首页 > 文献资料
-
基于RNA-seq分析Eha调控迟缓爱德华菌抵抗酸化的作用
目的 Eha是一个影响迟缓爱德华菌(Et)胞内生存的转录调控因子,本研究有助于揭示其调控Et抵御酸的分子机制.方法 用ATPase抑制剂洛霉素A1抑制巨噬细胞的酸化,菌落计数法比较酸化对野生株和eha基因缺失株胞内存活数目的影响;比较两种细菌在酸性应激实验中存活率的差异;构建pMP220-Peha LacZ质粒,采用β-半乳糖苷酶实验检测eha基因的启动子在不同酸性pH值下和不同培养时间的转录活性;选择Eha转录水平高的一个酸性pH值和培养时间,分别提取两种细菌RNA,进行RNA-Sequencing;并用qRT-PCR验证其结果.结果 野生株ET13在巨噬细胞内和不同pH酸环境中的存活率明显高于缺失株,阻止酸化胞内菌数明显高于未阻止酸化的胞内菌数(P＜0.05).对数期细菌pH6.3培养基生长2h,RNA-Sequencing结果表明:eha基因缺失株转录水平和野生株相比,147个差异显著表达的基因(DEGs)(| log2 Rati-ol≥1),其中113个上调,34个基因下调,qRT-PCR随机抽样,和RNA-Sequencing表达趋势呈强相关.147个基因采用GO数据库进行功能聚类,分成25类,主要涉及细菌加工、定位、代谢、结合、催化、运输、细胞成份;基于KEGG通路的富集分析,有130个可以富集到55条通路中,包括与氨基酸、核苷酸、脂质代谢及铁的转运等路径,涉及基因较多的有双组分系统、ABC转运系统、不同环境中的微生物代谢和次级代谢产物等路径.结论 在酸性生存环境,Eha对Et的转录组呈多途径、多基因的适应性的全局性调控.
关键词： eha基因 RNA-sequencing E.tarda 酸化 -
自噬相关基因在大鼠脑缺血-再灌注损伤模型中的差异表达
目的 通过检测自噬相关基因在大鼠脑缺血-再灌注损伤模型中的差异表达,探讨自噬在脑缺血-再灌注损伤过程中的作用及机制.方法 线栓法制备大鼠局灶性脑缺血-再灌注损伤模型;RNA-sequencing方法筛选大鼠脑缺血-再灌注24 h模型中差异表达的自噬基因,并利用qRT-PCR方法进行验证;RT-PCR方法检测差异自噬基因在脑缺血2 h及不同再灌注时间点(6、12、24、48h)的表达变化.结果 TTC染色表明成功制备大鼠局灶性脑缺血-再灌注损伤模型;自噬相关基因在大鼠脑缺血-再灌注模型中差异表达,而且随着再灌注时间的延长其表达出现先升高后下降的趋势.结论 自噬相关基因参与了脑缺血-再灌注损伤,为进一步揭示自噬在脑缺血-再灌注损伤中的机制提供实验基础.
关键词： RNA-sequencing 缺血-再灌注损伤 自噬 -
利用 RNA-Sequencing 鉴定大鼠脑缺血-再灌注损伤模型中差异表达的基因
目的：利用 RNA-Sequencing 方法，试图鉴定大鼠脑缺血-再灌注损伤模型中差异表达的基因，为探讨脑缺血-再灌注损伤的分子机制提供实验依据。方法首先利用 RNA-Sequencing 方法初步鉴定大鼠脑缺血-再灌注损伤模型中差异表达的基因，然后利用生物信息学方法对差异表达基因的功能进行预测分析；再利用 RT-PCR 和 qRT-PCR 方法进一步检测差异基因的表达变化。结果与对照组相比，脑缺血-再灌注损伤实验组共鉴定出182个基因差异表达，其中156个基因表达上调，26个基因表达下调；RT-PCR 和 qRT-PCR 方法进一步验证其中3个基因表达上调，2个基因表达下调。结论利用 RNA-Sequencing 方法可以鉴定大鼠脑缺血-再灌注损伤模型中差异表达的基因，表明这些基因可能参与了脑缺血-再灌注损伤，为进一步揭示脑缺血-再灌注损伤机制奠定了实验基础。
关键词： RNA-sequencing 缺血-再灌注损伤 基因表达
