首页 > 文献资料
-
问号钩端螺旋体基因组DNA芯片的研制
目的研制并初步评估问号钩端螺旋体(简称钩体)赖型赖株的基因组DNA芯片.方法利用Primegens引物设计软件筛选出问号钩体赖型赖株全基因组中的特异性基因进行引物设计.对成功设计出相应引物的3 290个基因用聚合酶链反应方法进行扩增,以纯化后的产物点样制备芯片.并用双色荧光杂交策略对芯片质量进行了初步评估.结果共获得3 290个基因产物用于点样.参考株自身杂交实验结果表明:该芯片有较高的点一致性、信噪比和较低的假阳性率.结论成功制备了包含问号钩体赖型赖株3 290个目的基因的基因组DNA芯片,并可用于基于该芯片的问号钩体比较基因组学的研究.
-
幽门螺杆菌基因组DNA芯片的研制
目的 研制幽门螺杆菌(H.pylori)基因组DNA芯片.方法 以H.pylori 26695和J99作为模板,利用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open reading frame,ORF)片段.使用Genemachine点样仪进行点样,采用Cy3-dCTP或Cy5-dCTP以及Klenow片段标记H.pylori基因组DNA,并完成芯片杂交和数据读取.数据判断标准是标化后Cy3/Cy5比值(ratio)＜0.5则认为不存在这一基因(记作0),若ratio值≥0.5则认为存在这一基因(记作1).使用芯片重复性、信噪比以及假阳性率和假阴性率评估芯片质量.结果 研制的H.pylori基因组DNA芯片共包括1 882个基因片段,相对应于1 636个ORF,其中H.pylori 26695为1 549个,H.pylori J99为87个.信噪比(S/N)＜2的基因点数约为10%.芯片的假阳性率分别为3.4%(H.pylori 26695)和7.21%(H.pylori J99),假阴性率分别为0.27%(H.pylori 26695)和0.24%(H.pylori J99).芯片内点间重复率为98%,芯片间重复率为97%.结论 成功制备了H.pylori基因组DNA芯片,所制备的芯片具有较高点一致性、信噪比和统计学重复性,为在全基因组范围内进行H.pylori的基础和应用研究提供了一工具.
