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中国地区丙型肝炎病毒的NS5A基因序列及干扰素敏感决定区特征分析
丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)NS5A基因编码的ISDR、PKRBD和V3等区域氨基酸序列的变异与HCV对干扰素-α( interferon-α,IFN-α)治疗的不同反应性有关[1-6],了解NS5A基因的序列特征及干扰素敏感决定区(IFN Sensitivity Determining Region,ISDR)的氨基酸序列有助于进一步研究中国地区HCV的致病性及HCV相关肝炎的药物治疗与预后.笔者选取了美国国立生物技术信息中心数据库(NCBI)中发表的中国地区HCV多聚蛋白的核苷酸和氨基酸序列及NS5A蛋白的部分氨基酸片段,对NS5A基因序列及ISDR氨基酸序列进行多序列比对、聚类分析、相似性分析及氨基酸变异位点分析,分析中国地区HCV的NS5A基因序列及ISDR特征,现将结果报道如下.
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炮制时间对何首乌16个成分含量变化影响的研究
为研究48 h的炮制时间对何首乌中成分的含量及变化影响.采用HPLC测定22个不同炮制时间的何首乌对比市售制首乌中各成分的含量,并采用指纹图谱相似性分析和聚类分析对测定结果进行特征分析.结果显示,相似度均在0.9～1.0,各个样本之间有较好的相关性.聚类分析方法将22个制首乌和生首乌样品基本按成分变化特征聚为4类.该研究发现4～5h为何首乌佳炮制时间,为何首乌的质量控制以及深入研究提供参考依据.
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基于物质基础组分结构的消癌平注射液多维结构质量控制的研究思路
中药制剂的质量控制一直是中药国际化发展道路上所关注的一个重要问题.中药成分的复杂性特点,使得中药制剂生产及其质量控制成为一大难点,如何实现制备质量稳定、可控的中药制剂是当前中药制剂领域所急需解决的关键问题.作者认为,结合中药制剂制备工艺特点,采取生产过程多维、动态的质量控制模式可能成为解决中药制剂质量可控的方法之一.因此,作者提出基于中药物质基础组分结构的多维结构质量控制的研究思路,该文主要是针对如何在整个变化动态过程中(工艺过程生产中间体的成分分析监控、药材源头、生产中间体到后制剂成品)控制中药制剂质量的稳定性.作者以消癌平注射液为例,阐述消癌平注射液多维质量控制过程,希望该方法可以为中药现代制剂的质量控制提供新的思路.
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基于生物药剂学性质的中药组分相似性分析方法的建立
中药组分是一个复杂的多成分体系,如何表征和评价其多样的性质一直是中药现代化进程中亟待解决的关键科学问题.该文根据生物药剂学性质的相关规定,制定中药组分相似性评价标准,同时基于向量夹角余弦(cosine)和格鲁布斯(Grubbs)法建立相似性分析的方法,用于评价组分内代表性成分性质的离散程度,终为中药组分亚组分的分类以及组分性质的整体性评价提供思路和方法.
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相似性分析用于丹参二萜醌组分平衡溶解度和油水分配系数的研究
目的:研究丹参二萜醌组分内各代表性成分的平衡溶解度和油水分配系数的相似性,从而为丹参二萜醌组分整体水溶性和脂溶性的表征奠定基础.方法:以丹参二萜醌组分为模型药物,借助指标成分法测定组分在不同缓冲液中的平衡溶解度和油水分配系数,基于向量夹角余弦(cosine)和格鲁布斯(Grubbs)法对各成分的平衡溶解度和油水分配系数进行相似性分析,评价其相似程度.结果:丹参二萜醌组分内代表性成分二氢丹参酮Ⅰ、丹参酮Ⅰ、隐丹参酮、丹参酮ⅡA在不同pH缓冲液中的平衡溶解度和油水分配系数均相似,这种相似不仅表现在变化趋势上,还表现在数值上.结论:相似性评价反映了组分内代表性成分性质值间相互偏离和分散的程度,适用于组分的研究；相似性评价能够增加组分性质评价和表征的科学性和合理性,同时能优化组分的结构.
