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基于iTRAQ技术的人感染H7N9禽流感病例血浆蛋白质组学特征分析
目的 分析人感染H7N9禽流感病例与正常人之间血浆蛋白质组学差异.方法 收集华北地区首例人感染H7N9禽流感病例发病期和恢复期血浆标本,以及同时期病例父亲(未感染病毒)血浆标本,分离提取血浆蛋白,通过同位素标记相对与绝对定量(isotopically labeled relative and absolute quantification,iTRAQ)技术联合液相色谱串联质谱(liquid chromatography tandem mass spectrometry,LC-MS/MS)技术对样本进行蛋白质质谱检测.利用PANTHER平台对差异蛋白质组进行Gene Ontology(GO)注释以及基因路径(pathway)分析.结果 本研究鉴定得到与人感染H7N9禽流感病毒感染相关的差异表达蛋白共250个,其中表达上调蛋白合计159个,表达下调蛋白合计91个.这些差异蛋白共参与了11个生物学过程、共参与了7个分子通路.结论 入感染H7N9禽流感病毒可能导致7个分子通路发生改变.
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蛋白质组检测技术进展
"蛋白质组学"概念自1994年提出之后,其研究技术得到了突飞猛进的发展,主要采用的是双向凝胶电泳,但该方法存在很多不足,尤其在蛋白质的检测手段和定量分析上还不尽如人意.目前广泛使用的染色技术是银染和考马斯亮蓝染色,荧光染色等更准确和灵敏的检测技术也为蛋白质组学技术提供了不可比拟的技术支持.差异凝胶电泳和同位素代码标记的出现,对以双向电泳为核心的传统方法提出了创新和改进,新产生的多元化的分析方法将大大加强目前双向凝胶电泳的应用能力,促进其解决更多的基础问题.
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支气管肺泡灌洗液的蛋白质组研究
支气管肺泡灌洗是用于研究各种肺病的主要技术手段之一.近年来,随着分子生物学技术的发展,蛋白质组学的兴起,使支气管肺泡灌洗液(BALF)的可溶性蛋白成分得到广泛的研究.本文综述了近年来通过双向电泳技术对BALF的蛋白质组研究状况,包括各种肺病BALF中的蛋白质水平的改变,以及BALF的蛋白质组研究在揭示疾病的成因、预后等方面的展望.
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083蛋白质组学技术及其在营养学研究中的应用
蛋白质组学主要研究细胞或组织内表达的全部蛋白质及其表达模式,其三大基本支撑技术是双向电泳技术、质谱技术以及计算机图像分析与大规模数据处理技术.随着蛋白质组学研究的进展,营养蛋白质组学应运而生,迅速成为营养学研究的新前沿.本文对蛋白质组学的研究内容、研究技术及其在营养学领域中的应用作一综述.
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017 蛋白质组学技术在生态毒理学研究中的应用
生态毒理蛋白质组学是从整体的蛋白质水平上,探讨生物在接触不同毒物或环境胁迫下细胞蛋白质谱的变化,以研究和分析环境暴露与生物之间的关系,寻求有效的环境有毒有害污染物治理方法,为生态修复和生物的生存环境保护提供理论支撑和技术支持.本文就蛋白质组学技术在生态毒理学研究中的应用进展进行综述.
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甲型副伤寒沙门菌疫苗靶标蛋白 筛选技术及应用
在引起伤寒、副伤寒的病原中,甲型副伤寒沙门菌所占的比例逐渐升高.我国每年均有不同程度的地方性甲型副伤寒流行及暴发,东南亚地区甲型副伤寒流行情况日趋严重.由于现在还没有针对甲型副伤寒沙门菌的疫苗,所以具有免疫原性蛋白的筛选及减毒全菌疫苗、亚单位疫苗的研制逐渐成为热点.随着甲型副伤寒沙门菌ATCC9150全基因组序列的公布,利用基因组和蛋白质组学的方法为研究甲型副伤寒沙门菌的疫苗靶标提供了良好的基础.本文综述了疫苗靶标蛋白的识别方法以及可能用于鉴别诊断或者疫苗有效靶标的潜在甲型副伤寒沙门菌抗原蛋白.
