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钦州市钦南区HIV-1分子流行病学研究
目的:了解钦州市钦南区HIV-1分子流行病学特征.方法:在钦南区采集100名未抗病毒治疗HIV-1感染者的血液样本,提取病毒RNA或前病毒DNA,采用逆转录/巢式PCR对HIV-1 gag基因片段进行扩增并测序.使用MAGA5.03软件对所得序列进行系统进化树分析,并计算gag区及各编码区段的基因离散率.结果:获得72份样本gag基因序列,其中CRF01_AE重组型占72.2％(52/72),CRF07_BC重组型占13.9％(10/72),CRF08 BC重组型占12.5％(9/72),G亚型占1.38％(1/72).CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC的gag基因离散率分别为0.049±0.004、0.053±0.005和0.059±0.005,差异具有统计学意义(P＜0.01).各亚型p17基因离散率均大于p24基因(P＜0.01).结论:钦南区HIV-1主要流行亚型是CRF0 1_AE,CRF 08 BC亚型离散率大于CRF 01 AE亚型和CRF 07 BC亚型.
关键词： 人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1) 亚型 gag基因 基因离散率 -
重庆市HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析
目的对重庆市流行的艾滋病(AIDS)病毒1型(HIV-1)进行分子流行病学调查,为艾滋病预防控制策略的制定提供依据.方法用套式聚合酶链反应(nested-PCR)对31份重庆市HIV-1抗体阳性者外周血单个核细胞(PBMC)中前病毒DNA的膜蛋白基因的C2-V3区,及其邻区300个核苷酸序列进行测定和分析.结果31份标本中有21份扩增阳性并得到相应序列,扩增率为67.6%.经过基因离散率计算和系统树分析后证实:1份标本为CRF01-AE流行重组毒株,20份标本为HIV-1 BC重组毒株.结论目前重庆市HIV-1 BC重组病毒为优势流行株,为有效控制HIV流行,需要重点在吸毒人群中开展行为干预措施.
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重庆市艾滋病分子流行病学调查
目的对重庆市艾滋病病毒感染者/艾滋病病人(HIV/AIDS)进行分子流行病学调查,为重庆市乃至全国的艾滋病预防控制工作提供有价值的资料.方法传统流行病学与分子流行病学方法相结合,对重庆市HIV/AIDS的疫情特征进行分析,对重庆市HIV毒株作基因序列分析,总结其传播途径与亚型之间的关系,分析不同亚型在重庆市流行的时间及变异程度,并提出预防控制工作重点.结果目前重庆市HIV感染率达11.7/10万,女性感染者比例高于全国平均水平;重庆市流行毒株有B'、C、E、G 4种亚型,C亚型占优势,G亚型为全国首次发现.结论重庆市艾滋病流行形势严峻,迫切需要深入开展研究,并在高危人群中开展行为干预措施.
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浙江省2003-2005年HIV-1感染者分子流行病学研究
目的 掌握浙江省2003-2005年新发现感染者艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)毒株基因亚型分布和变异情况.方法 对2003-2005年浙江省境内检测新发现的HIV-1感染者进行一般流行病学调查并采集血样,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应对gag基因区进行扩增并测定其序列.结果 采集143份血样,112份扩增阳性,检出CRF01-AE亚型43例,CRF07-BC 37例,CRF08-BC 11例,B亚型20例,CRF02-AG 1例.CRF01-AE分布在11个市中的9个市,主要存在于异性性途径感染者中(53.5%),并已成为外省籍注射吸毒感染者的主要构成(44.8%).CRF01-AE和CRF07-BC的亚型组内平均离散率在静脉吸毒感染者和性传播感染者中比较,差异有统计学意义.结论 浙江省2003-2005年新检出感染者HIV-1毒株呈现多重组型别特征,CRF01-AE成为分布广的类别,呈现扩大流行的趋势.HIV-1在性乱人群之间的传播要比在注射吸毒人群复杂,变异更大.
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甘肃省HIV-1毒株基因序列测定和亚型分析
目的对甘肃省流行的艾滋病病毒(HIV)开展分子流行病学调查.方法用套式聚合酶链反应对23份甘肃省HIV-1感染者外周血淋巴细胞中前病毒脱氧核糖核酸(DNA)的膜蛋白基因进行扩增,并对C2-V3及其邻区300个核苷酸序列进行测定和分析.结果甘肃省流行的HIV-1分属B'亚型(6例)、C亚型(1例)、CRF-BC亚型(16例).其中CRF-BC亚型(70%)为主要流行毒株.结论甘肃省HIV-1流行亚型以重组毒株CRF-BC为主,在吸毒人群中广为流行;加强对高危人群监控,是遏制艾滋病在甘肃省蔓延的重中之重.
