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稀有鮈鲫鱼热休克蛋白HSP70多态性分析
目的:建立稀有鮈鲫鱼热休克蛋白HSP70提取方法 ,进行双向电泳技术、western blot分析,为构建稀有鮈鲫鱼的蛋白质分析提供了科学依据.方法:提取稀有鮈鲫鱼的热休克蛋白HSP70,采用双向电泳技术、western blot技术进行分析.结果:样本里面HSP 70有两种等电点,约5和7左右,且片段大小主要位于50-100之间.结论:本研究获得了非常有价值的稀有鮈鲫鱼的热休克蛋白HSP70多态性分析结果,为构建稀有鮈鲫鱼的蛋白质分析提供了科学依据.
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汉坦病毒核壳蛋白重组抗原的制备和基因分型研究
根据肾综合征出血热病毒(HFRSV)抗原检测、分型和流行病学目前还存在许多待解决的问题,研制了HFRSV的核衣壳基因工程抗原,建立了逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)和逆转录-聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(RT-PCR-RFLP)分型方法.
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黄芩种群遗传多样性初步研究
分析中药黄芩道地性与遗传多样性.方法:用随机扩增的DNA多态性分析(RAPD)方法,对13个居群62个黄芩Scutellaria baicalensis和并头黄芩S.SCOrdifolia样本,进行遗传多样性及黄芩居群遗传变异测定.结果:用14个随机引物,共获得114个条带,其中多态性条带112条.黄芩在物种水平上的多态性条带比率(PPB)值为95.5%,居群水平的平均PPB值为41.9%.黄芩样本RAPD聚类分析(UPGMA)没有表现出明显的分支,但显示出与地理位置有关三个类群.分子方差分析(AMOVA)显示,黄芩居群间的遗传变异占总变异的18.83%,居群内变异占81.17%.结论:首次在分子水平上证明黄芩道地性与遗传变异和地理环境有关系,并提出黄芩栽培选种的策略应该是大限度地保持其遗传多样性.
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采用基因芯片检出一例丙型肝炎病毒3b基因亚型的报告
研究表明,感染HCV的严重性与所感染的HCV基因型有一定的关系,并且不同的HCV基因型对干扰素治疗有不同的影响.HCV的基因分型目前缺乏统一的分类和命名方法.Chan等对5′NCR进行基因树分析,将HCV分为1、2、3三个主要的基因型[1],随后通过对C、NS3、NS5区段的分析指出,每种基因型均由两到三种基因亚型组成,并将其命名为1a、1b、2a等[2,3].Simmonds等[4]分离出HCV的基因型4,并发展了Chan的命名方法[5].同时Houghton等[6]将1a和1b分别命名为基因型Ⅰ和Ⅱ;Enomoto等[7]将2a和2b命名为基因型Ⅲ; Cha等[8]将3命名为基因型Ⅳ,并将以前在南非发现的一组HCV命名为基因型V.Okamoto等[9]和Mori等[10]将基因型2分为基因型Ⅲ和Ⅳ,基因型3分为基因型Ⅴ和Ⅵ.为了避免混淆,本文中采用Chan和Simmonds的命名方法.HCV的基因分型方法主要包括基因组或基因组的部分序列测序分析,型特异性引物PCR扩增(type-specific primers PCR)[9],限制性内切酶长度多态性分析(restriction fragment length polymorphism,RFLP)[4],线性探针法(line probe assay,LiPA)[7,11],以及Livache等[12]和Bidan等[13]采用的吡咯阵列传感器芯片的HCV基因分型方法.
