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新疆地区HIV-1/HCV合并感染者HCV5'UTR基因的遗传进化分析
目的 分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)/丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)混合感染者体内HCV各基因型在6个月时间间隔前后基因变化规律,为针对HCV制定预防治疗策略和后续的研究提供基础.方法 对新疆地区2013年4月确认为HIV-1抗体阳性的102例感染者进行HCV抗体检测,HCV抗体阳性的研究对象在6个月后(2013年10月)进行第二次采血.对HCV抗体阳性的2次标本抽提血浆病毒RNA,反转录后扩增HCV 5'UTR基因,将所得到的序列与HCV的国际标准株进行比较,确定被检样本的HCV基因型.基于2次采样毒株的序列变异,使用MEGA 6软件计算其基因离散率,使用Beast v1.8.0软件分析起源时间和进化速率.结果 102例HIV-1感染者中有89例(87.25％) HCV抗体阳性,其中成功扩增出HCV 5'UTR基因2次序列的有77例(77/89,86.52％).HCV 5'UTR基因片段分型结果显示有4种基因型:1a (9/77,11.69％),1b (31/77,40.26％),3a (24/77,31.17％),3b (13/77,16.88％).HCV的1b基因型6个月后样本的组内基因离散率(0.025±0.007)％明显大于首次采样的(0.001±0.001)％,其他3种基因型的基因离散率在6个月后无明显变化.HCV的5'UTR基因平均进化速率为1.62×10-3(95％HPD 1.52×101～5.38×103)替换/(位点·年),各基因亚型之间的进化速率相差1～3倍,3a亚型祖先株形成时间为久远.结论 新疆地区HIV-1感染者中静脉吸毒人群合并HCV感染率高,HCV的3种基因型(1a、3b、3a)在HIV 1感染者体内稳定存在,总体变异不大,但1b基因型随着时间的推移相对比较活跃.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型感染者 丙型肝炎病毒 5'UTR 基因离散率 进化速率