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胚胎生理特征在胚胎早期发育潜能评估中的应用进展
形态学分级是胚胎评分常用的方法,但它只反映了胚胎发育潜能的一部分.随着对胚胎生理状况的深入研究以及微量分析技术的进步,目前出现了一些新方法对胚胎的发育能力进行量化评估.本文就胚胎生理特征的研究用于胚胎发育能力评估方面的进展做一综述.
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人正常子宫内膜蛋白质表达图谱的初步建立
目的 通过双相电泳方法建立正常子宫内膜组织的蛋白质表达图谱.方法 收集正常卵泡期子宫内膜组织5份,采用双相电泳建立子宫内膜组织的蛋白质表达谱;利用凝胶染色技术和图像分析软件进行蛋白质点的识别和检测;随机选择5个蛋白质点,应用基质辅助激光解析离子化飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)和生物信息学方法进行蛋白质的鉴定.结果 以固相pH梯度(IPG)胶条pH=4～9进行第一相等电聚焦,以12.5%SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)为第二相,成功建立了正常卵泡期子宫内膜组织蛋白质双相电泳图谱,平均含(523±41)个蛋白点,匹配率81.89%.通过MALDI-TOF-MS对5个蛋白质点进行了鉴定.结论 成功建立了人正常子宫内膜蛋白质双相电泳图谱,并应用质谱技术进行了部分蛋白质点的鉴定,为进一步构建人子宫内膜蛋白质表达数据库提供了基础,并为研究子宫内膜生理功能和相关疾病提供了一种新的研究方法.
关键词： 子宫内膜 双相电泳 基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱 蛋白质组 -
二羟环氧苯并芘诱发细胞恶变后基因和蛋白表达差异分析
目的研究苯并(a)芘代谢产物反式二羟环氧苯并芘(反式-BPDE)诱发人支气管上皮细胞系(16HBE)恶性转化的基因和蛋白表达的改变,探讨苯并(a)芘致癌的分子机制.
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蛋白质组学技术及其在毒理学应用的研究进展
随着人类基因组序列草图的完成,生命科学研究已进入了后基因组时代,包括结构基因组研究和蛋白质组学研究等.随着近年来蛋白质研究技术的突破,蛋白质组研究不仅已成为生命科学研究进入后基因组时代的里程碑,而且也是后基因组时代生命科学研究的核心内容之一.
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L-02肝细胞蛋白质双向电泳条件的建立
人类蛋白质组学的研究是揭示人类生命活动和疾病机制的终阶段,运用蛋白质组学技术寻找各种疾病的关键蛋白和标志蛋白,可实现更加及时、准确的诊断[1].双向电泳技术一个主要的应用领域是"蛋白质组分析",包括对来自一个样品的大量蛋白质同时进行系统地分离、识别和定量.本实验通过比较几种不同的蛋白处理方法,优化双向电泳条件,找出较佳的样本处理方式,为成功进行双向电泳及质谱鉴定提供基础.
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SELDI技术研究白喉毒素对豚鼠肝脏组织蛋白质组的毒理作用
作为蛋白质组学新的研究技术,表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)具有快速、简单和灵敏等优点,它不仅可在肿瘤诊断中用于发现标志物、观察治疗效果,还可用于研究蛋白质的修饰、相互作用、信号传导和酶促调节等[1-3],从而实现在蛋白质水平的大规模功能研究.目前该技术主要应用于肿瘤的早期诊断,而在毒理学方面的应用几乎为空白.白喉毒素(DT)作为融合靶向性抗肿瘤药物[4-6],也是近期的研究热点.为拓展SELDI技术在毒理学的应用,我们使用该技术,研究了DT染毒豚鼠与正常豚鼠肝脏组织蛋白质组的差异,从而探讨DT的毒理作用和可能的作用机制.
