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采用基因芯片检出一例丙型肝炎病毒3b基因亚型的报告
研究表明,感染HCV的严重性与所感染的HCV基因型有一定的关系,并且不同的HCV基因型对干扰素治疗有不同的影响.HCV的基因分型目前缺乏统一的分类和命名方法.Chan等对5′NCR进行基因树分析,将HCV分为1、2、3三个主要的基因型[1],随后通过对C、NS3、NS5区段的分析指出,每种基因型均由两到三种基因亚型组成,并将其命名为1a、1b、2a等[2,3].Simmonds等[4]分离出HCV的基因型4,并发展了Chan的命名方法[5].同时Houghton等[6]将1a和1b分别命名为基因型Ⅰ和Ⅱ;Enomoto等[7]将2a和2b命名为基因型Ⅲ; Cha等[8]将3命名为基因型Ⅳ,并将以前在南非发现的一组HCV命名为基因型V.Okamoto等[9]和Mori等[10]将基因型2分为基因型Ⅲ和Ⅳ,基因型3分为基因型Ⅴ和Ⅵ.为了避免混淆,本文中采用Chan和Simmonds的命名方法.HCV的基因分型方法主要包括基因组或基因组的部分序列测序分析,型特异性引物PCR扩增(type-specific primers PCR)[9],限制性内切酶长度多态性分析(restriction fragment length polymorphism,RFLP)[4],线性探针法(line probe assay,LiPA)[7,11],以及Livache等[12]和Bidan等[13]采用的吡咯阵列传感器芯片的HCV基因分型方法.
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线性探针法与传统药敏法筛查耐多药肺结核符合性的研究
在防治肺结核的工作中，由于患者不规范治疗的原因，造成耐药肺结核的问题非常严重。中国耐多药结核病疫情居高不下，耐药性结核病的产生在很大的程度上影响了结核病治疗的疗效，尤其耐多药结核病（ multidrug resistance tuberculosis ， MDR-TB）已成为当前结核病防治中的一个难题［1］，也是结核病患者死亡的大杀手，所以早期能够及时、快速地对结核病耐药性进行检测，让患者得到科学治疗十分重要。目前肺结核耐药性主要靠细菌学检查（包括细菌培养、菌种鉴定与药物敏感试验），由于结核分枝杆菌生长缓慢，整个培养、菌种鉴定加上药物敏感试验时间快也要2个月，不能有效指导临床治疗同时也加大了病原菌传播机会。由此可见，寻找快速的检测方法意义重大。我们采用线性探针法用于快速筛查耐多药肺结核，只需要2 d时间［2］，就可以检测出利福平和异烟肼耐药的涂片阳性肺结核患者。
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基因芯片法和线性探针法在HCV基因分型的应用比较
目的评价基因芯片技术在丙型肝炎病毒(HCV)基因分型中的临床应用价值.方法对HCV RNA阳性血清用基因芯片法和线性探针法进行基因分型.结果基因芯片法和线性探针法的符合率是100%.结论基因芯片法的准确率与国外第二代线性探针法试剂盒相同,而操作简单,特别是能准确地检出HCV混合感染,具有良好的应用前景.
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线性探针法检测云南地区结核分枝杆菌耐药的应用评价
目的 评价线性探针法的检测效能,探讨云南地区耐药结核分枝杆菌的基因突变规律.方法 采集云南地区肺结核患者的407份涂阳痰标本,采用线性探针法进行耐药性检测,同时采用比例法药敏试验作为对照.结果 线性探针法检测异烟肼(INH)耐药的敏感性为71.84％,特异性为97.29％;检测利福平(RFP)耐药的敏感性为88.36％,特异性为94.38％;检测耐多药(MDR)的敏感性为67.46％,特异性为94.54％阳性预测值为87.63％,阴性预测值为86.24％.传统药敏试验与线性探针法均显示INH耐药的125株菌中katG 315位点发生突变的有116株(92.80％),inhA发生突变的有14株(11.20％),同时发生katG 315和inhA突变的有5株(4.00％).RFP耐药菌株中,rpoB基因突变频率从高到低依次是531或533位(59.69％)、526位(25.58％)、516位(8.53％).结论 云南地区耐药结核分枝杆菌的基因突变有自己的特点.线性探针法对结核分枝杆菌进行耐药性检测具有较高的敏感性、特异性.在耐药率较高的定点医院和耐药高危人群中,线性探针法检测MDR具有较高的阳性预测值和阴性预测值,其结果具有较好的参考价值.