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浙江省西部3个国家级自然保护区蠓类分布及相似性研究
目的 对浙江省天目山、九龙山、清凉峰3个国家级自然保护区蠓科昆虫种类进行调查,并进行保护区间的蠓虫相似性分析.方法 采用网扫法、马氏网采集法和灯诱法进行昆虫采集,应用Jaccard二元相似性系数(SI)对各保护区蠓类相似性进行聚类分析.结果 浙江省3个保护区共发现蠓科昆虫3亚科9属56种,其中浙江省新纪录52种;相似性分析结果表明天目山与清凉峰Ⅳ高(0.24),九龙山与天目山SI较低(0.21),九龙山与清凉峰SI低(0.20).结论 为浙江省蠓科昆虫的种类分布、蠓害防治和蠓传疾病研究提供了基础数据;保护区蠓类SI的高低主要与地理位置、气候条件、人为干扰活动等因素相关.
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幽门螺杆菌cagA基因及蛋白序列多态性分析
目的:结合本实验室研究结果,充分利用NCBI的核酸和蛋白数据库中检索到的CagA基因碱基和蛋白质氨基酸序列,分析其序列特征以及与地域和疾病的相关性.方法:利用Vector NTI Suite 9.0,ClastalX(version 1.8),Phylip(version 3.5)和Treeview(version 1.61)软件对检索到的幽门螺杆菌CagA基因碱基和蛋白质氨基酸序列进行多序列比较和系统发育分析.结果:检索到可以利用的全序列44条,部分序列560条.通过44条全序列比对,相似性分析和构建系统进化树,发现CagA基因碱基和蛋白质氨基酸序列可分为具有明显地域特征的东西方两类.通过44条CagA全序列和266条C端部分序列分析,发现C端相对多变区的重复序列可分为两类:第一类为菌株共有的不连续重复序列,第二类为个别菌株特有的连续重复序列,此类重复序列包含EPIYA模体的重复.序列特征与疾病的关系分析表明,非胃癌株中包含第二类重复序列的菌株占13%(9/71),胃癌株中包含第二类重复序列的菌株占3l%(12/39),X2检验P=0.021＜0.05,故可以认为胃癌株中包含第二类重复序列出现率高于非胃癌株,可以认为包含第二类重复序列的菌株与胃癌有关.结论:幽门螺杆菌CagA基因及蛋白序列多态性明显,具有东西方两个地域聚类特征,重复序列可分为两类.第二类重复序列中包含EPIYA模体的重复可能导致菌株致病性增强.
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2型糖尿病相关单核苷酸多态性c/t位点相似性分析
2型糖尿病(非胰岛素依赖型糖尿病)具有明显的家族遗传特点,但它的基因起源很大程度上并未得到深入了解.几种遗传因素共同影响提高了患2型糖尿病及相关代谢性疾病的风险性.通过对与2型糖尿病相关联的单核苷酸多态性位点(SNPs)做相似性分析来揭示2型糖尿病的基本机制,并作为标记来定位和识别与这一疾病相关的基因.
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红花UPLC法特征指纹图谱研究
目的 建立红花Carthamus tinctorius超高效液相色谱(UPLC)指纹图谱,为评价不同产地和不同品种红花的质量提供参考.方法 对产地来自新疆和河南共34批红花样品应用UPLC建立其指纹图谱,按“中药指纹图谱相似度评价系统”建立对照图谱,并进行相似度评价.运用SAS 9.30和Matlab软件对新疆不同品种和不同产地红花的UPLC指纹图谱特征峰进行聚类分析和主成分分析.结果 建立了红花药材的专属性UPLC指纹图谱,确立了26个共有峰;30批新疆红花样品和4批河南红花样品质量差异较大,新疆不同产地间和同一产地不同品种间具有一定差异.聚类分析和主成分分析均实现了新疆红花指纹图谱差异的识别.结论 该方法简便、高效、可靠,为红花药材的质量控制提供了有效的快速评价方法.
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白芍UPLC指纹图谱研究
目的 建立白芍UPLC指纹图谱测定方法,对不同产地白芍的质量进行较全面的评价.方法 色谱柱ACQUITYUPLC(R) HSS T3(100 mm×2.1 mm,1.8 μm),以乙腈-0.05％磷酸水溶液为流动相进行梯度洗脱,检测波长230 nm,柱温30℃,体积流量0.4 mL/min.采用相似度评价、聚类分析、主成分分析3种方法对23批白芍饮片指纹图谱进行研究.结果 建立了白芍饮片的专属性UPLC指纹图谱,确定了8个共有峰;23批白芍样品质量差异较大,不同产地间和同一产地内样品均具有一定差异.结论 该方法简便、易行,为白芍饮片的质量控制提供了较为有效的快速评价方法.