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中国艾滋病病毒1型流行毒株V3环序列变异性的研究
目的研究中国艾滋病病毒1型(HIV-1)毒株V3环序列的变异性.方法对中国1996～2000年491例HIV-1感染者env基因C2-V3区经聚合酶链反应(PGR)扩增并测序,测得的序列经DNA软件编辑后,用Wisconsin公司GCG软件包进行分析.结果从核酸序列可以看出,V3环的核苷酸存在着点突变和基因的漂移.各亚型流行株V3顶端的四肽特征主要为:GPGQ 72.6%,GPGR 13%,GPGK 7.6%,其它形式6.7%.在V3环氨基酸序列11、25位点未同时出现带正电荷的氨基酸.基因离散率的分析表明呈现逐年递增趋势.结论中国V3环顶端四肽序列主要为GPGQ,从1990的10%、1993年的29%上升到2000年的72.6%.而GPGR则从1990年的80%、1993年的57%下降到2000年的13%.更加证明了在中国存在着HIV-1毒株V3区顶端四肽由GPGR向GPGQ漂移的现象.从V3环序列的高度变异性分析表明中国正处于HIV快速流行期.
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浙江省HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析
目的利用脱氧核糖核酸(DNA)序列分析浙江省境内艾滋病病毒1型(HIV-1)流行毒株的亚型,为艾滋病预防控制工作提供参考.方法采取14份浙江省HIV-1抗体阳性者的全血,提取前病毒DNA作为扩增模板,设计引物对env基因的C2-V3区进行聚合酶链反应(PCR)扩增并测定其序列.所得序列用Wisconsin公司的GCG软件包进行分析,确定亚型.结果 14份标本中有9份扩增阳性并得到相应序列,扩增率为64.3%.经过离散率计算和系统树分析后证实:4份标本为E亚型的A/E流行重组模式,3份标本为B亚型,1份标本为C亚型的B/C流行重组模式,1份标本为G亚型.结论目前浙江省境内有多种亚型的HIV-1毒株存在,流行形势严峻.迫切需要深入调查研究,并在高危人群中开展行为干预措施.
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深圳艾滋病病毒1型传播途径及优势流行株分析
目的 分析广东省深圳市艾滋病病毒1型( HIV-1)优势株的亚型特征和传播规律,为正确掌握HIV-1的流行趋势提供帮助.方法 对429例HIV-1阳性的感染者进行流行病学调查和外周血采集,逆转录-聚合酶链反应( RT-PCR)巢式扩增包膜蛋白(env),测序后确定亚型,建立进化树,计算基因离散率.结果 深圳市HIV-1亚型包括01 -AE 、07- BC 、08-BC 、02 -AG 4种重组亚型和B、C2种亚型；其中01 -AE、07-BC和B亚型为主要流行株,分别占51.8％ (207/400) 、28.8％ (115/400)和12.3％ (49/400)；08-BC 、C亚型和02-AG在人群中流行较少,分别占3.5％( 14/400)、3.5％ (14/400)和0.3％( 1/400)；传播途径以性传播和静脉吸毒传播为主,占感染总数的96.6％( 200/207),其他传播途径仅占3.4％(7/207);异性传播毒株的组内基因离散率大,为14.3％；同性传播病毒株与异性传播病毒株之间的基因离散率大,为15.8％；在进化树上,各种传播途径的毒株形成了相对独立的簇,但是存在交叉.结论 01 -AE是深圳地区HIV-1的优势流行株,性传播是主要的传播途径.
关键词： 艾滋病病毒1型( HIV-1) 巢式PCR 优势株 进化树模型 基因离散率 -
新疆部分地区人类免疫缺陷病毒／丙型肝炎病毒合并感染者的丙型肝炎病毒5′端非编码区基因变异分析
目的：了解新疆部分地区 HIV-1／HCV 合并感染者的 HCV 基因变化规律。方法采用ELISA 法检测212例 HIV-1感染者的抗-HCV，柱式核酸纯化试剂盒提取血浆中病毒 RNA，以PrimeScriptTM Ⅱ1st Strand cDNA Synthesis 试剂盒进行反转录，并扩增 HCV 5′端非编码区（5′UTR）基因，将所获序列与 HCV 国际标准株进行比较，确定 HCV 基因型。计算4次采样毒株序列变异的基因离散率并建立进化树。结果212例 HIV-1感染者中抗-HCV 阳性157例，155例为静脉药瘾者，2例为异性性接触者。131例成功扩增 HCV 5′UTR 基因并进行了基因分型，结果3a 基因型占30．53％（40／131）、3b 基因型占17．56％（23／131）、1a 基因型占8．40％（11／131）、1b 基因型占42．75％（56／131）、6a 基因型占0．76％（1／131）。完成2年随访的38例感染者整体基因同源性为87．5％～99．3％，不同亚型的同源性有差异，同一样本的4次序列的同源性为99．3％～100．0％，变异率为0～0．7％。随着采样时间的推移，组内基因离散率以及与首次采样序列的组间基因离散率呈现依次增大的趋势。新疆地区HIV-1感染者体内的 HCV 的5′UTR 基因平均进化速率为1．62×10－3替换／（位点·年）（95％CI ：1．52×10－3～5．38×10－3）。同一研究对象的4次序列之间相似度和同源度高。结论新疆地区 HIV／HCV 合并感染率较高，静脉药瘾者高于异性性接触者。HCV 以1b 亚型为优势流行毒株。
