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基于数据库分析SPP1在肺鳞癌中的表达及意义
目的 基于数据库分析分泌性磷蛋白1(SPP1)在肺鳞癌中的表达及意义.方法 通过检索Oncomine和cBioPortal数据库中关于SPP1的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,分析其在肺鳞癌中的作用.结果 Oncomine数据库中共有4个研究涉及SPP1在肺鳞癌组织和正常组织中的表达,共包括184个样本,荟萃4个结果发现,SPP1在肺鳞癌中较正常组织高表达,差异具有统计学意义(P=2.84×10-7).通过cBioPortal数据库分析,在oncoprint选项中发现501例中晚期肺鳞癌的样本中有39例SPP1高表达(7.8％).SPP1表达量与肺鳞癌总体生存率存在相关性,SPP1高表达5年生存率为29.1％,而SPP1低表达5年生存率为49.3％,差异具有统计学意义(P<0.05).结论 通过对Oncomine和cBioPortal数据库中肿瘤相关基因信息的深入检索,提出SPP1在肺鳞癌组织中高表达,且与肺鳞癌预后有关,其将为肿瘤药物的开发提供重要理论依据.
关键词： SPP1 肺鳞癌 Oncomine cBioPortal 预后 -
基于数据挖掘分析ERO1 L在肺腺癌中的表达及临床意义
目的 探索内质网氧化还原1样蛋白(endoplasmic reticulum oxidoreductin-1-like protein,ERO1L)在肺腺癌中的表达及意义.方法 利用cBioPortal在线分析癌症基因图谱(The Cancer Genome At-las,TCGA)数据库中586例肺腺癌样本中的RNA-Seq数据,并结合患者的完整生存时间信息,采用Kaplan-Meier法分析ERO1L变异与肺腺癌患者生存之间的关系.通过基因表达谱动态分析(Gene Expression Profi-ling Interactive Analysis,GEPIA)数据库搜索ERO1L mRNA在正常肺组织与肺腺癌组织表达的情况,分析其在不同TNM分期中的表达情况.用MethHC数据库分析ERO1L基因在肺腺癌中的甲基化水平.String-DB数据库分析与ERO1L相互作用的蛋白.结果 在230例肺腺癌样本中有18例发生ERO1L基因变异,变异率为8％.Kaplan-Meier生存曲线分析显示ERO1L变异组总体生存期(overall survival,OS)短于无变异组(P=0.0268).肺腺癌组织中ERO1L mRNA表达明显高于正常肺组织(P<0.05),且其启动子甲基化水平显著减低(P<0.005).ERO1LB、ERP29、ERP44、GPX7、GPX8、INS、P4HB、PDIA4、PDIA6、TXNDC5等基因与ERO1L有明显的相互作用.结论 通过肿瘤基因数据库信息挖掘表明,ERO1L在肺腺癌组织中呈高表达,且与患者预后不良相关,为深入研究ERO1L在肺腺癌发生发展中的作用提供重要理论依据.