关键词： 表面增强激光解析电离飞行时间质谱 白喉毒素 蛋白质组 -
维生素D3干预高糖负荷U937细胞的差异蛋白质组分析
目的 运用蛋白质组学技术分析维生素D3(VD3)对高糖负荷单核细胞的干预作用,探讨VD3在预防和治疗糖尿病时作用于单核免疫细胞的关键蛋白和分子机制.方法 选择传代生长良好的U937细胞,经1,25-(OH)2-D3干预后进行高糖负荷培养,以未干预和单纯高糖负荷干预为对照组.提取细胞总蛋白后进行双向电泳,差异蛋白做质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定.结果 实验组与对照组比较,表达量变化1.5倍以上有30个蛋白质斑点,筛选其中6个差异蛋白点做MALDI-TOF-MS,成功鉴定出6种蛋白质,分别为:抑制素、70 kD的热休克蛋白8、过氧化氢酶、电子转移黄素蛋白、T-复合蛋白、磷酸丙糖异构酶.结论 实验发现了VD3对高糖负荷U937细胞产生作用的相关的差异蛋白质,VD3可能通过降低氧化应激损伤和影响能量代谢的途径调节高糖负荷产生的损伤.
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纳米二氧化硅致人永生化表皮细胞膜蛋白质组的影响
目的 采用蛋白质组学技术探讨15 nm二氧化硅致体外培养的人永生化表皮细胞(HaCaT)膜蛋白质表达的变化.方法 分别以2.5、5.0和10.0 mg/L的15nm二氧化硅溶液处理HaCaT细胞24 h,以ddH2O为溶剂对照.应用CCK-8方法检测细胞增殖情况.运用亚细胞蛋白质组提取试剂盒对10.0 mg/L的15 nm二氧化硅溶液处理24 h的HaCaT细胞和正常对照组细胞进行膜蛋白提取,采用差异荧光双向凝胶电泳(2D-DIGE)分析和基质辅助激光解析飞行时间(MALDI-TOF/TOF)质谱鉴定.对差异蛋白质进行GO(gene oncology)功能聚类及跨膜结构域预测分析,采用Western blot免疫印迹验证差异蛋白的表达.结果 细胞增殖实验显示,15 nm二氧化硅可以引起HaCaT细胞整体增殖水平下降,呈剂量依赖关系;与正常细胞相比,HaCaT细胞经15 nm二氧化硅以2.5、5.0和10.0 mg/L处理24 h后,活力水平分别为(91.3％±6.1％)、(81.7％±7.0％)和(74.0％±2.6％),差异有统计学意义(P＜0.05).质谱鉴定了10个差异表达蛋白,其中7个差异蛋白具有1个以上的跨膜结构域,GO功能聚类表明这些差异蛋白主要涉及结合活性和结构分子活性.Western blot免疫印迹结果表明G蛋白偶联受体179和L-肌动蛋白表达变化趋势与蛋白质组学分析结果一致.结论 15 nm二氧化硅能够引起HaCaT细胞增殖水平降低,并且导致膜蛋白表达水平的下降.
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蛋白质组研究技术平台的建立--双向电泳条件的建立及优化
目的建立和优化蛋白质组研究的双向电泳及相关技术.方法以固相pH梯度等电聚焦为第一向和垂直SDS-PAGE为第二向,对样品制备、上样量、IPG胶条、等电聚焦和聚丙烯酰胺凝胶电泳程序及参数、染色方法等相关技术进行了比较研究和条件优化.结果及结论成功地得到了人胚肺成纤维细胞和蚕卵蛋白质组双向电泳图谱,建立了蛋白质组研究的双向电泳技术平台.
关键词： 蛋白质组 技术平台双向凝胶电泳 -
利用蛋白质组学技术研究氢醌刺激后人胚肺成纤维细胞蛋白质表达改变
目的 研究氢醌(HQ)对人胚肺成纤维细胞(HLF)蛋白质表达的影响,以阐明氢醌引起细胞应答反应的分子机制.方法细胞受HQ刺激后,加入裂解液,取上清丙酮沉淀,蛋白定量.双向凝胶电泳分离蛋白质组成分,胶体考马斯亮兰显色,Imagemaster2.0进行图像分析后选取差异点,胶内酶解后MALDI-TOF进行肽指纹图谱鉴定.结果图像分析结果显示,对照组HLF细胞检测到490±28个蛋白点,HQ染毒组为438±23个.氢醌刺激后15个蛋白斑点发生变化,初步鉴定了其中8个蛋白斑点,包括一些氧化应激和细胞骨架相关蛋白.结论氢醌可引起HLF细胞蛋白表达改变.
