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TaqMan-MGB探针检测GSTP1外显子5 SNP可行性研究
目的:评估TaqMan-MGB探针基因分型方法检测已知SNP的可行性,并与传统的PCR-RFLP方法比较.方法:高通量的TaqMan-MGB探针基因分型方法已被用来检测单核苷酸多态性(SNP).在321例样本中,同时用TaqMan-MGB探针基因分型方法和PCR-RFLP方法检测GSTP1外显子5 SNP.结果:2种方法所得结果完全一致.野生型(AA)226例(70.4%),杂合子(AG)92例(28.7%),纯合突变型3例(0.9%).结论:TaqMan-MGB探针基因分型方法是一种能快速、高度特异性、高度自动化检测SNP的方法,可用于大规模的基因分型.
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STAT3基因多态性与儿童癫痫易感性的相关性
目的：探讨信号转导和转录活化因子3（STAT 3）基因两个SNP位点rs 1053005和rs 744166多态性与儿童癫痫易感性的关系。方法采用病例对照研究，选取462例癫痫患儿，其中包括121例难治性癫痫（RE）患儿，以493例健康儿童作为对照组。利用PCR-RFLP方法进行两个SNP位点的多态性检测，比较不同基因型及等位基因与儿童癫痫患病风险的关系。结果癫痫患儿SNP位点rs 1053005的基因型（AA，AG，GG）频率与对照组比较，差异有统计学意义（χ2=9.705，P?=0.008）；癫痫患儿的等位基因G频率明显低于对照组（OR?=0.734，P?=0.002，95%CI：0.604~0.892）；SNP位点rs744166的基因型（TT，TC，CC）频率和等位基因频率与对照组比较，差异均无统计学意义（P?＞?0.05）。在癫痫患儿中， RE患儿与非RE患儿比较，SNP位点rs1053005和rs744166的基因型频率和等位基因频率的差异均无统计学意义（P?＞?0.05）。结论 STAT 3基因SNP位点rs 1053005与癫痫的遗传易感性相关。
关键词： 癫痫 信号转导和转录活化因子3 基因多态性 PCR-RFLP方法 -
ApoB100基因第26号外显子6694bp处MspⅠ位点突变与高血脂相关性
目的:载脂蛋白B100(ApoB100)是血浆中低密度脂蛋白(LDL)的组成成分,可与组织中LDL受体结合并介导LDL的降解和清除,此功能对于维持血清中LDL和胆固醇水平的稳定起重要作用.ApoB100的一些基因突变将明显影响ApoB100的结构和功能,导致血浆中LDL降解受阻,血浆中LDL和胆固醇含量升高从而增加其它心血管疾病的风险.本文将探讨ApoB100基因第26号外显子6694bp处的基因突变所致的MspⅠ位点多态性与高血脂之间的关系.方法:本文采用KI法提取50例高血脂症患者、60例对照组人群外周血细胞基因组DNA,设计并合成PCR引物,利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)分析其ApoB100基因第26号外显子6694bp处MspⅠ位点的基因型.结果:高血脂组基因型分布为M(+)M(+)∶42例,M(+)M(-)∶7例,M(-)M(-)∶1例;对照组基因型分布为M(+)M(+)∶59例,M(+)M(-)∶1例,M(-)M(-)∶0例.统计分析表明高血脂组与对照组之间基因型分布有明显差异(P＜0.05).结论:ApoB100基因第26号外显子6694bp处MspⅠ位点突变与高血脂相关.
关键词： apoB100 MspⅠ位点多态性 高血脂 PCR-RFLP方法 -
乙型肝炎病毒基因分型的研究进展
自从1988年Okamoto等首次根据组间全基因序列差异≥8%对HBV进行基因分型以来,对HBV基因分型方法学上的改进、和其所存在的地域性、民族特异性、以及它的临床意义都展开了大量研究,这对从分子水平阐明不同基因型的流行势态,和对其病因学的研究,加强对HBV的防治有重要意义.基因型反映了HBV自然感染史发生的变异特点,是病毒变异进化的结果,对其分型标准的依据是全基因序列同源性≥92%或S基因序列同源性≥96%.大量HBV序列分析工作提示S基因序列稳定,不同基因型各开放读框中S基因异质性大,而同一基因型中的各毒株S基因异质性小,因而S基因适于基因型分型.目前HBV基因型分型方法学有4种,可将其分为A、B、C、D、E、F、G等7种.其分型方法包括1、全基因或S基因测序法,该方法是鉴定基因型的金标准,但工作量大.2、Lindh等创立的S基因的聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法,可鉴定89%的基因型,国内文献[1]报道对PCR-RFLP方法进行了改进,可鉴定95%以上的标本,但PCR-PFLP分型法所需时间较长、步骤较多,且遇到混合感染或酶切不完全,就会出现复杂带型,因此目前建立的PCR-PFLP分型方法都不能鉴定100%的标本.3、多引物PCR分型方法[2],它是在对114例HBV全序列进行充分比较分析的基础上,找出每种基因型相对于其他各种基因型的独特序列,并根据这些独特序列设计出6对分别针对性A-F型的诊断引物,利用其仅需一次PCR可得出分型结果,理论上能鉴定100%的标本.4、单克隆抗体酶联免疫吸附法,该方法虽然简便,但要建立一套单克隆抗体则较为困难,且难以从基因水平上对HBV进行分型.HBV的基因型分布在不同地理区域有不同的特点.