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基于相似性分析山楂叶总黄酮组分平衡溶解度和油水分配系数的研究
目的 研究山楂叶总黄酮组分中代表成分的平衡溶解度与油水分配系数,比较其相似性,为山楂叶总黄酮组分整体水溶性和脂溶性的表征奠定基础.方法 以山楂叶总黄酮组分为模型药物,选择芦丁、槲皮素、金丝桃苷为代表性成分,用HPLC法同时测定各成分在不同pH值的缓冲液及水中的平衡溶解度和表观油水分配系数(Papp),运用向量余弦法(cosine)和格鲁布斯法(Grubbs)评价其相似性.色谱条件:色谱柱为Zorbax Eclipse Plus C18柱(250 mm×4.6 mm,5μm),流动相为乙腈(A)-0.4％磷酸水溶液(B),梯度洗脱:0～10 min,20％乙腈;10～11 min,20％～40％乙腈;11～20 min,40％乙腈;20～21 min,40％～20％乙腈;21～25 rin,20％乙腈;检测波长为360 nm;体积流量为0.8 mL/min;柱温为40℃.结果 芦丁、槲皮素、金丝桃苷在不同pH值缓冲液及水中的平衡溶解度及Papp均相似,在不同pH值缓冲溶液中芦丁、槲皮素和金丝桃苷3个成分平衡溶解度的cosine值分别为0.998、0.988、0.987,Papp的cosine值分别为0.976、0.981、0.978,cosine值均大于0.9,芦丁、槲皮素和金丝桃苷平衡溶解度的Grubbs值分别为1.057、1.083、1.124、1.117、1.022、1.030、1.082、1.112,Papp的Grubbs值分别为1.125、1.107、1.079、1.034、1.041、1.037、1.129、1.128,Grubbs检验结果均小于G临界值1.153,相似性良好.结论 相似性分析客观地反映了组分内各成分性质的离散程度,可增加组分性质评价的科学性,为中药组分的制剂设计提供依据.
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酷似肾综合征出血热的恙虫病13例临床分析
恙虫病是由恙虫病立克次体(也称东方立克次体)所致的急性自然疫源性传染病,易感人群广泛.其基本病理变化为全身小血管炎、周围血管炎.可导致多脏器损害,临床表现错综复杂[1].近几年来,我们发现酷似肾综合征出血热的恙虫病13例,现分析如下.
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赖型钩端螺旋体与非致病钩端螺旋体差异基因片段的筛选与鉴定
目的:利用抑制消减杂交技术(suppression subtractive hybridization, SSH),比较致病与非致病钩体之间基因组差异,筛选致病钩体特有的基因片段,以分析钩体毒力相关基因.方法:以赖型钩体017株为tester,非致病性patoc Ⅰ株为driver进行SSH.用3种四碱基内切酶RsaⅠ、HaeⅢ、AluⅠ分别酶切基因组DNA,选择适内切酶消化产物(小于2 kb的片段),连接特殊设计的Adaptor进行消减杂交的PCR,得到消减混合物,与T/A克隆载体连接,转化JM109建立差异消减文库,经PCR和Southern blotting筛选鉴定阳性克隆,进而对部分片段进行测序和相似性分析.结果:AluⅠ适于将钩体酶切成用于SSH技术的小片段;经PCR和Southern blotting筛选鉴定得到25个致病钩体中特异存在的阳性克隆,阳性率达到62.5%;序列测定显示插入片段大小为149-1 506 bp,平均480 bp, GC含量从26.30%到51.98%不等,平均36.63%;相似性分析其中6个片段无任何相似性匹配,18个有一定相似性的序列可分为两类:与外膜蛋白或假想蛋白相关和与生化代谢修饰的酶相关.20个序列已被GeneBank收录,收录号分别为AF300873-AF300877,AF325807-AF325821.结论:SSH是一种有效、灵敏的、高特异的比较分析基因组差异的方法,对钩端螺旋体致病基因的筛选、基因组分化、分子遗传研究等具有重要意义;利用SSH技术筛选得到的致病钩体特有消减片段很可能与致病钩体的分子进化和毒力有关,也为我国特有微生物的基因资源开发和基因工程疫苗的设计提供给了重要信息.