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丙型肝炎病毒基因型分布及HLA-Cw基因多态性的关联性分析
目的 对邯郸不同HCV基因型的分布情况进行统计,结合HLA-Cw的基因多态性,分析HCV与HLA-Cw的关联性.方法 采用荧光PCR法进行HCV基因分型检测,计算不同HCV基因型的阳性率,从而对该地区的丙肝病毒感染者进行流行病学调查;采用病例-对照研究,对所有研究对象的基因组进行HLA基因分型,统计HCV感染者和健康对照者之间HLA-Cw基因频率的差异和关联度;对所有丙型肝炎病毒感染者,采用统计学方法分析HLA基因型别和血清中HCV-RNA的基因型别的关联性,从而寻找与不同HCV基因型感染相关的HLA-Cw基因型.结果 邯郸HCV 1b亚型在人群中的分布多,其次为混合型1b/2型;HLA-Cw* 8与HCV的慢性感染有关,而其他7个基因位点经研究关联不大,进一步研究发现,HLA-Cw * 8基因与HCV 1b亚型的易感性密切相关.结论 HLA-Cw基因与HCV感染密切相关,可进行易感人群分析,为控制HCV的传播提供可参考的理论依据.
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光纤微珠芯片技术及其在医药研究领域中的应用
基因芯片技术是近年来与人类基因组研究同步发展起来的新技术,在基因表达谱测定、突变检测、多态性分析、基因组文库建立及杂交测序等多方面具有较高的应用价值,为现代医学科学及医学诊断学的发展提供了强有力的工具[1].在经历了微点样芯片、光原位合成芯片两代基因芯片产品之后,目前美国Illumina公司己研制出新一代基因芯片产品--光纤微珠芯片.光纤微珠芯片是利用独特的微珠阵列(BeadArray)技术生产的芯片,具有高密度、高重复性、高灵敏度、低上样量、定制灵活等特点,克服了传统芯片的多个技术瓶颈,不仅检测筛选速度很高,也显著降低了研究成本[2].本文对光纤微珠芯片的工作原理、主要类型以及在医药研究领域中的应用等作一简介.
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葡萄胎的分子诊断研究进展
葡萄胎是常见的危害女性生殖健康的胎盘增生性疾病,其特点是异常受精以及随后的滋养细胞增生。葡萄胎主要分为完全性葡萄胎( complete hydatidiform mole,CHM)和部分性葡萄胎( partial hydatidiform mole, PHM),具有进展为持续性滋养细胞疾病的危险性[1]。其中CHM(13.9%~17.8%)比PHM(1.1%~3.5%)更容易进展为持续性滋养细胞疾病;且异精受精的杂合型CHM进展为持续性滋养细胞疾病的风险比孤雄来源的纯合型CHM高(P=0.029)[2];临床上,CHM与PHM和水肿型流产( hydropic abortions,HA)相比,除了清宫、定期随访外还需要适当的预防性化疗,因此葡萄胎的准确分型十分重要。目前病理学上对于葡萄胎的诊断和分型主要是依据临床症状及组织学形态观察,p57蛋白的免疫组织化学染色。凭借以上手段大多数葡萄胎可以得以准确诊断和分型,但是由于双亲来源的CHM、PHM及HA都表达p57蛋白,依然有少部分病例诊断和分型比较困难。近年来一些分子检测手段,如短串联重复序列( short tendom repeat, STR)多态性分析、妊娠相关microRNA检测、Lewis X检测等对葡萄胎的诊断和准确分型提供更可靠的依据。我们就葡萄胎的分子诊断及预后等方面的国内外研究进展作一综述。
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我国维、汉族CCR5△32、CCR2-64I、CX3CR1-V249I和CX3CR1-T280M多态性分析及其对HIV感染的影响
本研究选择了该区维族和汉族两个主要民族,分析了上述三个基因4个突变体在这些民族的分布及其分布的差异.并与HIV感染者相比较,观察了上述变异体对HIV感染的影响.
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广西性病门诊泌尿生殖道沙眼衣原体感染状况及基因分型研究
泌尿生殖道沙眼衣原体(chlamydia trachbomatis,CT)的感染是世界范围内常见的性传播疾病(sexually transmitted diseases,STD)之一.CT感染后会产生一些严重的后遗症,在女性中会出现输卵管源性的不孕、异位妊娠和盆腔炎,并且还是宫颈鳞状细胞癌的潜在危险因素[1];在男性中会发生附睾炎等[2-3 ].目前沙眼衣原体有19种血清型:A、B、Ba和C型引起沙眼;D、Da、E、F、G、Ga、H、I、Ia、J和K型主要为泌尿生殖道感染;L1、L2、L2a和L3型引起性病性淋巴肉芽肿[4].对沙眼衣原体的分离株进行分型研究,将有助于监测特定型别的流行动态,也有助于临床上判定治疗失败与再感染的原因.本研究应用PCR和限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP),对广西地区性病高危人群的泌尿生殖道CT感染状况和CT基因分型进行研究.
