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广州市两例B群流脑病例分离株的MLST分型研究
目的 对从广州市报告的两例B群流行性脑脊髓膜炎(流脑)病例中分离的4株脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)进行多位点序列分型(multi-locus sequence typing,MLST)研究.方法 分纯并提取菌株DNA、运用MLST分析对7个管家基因进行扩增并测序,确定菌株的序列型,对其相关性进行分析.结果 两例病例分离株7个管家基因位点序列均不相同,第一例病例分离株的序列型为ST-7型,属高致病性ST-5complex/subgroup Ⅲ克隆系;第二例病例分离株的序列型为新发现的ST-9804型.结论 广州两例B群流脑病例虽然发生时间相近,但分属不同的序列型,无同源性.MLST分型技术对研究不同流脑病例间的流行病学关系有重要意义.
关键词： 流行性脑脊髓膜炎 脑膜炎奈瑟菌 多位点序列分型(MLST) -
浙江省永康地区多重耐药鲍曼不动菌的分子分型研究
目的 分析永康市第一人民医院临床分离的30株多重耐药鲍曼不动杆菌的同源性分布情况及亲缘进化关系,明确永康市第一人民医院多重耐药鲍曼不动杆菌的基因分型.方法 收集永康市第一人民医院临床分离的30株多重耐药鲍曼不动杆菌,利用限制性内切酶A paI酶切进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,利用BioNumerics软件进行聚类分析反映菌株间的同源性分布情况;通过多位点序列分型(MLST)方法反映菌株间的进化关系,经过数据共享及比较,进行基因分型.结果 通过PFGE技术将30株(其中3株菌无PFGE结果)多重耐药鲍曼不动杆菌分为4个脉冲群,其中脉冲群A为主要流行克隆;经MLST分析,永康市第一人民医院感染多重耐药鲍曼不动杆菌主要流行克隆为ST208,且得到一个新的序列型.结论 经PFGE和MLST分析,均得到了一个主要流行克隆.永康市第一人民医院的主要流行株ST208与世界上的主要流行克隆具有高度的同源性.
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淋病奈瑟球菌国家参考品菌株的分子生物学特征分析
目的：对中国医学细菌保藏管理中心收集保藏的淋病奈瑟球菌（ NG）国家参考品菌株进行分子生物学特征分析。方法对13株NG国家参考品菌株进行16S rRNA和隐蔽性质粒cppB基因扩增和分析，并采用多位点序列分型（ MLST）、NG多抗原序列分型（ NG-MAST）技术对菌株进行分子分型。结果13株菌种均扩增出预期大小的16S rRNA基因片段，与NG模式菌株参考序列（ X07714．1）的相似性均＞99％；13株菌种均扩增出预期大小的cppB基因；MLST结果显示，13株菌种共分为10个ST型，其中含7个新的ST型；NG-MAST结果显示，13株菌种含9个por等位基因和9个tbpB等位基因，配对后是10个不同的ST型，其中含6个新的ST型。结论该研究完善了NG国家参考品菌株的分子生物学方面的质控指标，为今后NG参考品候选菌株的选择提供了新的技术手段。
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不同地理来源的食品中大肠埃希氏菌eBURST分析
目的 研究不同地理来源的食品中大肠埃希氏菌的群体进化关系,为流行病学调查及有效控制食源性大肠埃希氏菌导致的食品安全事件提供理论支持.方法 按照大肠埃希氏菌多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)规则,根据地理溯源研究中遴选的4个持家基因测序数据,利用数据库查询每株食品分离株的序列类型(sequence types,ST),再对所有食品分离株进行eBURST(enhanced based upon related sequence types)分析.结果 得到了食品中大肠埃希氏菌分离株群体的遗传关系.eBURST分析显示不同地理来源菌株存在相同起源株,不仅在同一大洲相邻国家或地区之间,而且在不同大洲非相邻国家或地区之间都存在着同质性的克隆株复合体.结论 大肠埃希氏菌在具有相同起源的基础上存在丰富的遗传多样性；eBURST分析更擅于揭示不同地理来源大肠埃希氏菌株之间的进化关系.