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大鼠不同发育阶段β-防御素-2基因在肺组织的表达研究
目的:探讨大鼠β-防御素-2基因在肺组织表达的发育调控.方法:根据Genbank大鼠β-防御素-2的cDNA序列,设计一对特异引物.采用RT-PCR技术在大鼠不同发育阶段的肺组织总RNA中,扩增其特异cDNA片段,并进行DNA序列测定.借助Genbank中BLAST程序,将从该cDNA序列推导的氨基酸序列与人的hBD-2和大鼠的rBD-1做相似性分析.结果:从足月胎鼠、出生8h和4日以及成年大鼠相同重量肺组织所提取的总RNA中,均扩增出一条密度相同、长度约为220bp的cDNA片段.
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基于轮廓投影法的中药相似性分析
目的 建立一种简单有效的相似度分析新方法.方法 采用三维中药指纹图谱的轮廓投影进行相似性分析,并与传统的主成分分析方法相比较.结果 应用于不同产地的铁筷子中药材样品的相似性分析,获得满意结果.结论 轮廓投影法更加简单、稳健、有效,能够较好地获取三维中药指纹图谱中化学组成的特征信息,从而进行准确的相似性分析.
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鸡骨草UPLC指纹图谱研究
目的:建立鸡骨草UPLC指纹图谱测定方法,对不同产地鸡骨草的质量进行较全面的评价.方法:采用ACQUITY UPLC HSS T3(100 mm×2.1 mm,1.8μm)色谱柱,以乙腈-0.1％甲酸水溶液为流动相进行梯度洗脱,检测波长254 nm,柱温35℃,流速0.3 mL· minq.采用相似度评价、聚类分析、主成分分析3种方法对16批鸡骨草药材指纹图谱进行研究.结果:建立了鸡骨草药材的UPLC指纹图谱,确定了52个共有峰;通过相似度评价、聚类分析和主成分分析结果可知16批鸡骨草药材质量有差异,不同产地间和同一产地内药材均有一定差异,栽培品质量与野生品种之间有明显差异.结论:该方法为鸡骨草药材的质量控制提供了较为全面、有效的快速评价方法.
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阿司匹林肠溶片的实时释放度相似性分析研究
目的:考察不同厂家生产的阿司匹林肠溶片体外实时释放曲线,比较不同来源阿司匹林肠溶片释放行为的差异,为提高阿司匹林肠溶片的处方设计和质量控制提供思路及手段.方法:采用光纤药物释放度实时测定仪,测定各厂家阿司匹林肠溶片在pH6.8(中国药典2010年版)、pH6.8(日本橙皮书)、pH6.0(日本橙皮书)、pH4.0缓冲液和pH 1.2盐酸溶液5种释放介质中的实时释放曲线.结果:参比制剂在2种pH 6.8和pH6.0缓冲液释放介质中,50 min内的释放量均可达到80％;以pH6.8缓冲液(中国药典2010年版)为释放介质,31家企业的阿司匹林肠溶片在45 min内的释放量均大于80％,且均一性良好;以pH6.0缓冲液(日本橙皮书)为释放介质,部分企业的阿司匹林肠溶片在50 min内的释放量均小于20％,且180 min内的释放量仍小于50％;以pH6.8缓冲液(日本橙皮书)为释放介质,仅有部分厂家的阿司匹林肠溶片在2种pH 6.8缓冲液中表现出相似的释放行为,另一部分厂家的阿司匹林肠溶片释放较慢或不释放;pH 4.0缓冲液和pH1.2盐酸溶液为溶出介质,参比制剂和受试制剂均未释放.结论:参比制剂在pH6.0以及不同离子种类及强度下的pH6.8的缓冲液释放介质中均能释放,表明参比制剂在大部分肠道内均能够进行释放,并且受肠道内环境影响较小.部分企业阿司匹林肠溶片与参比制剂在释放度行为上存在差异,需重视处方工艺的进一步研究;建议采用多条释放曲线评价阿司匹林肠溶片的质量.