关键词： 人类免疫缺陷病毒-1 肝炎病毒属 5′端非编码区 基因离散率 进化速率 -
桂北地区HIV-1感染者HIV-1病毒亚型分布观察
目的 观察桂北地区HIV 感染者HIV-1 病毒亚型分布.方法 采集桂北地区80 例HIV-1 感染者的静脉血,提取其中单个核细胞的DNA ,用巢氏PCR 扩增病毒膜蛋白env 基因的C2～V3区,对PCR 纯化产物进行测序,并应用GCG软件等对序列进行分析.结果 通过PCR 扩增得到env基因序列55 份,分属4个亚型,分别为B型1份,CRF07-BC 型19 份,CRF08-BC型 23份,CRF01-AE型 8份,C型4份.感染途径为静脉吸毒者16例,性34例,非法献血2例,不详3例.16例吸毒感染者中CRF08-BC型12例,CRF07-BC型4例.34例性行为感染者中CRF07-BC型19例,CRF08-BC型11例,CRF01-AE型4例.结论 桂北地区HIV感染者存在HIV-1 亚型多样.静脉吸毒感染者以CRF08-BC型为主.性行为感染者以CRF07-BC型和CRF08-BC型为主.
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钦州市钦南区HIV-1流行亚型及gag基因变异特征研究
目的 了解钦州市钦南区HIV-1流行亚型及gag基因变异特征.方法 在钦南区采集97名未抗病毒治疗HIV-1感染者的血液样本,从血浆中提取病毒RNA,从单个核细胞中提取前病毒DNA,采用PCR技术对HIV-1 gag基因片段进行扩增并测序.使用MAGA5.03软件对所得序列进行系统进化树分析,并计算gag区及各编码区段的基因离散率.结果 获得72份样本gag基因序列,其中CRF01_AE重组型占72.3％(52/72),CRF07_BC重组型占13.9％(10/72),CRF08_BC重组型占12.5％(9/72),G亚型占1.39％(1/72).CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC的gag基因离散率分别为0.049±0.004、0.053±0.005和0.059±0.005,差异具有统计学意义(P＜0.01).结论 钦南区HIV-1主要流行亚型是CRF01_AE,CRF 08_BC亚型离散率大于CRF 01_AE亚型和CRF 07_BC亚型.
关键词： 人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1) 亚型 gag基因 变异 基因离散率 -
新疆地区HIV-1/HCV合并感染者HCV5'UTR基因的遗传进化分析
目的 分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)/丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)混合感染者体内HCV各基因型在6个月时间间隔前后基因变化规律,为针对HCV制定预防治疗策略和后续的研究提供基础.方法 对新疆地区2013年4月确认为HIV-1抗体阳性的102例感染者进行HCV抗体检测,HCV抗体阳性的研究对象在6个月后(2013年10月)进行第二次采血.对HCV抗体阳性的2次标本抽提血浆病毒RNA,反转录后扩增HCV 5'UTR基因,将所得到的序列与HCV的国际标准株进行比较,确定被检样本的HCV基因型.基于2次采样毒株的序列变异,使用MEGA 6软件计算其基因离散率,使用Beast v1.8.0软件分析起源时间和进化速率.结果 102例HIV-1感染者中有89例(87.25％) HCV抗体阳性,其中成功扩增出HCV 5'UTR基因2次序列的有77例(77/89,86.52％).HCV 5'UTR基因片段分型结果显示有4种基因型:1a (9/77,11.69％),1b (31/77,40.26％),3a (24/77,31.17％),3b (13/77,16.88％).HCV的1b基因型6个月后样本的组内基因离散率(0.025±0.007)％明显大于首次采样的(0.001±0.001)％,其他3种基因型的基因离散率在6个月后无明显变化.HCV的5'UTR基因平均进化速率为1.62×10-3(95％HPD 1.52×101～5.38×103)替换/(位点·年),各基因亚型之间的进化速率相差1～3倍,3a亚型祖先株形成时间为久远.结论 新疆地区HIV-1感染者中静脉吸毒人群合并HCV感染率高,HCV的3种基因型(1a、3b、3a)在HIV 1感染者体内稳定存在,总体变异不大,但1b基因型随着时间的推移相对比较活跃.
关键词： 人类免疫缺陷病毒1型感染者 丙型肝炎病毒 5'UTR 基因离散率 进化速率
