韧性和抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,有可能是COBRA EV71 P1前体蛋白的优势表位.结论 经生物信息学分析,推测COBRA EV71 P1可能具有三个基因型EV71 P1前体蛋白的候选B细胞线性抗原表位,为EV71重组多表位疫苗设计和多基因型病毒样颗粒疫苗实验提供了理论基础.
关键词： COBRA EV71 P1 多序列比对 前体蛋白 B细胞线性抗原表位 -
蛋白质中变构通讯结构基础的方法分析与实现
对变构通讯的理解是研究细胞信号转导的一个基本目标.本文介绍一种基于蛋白质家族序列的统计偶联分析方法,通过计算蛋白质序列中各氨基酸位点之间的统计偶联而获得相互偶联的氨基酸位点,构成变构通讯的结构基础.利用MATLAB语言编程实现了统计偶联分析方法;并首次根据2004年4月Swiss-Prot库中63 395条真核蛋白质序列计算了各氨基酸在所有真核细胞蛋白序列中的频率分布平均值,这一结果与Steve W.Lockless等根据1998年10月Swiss-Prot库蛋白序列计算的结果基本一致.