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低剂量氢醌诱导人胚肺成纤维细胞适应性反应的研究
目的研究氢醌诱导真核细胞适应性反应及其可能的机制.方法氢醌刺激MRC-5细胞后,用AlamarBlue还原率检测细胞增殖,乳酸脱氢酶漏出率检测细胞死亡,AnnexinV/PI染色检测细胞凋亡.双向凝胶电泳分离细胞总蛋白,图像分析后选取差异蛋白点进行质谱鉴定.结果AlamarBlue,乳酸脱氢酶及AnnexinV/PI双染结果显示10μM氢醌对细胞存活无显著影响,250μmol/L氢醌显著降低细胞存活率,细胞预先暴露于10μmol/L氢醌12h对250μmol/L氢醌攻击的耐受力明显增强,表现为细胞存活增多,死亡减少.双向凝胶电泳结果显示,对照组MRC-5细胞检测到1429±369个蛋白点,低剂量组、高剂量组和适应组分别为1453±307、1191±393和1107±247.氢醌刺激后24个蛋白斑点发生变化,肽指纹图谱及肽序列标签鉴定了其中22个蛋白斑点,这些蛋白参与细胞能量代谢、细胞骨架、蛋白折叠、氧化调节、信号传导等各个方面.结论低剂量氢醌可诱导MRC-5细胞适应性反应,多种蛋白参与细胞的适应性反应调控.
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质谱技术在蛋白质组研究中的应用
电喷雾电离(ESI)和基质辅助激光解吸电离(MALDI)是近发展起来的生物质谱技术,本文概述生物质谱技术在蛋白质组研究中分子质量的测定、蛋白质全谱分析、肽指纹谱测定、肽序列测定等方面的应用.方法灵敏、准确、快速,而且可实现高通量和自动化.它们已成为蛋白质组研究的关键性支撑技术,对蛋白质组的研究和分析具有重要意义.
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蛋白质组双向电泳技术研究进展
双向电泳(2-DE)是蛋白质组研究的核心技术,本文重点介绍了2-DE的原理、样品制备及常用改善分辨率的方法,并对一向等电聚焦、二向十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳以及凝胶染色方法进行了简要介绍.
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卵巢癌患者血清中肿瘤特异标志物的鉴定研究
目的:通过分析卵巢癌患者血清中的蛋白质组分,寻找可能的肿瘤相关蛋白并对该蛋白鉴定,以期确定其作为卵巢癌血清学诊断的特异标志物.方法:采用双向凝胶电泳方法分离6例卵巢癌患者及2例正常健康妇女血清总蛋白,经考马斯亮蓝染色后对比找出差异蛋白斑点,该蛋白斑点经蛋白酶水解后进行液质联用串联质谱(LC-MS/MS)分析,用SEQUEST搜索软件查询Finngan公司提供的FASTA格式蛋白序列数据库.采用Western Blotting、ELISA、斑点印迹及亲和层析等方法对目标蛋白作进一步的分析.结果:经双向电泳分离,卵巢癌患者血清中有3～4个组分显示含量高于正常健康妇女血清,选其中明显的一个差异斑点进行质谱分析,对库检索确定为结合珠蛋白.进一步的分析证实,卵巢癌患者血清中结合珠蛋白总含量有高于正常健康妇女的趋势.此外,通过凝集素斑点印迹法检测发现,岩藻糖基化结合珠蛋白成分明显增加是该蛋白总量增高的主要特性.结论:检测血清结合珠蛋白总量以及特异的岩藻糖基化组分可能成为卵巢癌的血清诊断指标之一,可与其它检测方法相结合,提高卵巢癌早期诊断的有效性.
关键词： 卵巢癌 结合珠蛋白 岩藻糖基化结合珠蛋白 肿瘤标志物 蛋白质组
