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TMT定量蛋白组学方法筛选乳腺癌腋窝淋巴结转移患者血清差异蛋白
目的:分析有腋窝淋巴结转移和无腋窝淋巴结转移的乳腺浸润性导管癌患者血清中的差异蛋白,筛选与乳腺癌转移相关的生物标志物和治疗靶点.方法:本研究采用定量蛋白质组学串联质谱标签(tandem mass tag,TMT)标记技术分别对14例有腋窝淋巴结转移及14例无腋窝淋巴结转移的乳腺癌患者血清蛋白进行检测,并对蛋白质进行定量分析,筛选出发生显著变化的差异蛋白,再搜索Uniprot数据库和用Proteome Discoverer软件分析,进一步进行生物信息学分析.结果:有腋窝淋巴结转移组中共筛选出差异蛋白119个,其中6个表达上调,113个表达下调.基因本体(gene ontology,GO)注释分析和功能聚类分析表明,这些差异蛋白质主要定位于细胞外区,与肿瘤的生物合成、细胞增殖、血管生成相关.Western boltting和qRT-PCR验证了K1C19(下调0.11倍)和PSME2(上调2.02倍)的表达.结论:TMT定量蛋白组学方法能有效筛选有腋窝淋巴结转移的和无腋窝淋巴结转移的乳腺癌患者血清中的差异蛋白.其中,K1C19和PSME2是值得进一步研究的乳腺癌淋巴结转移的候选血清标志物.
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应用TMT结合质谱技术筛选高原红细胞增多症患者血浆差异表达蛋白
目的:应用串联质谱标签(TMT)结合质谱技术比较高原红细胞增多症(HAPC)患者和健康对照者血浆中的差异表达蛋白.方法:收集HAPC患者血浆4例,与之相匹配的健康对照组血浆5例,组内等量混合后利用多重免疫亲和层析柱去除14种高丰度蛋白,TMT试剂标记后样本进行液相色谱分离,采用HPLC-MS/MS质谱鉴定及相对定量;获取HAPC患者和健康对照血浆各20例,ELISA方法验证部分筛选的差异蛋白.结果:共鉴定和定量了1 094种蛋白,差异表达的蛋白有249种,其中HAPC组较健康对照组表达量≥1.5倍的上调蛋白质有162种,表达量≤67%的下调蛋白质有87种;C反应蛋白和血清淀粉样蛋白A在HAPC组中较健康对照组表达量均上调(P<0.05).结论:筛选出多种与炎症相关的差异表达蛋白,为深入研究HAPC发生机制奠定了良好基础.
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兔玻璃体腔注射PBS后视网膜差异蛋白的表达
目的：研究家兔玻璃体腔内注射PBS后的视网膜功能变化及差异蛋白的表达情况以探索玻璃体腔注射的安全性。方法将20只青紫蓝兔随机分为4组，A组不作任何处理，B至D组在兔右眼玻璃体腔内注射50μL PBS。分别于注射后第0、4、7、14天进行眼底照相和视网膜电图（ERG）检查，之后摘取眼球并分离视网膜。利用串联质谱标签（TMT）联合液相色谱-串联质谱联用（LC-MS/MS）法检测注射组相对于空白对照组的视网膜蛋白变化情况。通过KOBAS及基于KEGG数据库分析明显变化的蛋白富集通路，利用STRING得出明显变化蛋白间相互作用的功能网络图。结果注射组眼底照相结果与空白组相比无明显变化，ERG结果显示视网膜功未受到影响。TMT蛋白质谱共检测出了6042种兔视网膜蛋白，其中49种蛋白（0.81%）在玻璃体腔注射后表达上调超过5倍或下调超过80%。变化比较显著的蛋白主要与细胞骨架有关。显著变化蛋白富集的通路包括黏着斑通路、紧密连接通路、核黄素新陈代谢通路、细胞外基质受体相互作用通路及肌动蛋白细胞骨架调节通路。功能网络图分析显示ACTC1及ISG15在蛋白相互作用关系中起着比较中心的作用。结论玻璃体腔内注射PBS主要引起与细胞黏连、形态、迁移、分化、信号传导及核黄素代谢通路相关的视网膜蛋白变化。
