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基因芯片筛选多形性胶质母细胞瘤差异表达基因和通路
目的 利用基因芯片技术和生物信息学分析方法,筛选出多形性胶质母细胞瘤相关的核心基因和信号通路,为寻找多形性胶质母细胞瘤早期诊断和靶向治疗潜在标志物提供依据.方法 从GEO数据库中获取多形性胶质母细胞瘤mRNA表达谱芯片原始数据,利用R软件分析得到明显差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行功能注释(GO ontology)和KEGG信号通路(KEGG signaling pathway)富集,进一步构建蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPI),筛选核心基因,后利用TCGA肿瘤数据库进行验证.结果 通过Pearson聚类分析发现肿瘤和正常组织聚类区分明显,说明表达谱结果可靠;差异基因共2 142个,其中上调基因968个,下调基因1 174个;GO和KEGG富集结果显示,差异基因的功能主要涉及细胞周期、细胞分裂和增殖、突触传递等生物学功能和通路,通路网络分析表明MAPK信号通路起核心调控地位.通过构建PPI网络筛选出9个与GBM密切相关的核心基因,进一步利用TCGA肿瘤数据库验证,与芯片结果一致.结论 KEGG信号通路和核心基因可能揭示了多形性胶质母细胞瘤发生发展的分子机制,核心基因可能用作多形性胶质母细胞瘤的早期诊断的分子标志物和治疗靶点.
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应用生物信息学筛选肾透明细胞癌差异表达基因
目的 通过生物信息学分析方法对基因芯片数据进行分析,筛选肾透明细胞癌相关的靶基因并进行验证.方法 从GEO中下载编号为GSE15641的基因芯片,获得23例正常肾组织样本和32例肾透明细胞癌组织样本,使用R软件读取原始数据并预处理,分析差异表达基因(DEGs),然后对这些DEGs进行聚类分析和功能富集分析,构建了蛋白质相互作用网络,进一步从网络中筛选核心基因,后从转录水平和预后来验证分析结果.结果 肾透明细胞癌组织和正常肾组织差异表达基因共1 203个,其中上调基因660个,下调基因543个,DEGs可以将肾癌和正常肾组织明显区分,随后的生物信息学分析表明,小分子代谢过程和代谢途径显著丰富.通过蛋白互作(PPI)网络筛选出PLG、ALB、MMP9、VEGFA、EGF、EGFR等6个核心基因,进一步数据库验证表明,这6个基因在肾透明细胞癌中的表达均有明显差异,且其中PLG和MMP9与患者预后相关.结论 筛选出的核心基因可能对肾透明细胞癌进展的分子机制的解释有一定帮助,并且可能用作肾透明细胞癌的治疗靶点和诊断靶标.