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乙型肝炎病毒DNA YMDD变异的检测技术
拉米夫定治疗乙型肝炎耐药性的产生主要与HBV P基因突变有关,耐药株中多见P基因变异且相对集中于YMDD基序.YMDD变异的检测技术包括核苷酸序列测定法、聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析、基因芯片技术、聚合酶链反应微板核酸杂交-酶联免疫黏附法等.本文就乙型肝炎病毒DNA YMDD变异的检测技术作一综述.
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消化肿瘤分子病理学技术研究进展
介绍近年来出现的消化肿瘤分子病理学研究的新方法和新技术.结合本作者研究工作,就有关文献进行综述.对后基因组时代病理学家所面临的机遇和挑战进行了评述,并重点介绍了基因表达谱分析与肿瘤分子分型、组织芯片技术及其应用、显微切割技术及在肿瘤分子病理学研究中的应用、分层表达扫描分析、生物信息学技术、克隆性检测技术、单核苷酸多态性分析技术、分子成像等技术,及其在消化肿瘤研究中的应用.充分利用人类基因组计划的成果和新技术,开展肿瘤分子诊断、分子分型和基因治疗研究、进而阐明肿瘤发生发展的分子机制,是新世纪肿瘤研究的重要任务.
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TNF-α基因启动子多态性与HBV感染转归的关系
目的:探讨中国汉族人肿瘤坏死因子-α(tumor necrosisfactor-α,TNF-α)基因启动子单核苷酸多态性与乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染结果之间的关系.方法:慢性乙型肝炎患者131例,HBV感染自愈者165组应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析方法,检测HBV感染自愈者和慢性乙型肝炎患者TNF-α基因启动子-238G/A,-308G/A,-857C/T和-863C/A单核苷酸多态性位点基因型.结果:对慢性乙型肝炎组和HBV感染自愈组人群TNF-α基因启动子区域的-238G/A,-308G/A,-857C/T和-863C/A 4个SNP位点进行基因型分析,共发现12种启动子基因型,以GG·GG·CC·CC,GG·GG·CC·CA,GG·GG·CT·CC和GG·GA·CC·CC基因型多见,约占85%.通过对慢性乙型肝炎患者和HBV感染自愈者TNF-α基因启动子4个位点基因型联合分析发现,GG·GG·CC·CC,GG·GG·CC·CA和GG·GA·CC·CC基因型在慢性乙型肝炎组和HBV感染自愈组分布差异有显著性,其中携带GG·GG·CC·CC基因型的个体患慢性乙型肝炎的机会比(odds ratio,OR)为2.15,95%可信区间为1.34-3.45;而携带GG·GG·CC·CA或GG·GA·CC·CC基因型的个体患慢性乙型肝炎的OR分别为0.48(95%可信区间为0.27-0.86)和0.35(95%可信区间为0.14-0.89).HBV感染的清除可能与GG·GG·CC·CA(X2=6.14,P=0.013<0.05)和/或GG·GA·CC·CC(X2=5.18,P=0.023<0.05)基因型有关.进一步对各位点单核苷酸多态性分析发现,慢性乙型肝炎患者和HBV感染自愈者TNF-α基因启动子-238G/A、-857C/T位点基因型分布频率差异无显著性,而-308G/A,-863C/A位点基因型分布频率差异有显著性(-308G/A位点,X2=6.53,P=0.011<0.05,OR=3.05;-863C/A位点,X2=4.33,P=0.037<0.05,OR=1.69).结论:TNF-α基因启动子-308G/A、-863C/A位点多态性与中国汉族人HBV感染后的结果有关,其中TNF0-α308G/A和/或-863C/A位点A等位基因的存在可能有利于HBV感染的清除.
