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应用抑制消减杂交和cDNA表达谱芯片筛选肝星形细胞持续活化的相关基因
目的:利用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)和cDNA表达谱芯片筛选早期活化的肝星状细胞与大鼠正常肝脏组织、轻度肝纤维化组织、重度肝纤维化组织中差异表达的基因.方法:从SSH构建的大鼠轻度和重度肝纤维化中两个差异cDNA文库中挑选1 000条上调显著的基因,与正常大鼠4 136条基因克隆制作成一张芯片,筛选持续期活化的肝星状细胞相关基因.结果:获得与HSC持续活化相关的上调基因633条,下调基因715条,其中血清和糖皮质激素调节蛋白激酶(SGK)在正常大鼠基因克隆和2、8周SSH上调差异基因中均呈上调信号.结论:联合应用SSH和cDNA表达谱芯片是筛选和鉴定不同样本中差异表达基因的快速、经济和有效方法;SGK可能作为多种细胞信号传导通路和细胞磷酸化级联反应的一个功能性交汇点,参与了肝星状细胞的早期活化和信号传导.
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RNAi干扰对K562细胞表达谱的影响
目的 联合运用RNAi技术和cDNA表达谱芯片研究干扰c-myc对K562细胞表达谱的影响.方法 经过RT-PCR和流式细胞仪检测,筛选出干扰效果好的siRNAs,经LipofectamineTM 2000脂质体法转染K562细胞,提取总RNA,逆转录为cDNA,荧光标记后与K562表达谱芯片杂交.结果 经扫描、分析杂交结果,有455个基因表达下调,有12个基因表达上调.结论 基因芯片和RNAi是分析基因功能的有力工具,也是发现新的肿瘤治疗靶标的有效方法.
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联合应用SSH和cDNA表达谱芯片筛选肝星状细胞早期活化的相关基因
目的 利用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)和cDNA表达谱芯片筛选早期活化的肝星状细胞(hepatic stellate cell,HSC)和大鼠正常肝脏组织、轻度肝纤维化组织、重度肝纤维化组织中差异表达的基因.方法 从SSH构建的大鼠轻度肝纤维化、重度肝纤维化2个差异cDNA文库中挑选1 000条上调显著的基因,与正常大鼠4 136条基因克隆制作成一张芯片,筛选早期活化的肝星状细胞相关基因.结果 获得与HSC早期活化相关的上调基因有202条,下调基因有80条,其中血清和糖皮质激素调节蛋白激酶(serum and glucocorticoid sensitive kinase,SGK)在正常大鼠基因克隆和2周及8周SSH上调差异基因中均呈上调信号.结论 联合应用SSH和cDNA表达谱芯片是筛选和鉴定不同样本中差异表达基因的快速、经济和有效的方法;SGK可能作为多种细胞信号传导通路和细胞磷酸化级联反应的一个功能性交汇点,参与了肝星状细胞的早期活化和信号传导.