关键词： 大肠埃希氏菌 食品 多位点序列分型(MLST) eBURST分析 遗传多样性 -
87株多重耐药鲍曼不动杆菌多位点序列分型
目的 了解安徽地区近年来临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌的耐药性、菌群结构和流行菌株,分析其基因同源性及亲缘进化关系,为临床抗菌药物应用提供一定的实验室依据.方法 收集安徽地区临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌87株,采用琼脂稀释法测定其对11种临床常见抗菌药物的小抑菌浓度.通过多位点序列分型方法,反映菌株间进化关系,利用BioNumerics软件构建聚类图,从而进行基因分型.结果 87株鲍曼不动杆菌对亚胺培南、美罗培南的耐药率分别为74.7％、66.7％,对其他常用抗菌药物耐药率都很高.其分为42个ST型,其中6个型别是数据库里原来有的,36个型别为新的型别(暂时命名为STnew01～ST-new36).ST2包含37株菌,是优势型别,其属于克隆复合体CC1.结论 多重耐药鲍曼不动杆菌对11种常见临床抗菌药物均呈现出较高的耐药率,ST2为安徽地区多重耐药鲍曼不动杆菌主要的流行克隆,安徽地区主要的流行株ST2与世界上主要的流行克隆具有高度的同源性.
关键词： 多重耐药鲍曼不动杆菌 MIC 多位点序列分型(MLST) 管家基因 PCR -
浙江省副溶血性弧菌O3:K6血清型菌株多位点序列分型研究
目的 掌握浙江省不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的分子分型特征,为副溶血性弧菌食源性疾病的预防控制提供技术支持.方法 选择副溶血性弧菌的7个管家基因dnaE、gyrB、recA、dtdS、pntA、pyrC及tnaA,对62株不同来源的副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株样本进行PCR扩增、测序,Chromas软件和DNA Star软件分析,核酸序列上传至MLST数据库进行比对,获得每株菌的序列型,绘制多位点序列分型遗传进化树并进行亲缘性分析.结果 62株副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株中,59株菌为ST-3型(3,4,19,4,29,4,22),1株菌为ST-121型(3,2,82,52,4,78,66),1株菌为新的ST型(5,10,34,27,77,49,23),1株菌仅gyrB基因第562位点由C突变为T,其余基因序列与ST4型(3,5,22,12,20,22,25)一致.结论 浙江省副溶血性弧菌O3∶K6血清型菌株的主要MLST型别为ST-3型.
关键词： 副溶血性弧菌 O3:K6血清型 多位点序列分型(MLST) -
动物源沙门菌的耐药表型、基因型及流行特征研究
目的 研究动物源沙门菌耐药及流行特征.方法 对116株动物源沙门菌进行血清学分型、药物敏感试验、耐药基因(簇)检测和多位点序列(MLST)分析.结果 鸡源沙门菌多为ST11克隆肠炎沙门菌和ST17克隆印第安那沙门菌,猪源沙门菌多属于ST40克隆德尔卑沙门菌.ST11克隆主要表现为对氨苄青霉素、萘啶酸、四环素、头孢哌酮耐药,且多数为多重耐药(MDR);ST17克隆多数对9种以上的药物特别是头孢类及氟喹诺酮类耐药,为超级耐药(Super-MDR)克隆.ST11克隆中bla TEM-1-like携带率高,ST17克隆中bla OXA-1-like、bla CTX-M、bla TEM-1-like及floR、aadA2、sul1及aac(6’)-1b高携带率是其成为超级耐药克隆的主要原因.结论 抗菌药物特别是头孢类、氟喹诺酮类药物在动物生产中应当控制使用,对控制耐药菌的产生及传播有重要意义.
关键词： 沙门菌 多位点序列分型(MLST) 多重耐药 β-内酰胺酶基因 -
利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究
目的 对浙江省2005- 2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础.方法 选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Muhilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型(Sequence type,ST)；采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析.结果 30株菌中,27株O157:H7菌株具备相同序列型(ST-284),占90％(27/30),其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296.8个管家基因核苷酸多态性(Pi)范围为0.00119( polB)～0.00648(uidA),putP基因多态性位点比例高(4.6％),trpA基因多态性位点比例低(0.4％).进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群.结论 浙江省动物源性大肠杆菌O157 ∶ H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364(ST-296)具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测.
