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基于数据库分析SPP1在肺鳞癌中的表达及意义
目的 基于数据库分析分泌性磷蛋白1(SPP1)在肺鳞癌中的表达及意义.方法 通过检索Oncomine和cBioPortal数据库中关于SPP1的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,分析其在肺鳞癌中的作用.结果 Oncomine数据库中共有4个研究涉及SPP1在肺鳞癌组织和正常组织中的表达,共包括184个样本,荟萃4个结果发现,SPP1在肺鳞癌中较正常组织高表达,差异具有统计学意义(P=2.84×10-7).通过cBioPortal数据库分析,在oncoprint选项中发现501例中晚期肺鳞癌的样本中有39例SPP1高表达(7.8％).SPP1表达量与肺鳞癌总体生存率存在相关性,SPP1高表达5年生存率为29.1％,而SPP1低表达5年生存率为49.3％,差异具有统计学意义(P<0.05).结论 通过对Oncomine和cBioPortal数据库中肿瘤相关基因信息的深入检索,提出SPP1在肺鳞癌组织中高表达,且与肺鳞癌预后有关,其将为肿瘤药物的开发提供重要理论依据.
关键词： SPP1 肺鳞癌 Oncomine cBioPortal 预后 -
胆管癌全基因组表达差异的初步观察
目的 通过比较肝门部胆管癌与胆总管中下段癌的全基因组表达差异,进一步揭示胆管癌发生、发展的内在分子机制.方法 采用含21 329条Oligo DNA的人类全基因组寡核苷酸芯片,对3例肝门部胆管癌与正常胆管配对检测差异表达基因,另取4例胆总管中下段癌标本与正常胆管配对检测差异表达基因,通过SAM分析,得到两者间差异表达基因,并采用实时定量RT-PCR验证芯片结果.结果 肝门部胆管癌与胆总管中下段癌之间基因表达既存在共性,又存在差异.与正常胆管组织相比,两者共同上调基因244条,共同下调基因399条;而两者差异表达基因共82条(ratio≥2.0或≤0.5).通过SAM分析(q=0),两者显著差异表达基因共40条,其中上调基因29条,下调基因11条,包括AREG、EPHA2、SPP1、PACE4等.结论 高通量的基因芯片技术能够筛选出大量的胆管癌差异表达基因,肝门部胆管癌与胆总管中下段癌的基因表达亦存在着明显的聚类性质差别.
关键词： 肝门部胆管癌 胆总管中下段癌 全基因组寡核苷酸芯片 AREG SPP1
