首页 > 文献资料
-
大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌超广谱β-内酰胺酶基因的核苷酸序列测定及分子进化研究
目的:调查四川大学华西医院分离的ESBLs肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌的TEM型及SHV型ESBLs亚型,并探讨其分子进化规律.方法:对用PCR法扩增的产ESBLs大肠埃希菌及肺炎克雷伯菌的TEM型及SHV型ESBLs基因进行核苷酸序列测定,通过网上相似性检索确定其编码的酶的亚型,并利用生物信息学的方法探讨ESBLs分子进化的规律.结果检出的ESBLs亚型为SHV-2和TEM-19.本研究检出的10个blaSHV-2沉默突变位点分布彼此相同,2个blaTEM-19沉默突变位点分布也彼此相同.与国外其它地方检出的blaSHV-2比较,沉默突变位点分布不同.本研究检出的blaTEM-19与blaTEM-1沉默突变位点分布相同.结论:本研究检出的ESBLs亚型以SHV-2为主.检出的blaSHV-2及blaTEM-19各自由同一可转座突变体传播而来.世界各地流行的SHV-2与本研究检出的SHV-2是趋同进化而来.本研究检出的blaTEM-19可能直接由本研究检出的可转座blaTEM-1单点突变而来.
-
变形链球菌高毒力株特异DNA片段的序列测定及生物信息学分析
目的 将筛选得到的变形链球菌高毒力株特异的DNA片段序列与数据库中已知序列进行对比,发现高毒力株特异的新基因或已知基因的新功能,推测、鉴定基因所编码蛋白质的功能.方法 对筛选得到的c血清型变形链球菌高毒力株特异的31个DNA片段进行序列测定,利用BLAST 2.2.6程序进行核苷酸和含6相位阅读框架编码的氨基酸的相似性检索.结果 变形链球菌高毒力株特异的31个DNA片段中,2个为重复克隆,片段大小在113～776 bp之间,平均G+C含量为38.59%,与已完成测序的变形链球菌UA159基因编码区的G+C含量相近.发现了5个新的基因片段,其余的片段均与变形链球菌UA159基因组中的基因有高度的同源性.依据推测的功能,高毒力株特异的DNA片段主要与信号转导及转录调节、修复应激损伤、生化代谢、外膜蛋白合成及粘附以及目前功能仍未知或不确定的假想蛋白有关.结论 利用生物信息学相关软件及数据库进行c血清型变形链球菌高毒力株特异DNA片段的基因分析、识别及功能预测,发现了5个新的基因片段以及高毒力株特异的DNA片段的主要功能,为进一步的基因功能研究奠定基础.
-
c血清型变形链球菌低毒力株特异DNA片段的生物信息学分析
目的:发现c血清型变形链球菌低毒力株特异的新基因或已知基因的新功能,推测、鉴定基因所编码蛋白质的功能.方法:对筛选得到的26 个变形链球菌低毒力株特异的DNA片段进行序列测定,利用BLAST 2.2.6程序进行核苷酸和含6相位阅读框架编码氨基酸的相似性检索.结果:变形链球菌低毒力株特异的DNA片段大小在113～776 bp之间,平均G+C含量为38.27%,其中有8 个片段为新的基因片段,在GenBank中登记.结论:发现了8 个新的基因片段以及低毒力株特异的DNA片段的主要功能,为下一步的基因功能研究奠定基础.