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输血后HCV感染血清病毒含量及基因型与临床转归的关系
目的:了解我国输血后HCV感染病毒含量及基因型与疾病转归的关系.方法:对河北省某农村314例单采浆献血员HCV感染后的现状调查,包括临床表现、血清肝酶、病毒学标志检测以及B型超声检查,其中,HCV RNA的测定采用荧光定量PCR方法,HCV基因分型采用5'端非编码区限制性酶切长度多态性分析.结果:本调查组HCV感染的慢性化率为57.6%,自然阴转率为42.4%.314例感染者目前几乎均无症状,总的ALT的异常率为40.2%.HCV RNA含量变化与ALT水平高低呈正相关性(r=0.346,P<0.001).HCV基因Ⅱ型感染者HCV RNA含量和血清ALT均显著高于HCV基因Ⅲ型感染者(P<0.001).男性感染者的慢性化率高于女性感染者(66.7%vs50.4%).结论:本组输血后HCV感染自然阴转率较高,慢性HCV感染表现隐匿,肝酶学检查指标大多轻度到中度异常.HCV基因Ⅱ型感染者HCV RNA含量和血清ALT均显著高于HCV基因Ⅲ型感染者.男性感染者的慢性化率高于女性感染者.
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汉族人IL-12b和IL-10启动子区基因多态性与HBV感染的相关性
目的:我国是一个乙型肝炎大国,乙型肝炎感染及其转归显然有人种、人群差异.本研究对我国汉族人群中乙型肝炎病毒(hepatitis virus B,HBV)感染和发病与白介素-12 p40(interleukin-12 p40,IL-12b)、白介素-10(interleukin-10,IL-10)启动子区基因多态性之间的关系进行了探讨.方法:利用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性分析(restricted enzyme-fragmentlength polymorphisms,PCR-RFLP)的方法对非相关人群的健康人群与HBV感染患者(轻、中度慢性肝炎、重度慢性肝炎)和HBV感染家系中的HBV携带者、既往HBV感染者、健康人群的IL-12b,IL-10启动子区-540C、-592A(IL10-5'A,IL12-5'C)单碱基多态性(SNP)进行了分析,并且对两个突变位点进行了基因测序.使用SAS统计软件进行统计分析.结果:IL10-5'A、IL12-5'C在非相关人群中的分布技符合Hardy-Weinberg平衡.非相关人群IL10-5'A、IL12-5'C突变等位基因在HBV患者中的频率近似于健康人群(IL10-5'A,HBV患者42.08%,健康人41.9%,P>0.05;IL12-5'C,HBV患者55.8%,健J康人64.6%,P>0.05).IL10-5'A与IL12-5'C基因分布在慢性肝炎(轻中)和慢性肝炎(重)两组无显著性差异(P>0.05).提示IL10-5'A,IL12-5'C单碱基多态性(SNP)对乙型肝炎病情轻中无影响;HBV感染家系中IL10-5'A,IL12-5'C单碱基多态性在携带者、健康人群以及既往感染者三组间均匀分布,IL12-5'C突变频率与非相关人群相似(非相关人群-540T 55.3%,相关人群-540T 55.9%);IL10-5'A突变频率与非相关人群有显著性差异(非相关人群-592C42.0%,相关人群-592C 19.5%,P<0.01).结论:IL10-5'A突变比IL12-5'C突变在HBV感染家系中可能起到更重要的作用,或影响相关人群对HBV的易感性.
