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Connectivity Map文献资料
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基于药物表达谱模式筛选结肠癌候选治疗药物
目的:药物表达谱是发现药物新用途的重要模式,本项目探讨药物表达谱模式在结肠癌候选药物筛选中的应用价值.方法:首先,从PubMed的GEO数据库中获取结肠癌表达谱数据集(No.GSF41258),从美国Memorial Sloan-Kettering癌症中心筛选出53对配对的结肠癌与癌旁正常组织样本数据,采用RMAexpress软件进行质量分析;然后,采用Dchip软件建立结肠癌特征性表达谱;后通过Connectivity Map (CMAP)进行结肠癌候选化合物的筛选和实验验证.结果:经芯片质量分析,选择36对配对样本进行后续分析;构建了一个由371个基因组成的结肠癌特征性表达谱,其中上调基因94个,下调基因277个;通过CMAP分析,筛选到vorinostat、tanespimycin (17-AAG)等10种候选药物,选择其中一种富集分数较高的药物17-AAG进行验证;后续实验证实17-AAG可有效抑制结肠癌SW480和HT29株细胞的增殖,其作用24和48 h时,SW480细胞的IC50分别为0.73和0.41 μmol/L;而HT29细胞的IC50分别为0.72和0.50 μmol/L.流式术分析显示,17-AAG可使结肠癌细胞阻滞于G1期.结论:本项目基于药物表达谱模式筛选到多种结肠癌候选药物,揭示药物表达谱模式在药物发现中具有重要意义.
关键词： 基因表达谱 结肠癌 Connectivity Map 候选治疗药物