关键词： 大肠杆菌O157 多位点序列分型(MLST) 管家基因 分子流行病学 -
食品及环境阪崎肠杆菌分离株的MLST和PFGE分型方法比较
目的:对PFGE和MLST方法在阪崎肠杆菌分型研究中的分辨力和潜在价值进行了比较研究和论述.方法:采用PFGE和MLST方法对本实验室分离的19株阪崎肠杆菌和一株标准菌株ATCC51329进行分型研究.结果:PFGE方法可将20株阪崎肠杆菌分为6大类群.共16个PFGE型,分辨力为0.9474.而MLST方法可将20株菌株分为12个ST型,分辨力为0.9263.结论:PFGE法较MLST法具有较高的分辨力,可用于阪崎肠杆菌的溯源研究,而MLST分型方法能通过全球比对数据库得到更多的关于进化和亲缘关系的分析资料,在致病研究、流行病学调查、进化研究方面优于PFGE法.
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陕西省婴幼儿食品中分离的132株蜡样芽胞杆菌呕吐型基因的检测
目的 了解2012-2016年陕西省市售婴幼儿食品中蜡样芽胞杆菌的呕吐型基因的携带情况及携带呕吐基因菌株的分子分型.方法 采用PCR方法对2012-2016年陕西省不同地区市售婴幼儿食品中收集到的132株蜡样芽胞杆菌的呕吐型基因进行检测,用多位点序列分型(MLST)方法对携带呕吐型基因的蜡样芽胞杆菌进行分子分型.结果132株蜡样芽胞杆菌中携带呕吐型基因的共计9株,携带率6.82％.这9株菌分为4个序列类型(Sequence Type,ST),分别为ST-100(11.11％,1/9)、ST-164(11.11％,1/9)、ST-246(11.11％,1/9)、ST-26(66.67％,6/9).结论陕西省市售婴幼儿食品中的蜡样芽胞杆菌携带有呕吐型基因,携带率6.82％,以ST-26为主要流行株,基因型多样,地区间有地区特征性差异.
关键词： 婴幼儿食品 蜡样芽胞杆菌 呕吐型基因 多位点序列分型(MLST) -
广州地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的分子流行病学研究
目的 对广州地区2008年分离的132株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行基因分型研究,以了解当年广州地区MRSA的流行情况.方法 联合采用多位点序列分型(MLST)以及金黄色葡萄球菌染色体mec盒分型(SCCmec)方法对以上菌株进行基因分型.结果 132株MRSA中有123株是ST239-MRSA-III型;另外,也分别检测到3株是ST239-MRSA-IIIA型、2株是ST865-MRSA-III型、1株是ST864-MRSA-IV型、1株是ST188-MRSA-I型以及ST217-MRSA-IV型1株.结论 ST239-MRSA-III型是广州地区2008年MRSA分布的主要菌型.
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多重耐药鲍曼不动杆菌的临床流行特征
目的 对西安交通大学第一附属医院收集的多重耐药鲍曼不动杆菌进行菌种确认,并检测其临床感染分布特点、耐药性及分子分型特征.方法 收集经VITEK-2鉴定的多重耐药鲍曼不动杆菌47株,利用特异性引物sp2F、sp4F和sp4R通过PCR扩增的方法复检菌株;使用VITEK-2检测鲍曼不动杆菌的药物敏感性;通过多位点序列分型(MLST)方法分析临床菌株的同源性.结果 经过特异性PCR扩增法确认,47株临床样本中有46株为鲍曼不动杆菌,它们大多分离自痰标本,主要收集于重症监护室,呈多重耐药性.MLST分析发现ST195、ST218、ST368及ST208共4种ST型,其中ST368与ST208亲缘关系近.结论 特异性PCR扩增法可快速、准确地鉴定鲍曼不动杆菌.本院的多重耐药鲍曼不动杆菌主要分布在重症监护室,仅对替加环素等少数抗生素有较高敏感性,存在同源性差异.