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幽门螺杆菌cagA基因及蛋白序列多态性分析
目的:结合本实验室研究结果,充分利用NCBI的核酸和蛋白数据库中检索到的CagA基因碱基和蛋白质氨基酸序列,分析其序列特征以及与地域和疾病的相关性.方法:利用Vector NTI Suite 9.0,ClastalX(version 1.8),Phylip(version 3.5)和Treeview(version 1.61)软件对检索到的幽门螺杆菌CagA基因碱基和蛋白质氨基酸序列进行多序列比较和系统发育分析.结果:检索到可以利用的全序列44条,部分序列560条.通过44条全序列比对,相似性分析和构建系统进化树,发现CagA基因碱基和蛋白质氨基酸序列可分为具有明显地域特征的东西方两类.通过44条CagA全序列和266条C端部分序列分析,发现C端相对多变区的重复序列可分为两类:第一类为菌株共有的不连续重复序列,第二类为个别菌株特有的连续重复序列,此类重复序列包含EPIYA模体的重复.序列特征与疾病的关系分析表明,非胃癌株中包含第二类重复序列的菌株占13%(9/71),胃癌株中包含第二类重复序列的菌株占3l%(12/39),X2检验P=0.021<0.05,故可以认为胃癌株中包含第二类重复序列出现率高于非胃癌株,可以认为包含第二类重复序列的菌株与胃癌有关.结论:幽门螺杆菌CagA基因及蛋白序列多态性明显,具有东西方两个地域聚类特征,重复序列可分为两类.第二类重复序列中包含EPIYA模体的重复可能导致菌株致病性增强.
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Graves眼病与细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4基因启动子和外显子1多态性的相关性研究
Graves病(GD)为一常见的内分泌疾病,其临床表现常不局限于甲状腺,而表现为多器官受损,眼是常受累器官之一.有证据显示,Graves眼病(GO)的发病具有遗传倾向.由于遗传易感基因受种族和环境的影响,所以目前尚无一种遗传学标志能够准确地预测GD的发生,而细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA-4)基因是主要的候选致病基因之一.本研究运用PCR-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)技术研究CTLA-4基因启动子和外显子1的多态性,确定其是否为天津地区汉族人GD和GO的易感基因.
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Toll样受体4基因Asp299Gly多态性与溃疡性结肠炎及大肠腺癌
溃疡性结肠炎(UC)是一种主要累及直肠及结肠黏膜的慢性非特异性疾病,有癌变的可能,病因涉及遗传、免疫、环境等因素.大肠癌的发生也与基因和环境因素有关,而环境因素致癌终取决于个人对肿瘤的易感性.Toll样受体(TLR)4通过其亮氨酸重复序列区域识别并结合细菌脂多糖(LPS),活化NF-κB及炎症因子转录,产生炎症[1].TLR4基因突变使肠黏膜先天性免疫细胞和肠上皮TLR4分子结构发生改变,引起免疫系统失常,导致机体处理肠腔内大量细菌和LPS等病原分子的能力下降,进而使肠黏膜在长期刺激下产生感染、炎症、过敏、易激乃至癌变[2].我们运用PCR-限制性片段长度多态性分析(RFLP)技术探讨TLR4基因Asp299Gly多态性与UC及大肠腺癌的关系,以阐明疾病的遗传易感性.
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凝血因子V 1691 A基因突变在新疆地区的分布
凝血因子V(coagulation factor V,FV)在凝血过程中是重要的辅助因子,其基因中一个点突变1691G→A,使它对抗凝血系统中的一种血浆蛋白质C(APC)的失活作用产生抗性,使血栓发生的风险增大.本研究应用多聚酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP),对新疆地区219例(98例汉族、67例维吾尔族和54例哈萨克族)健康个体进行了研究.
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上皮钙粘素基因启动子C/A单核苷酸多态性与膀胱癌的关系研究
采用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性分析( PCR-RFLP)技术分析上皮钙粘素(E-cadherin)基因启动子近侧序列-160 处C/A单核苷酸多态性(SNP),观察SNP与膀胱移行细胞癌的发生、临床分期和病理分级间的关系.现报告如下.
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人类白细胞抗原DRB1*03基因多态性与妊娠期高血压疾病的易感性
妊娠期高血压疾病是妊娠期特有的疾病,是导致孕产妇和围产儿病率和病死率升高的主要原因之一,其发病原因和发病机理目前尚不清楚.研究显示,妊娠期高血压疾病是一组多基因遗传所致的异质性疾病,来自父系的人类白细胞抗原(1ILA)基因通过胎儿作用于母体,因夫妇之间HLA相容性的影响,可能诱发妊娠期高血压疾病的发病,因此具有遗传性[1].本研究选择与妊娠期高血压疾病关系密切的等位基因DRBl*03进行多态性分析,旨在探讨妊娠期高血压疾病的遗传背景和基因基础.