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2011年河南省脑炎患者柯萨奇病毒B5型分离株基因组序列分析
目的 分析河南省柯萨奇病毒B5(CVB5)分离株全基因序列,了解其遗传特性.方法 采集2例脑炎患者临床标本,分离病毒,提取病毒阳性分离物RNA,进行RT-PCR扩增,产物直接测序.利用DNAStar 5.01和Mega 5.05软件进行全基因序列拼接及亲缘进化分析.结果 获得2株CVB5分离株(03001N和17Y)全基因组序列,核苷酸长度分别为7408 bp和7404 bp,两者核苷酸同源性为97％,同2010年河南CVB5分离株同源性高,分别为98％和99％.5'-UTR分别为747 bp和743 bp;3’-UTR区均为103bp;病毒基因组编码区全长同为6558 bp,编码含2185个氨基酸残基的多聚蛋白,氨基酸同源性为99％.VP1区系统发生树分析显示,2株CVB5分离株进化关系较近,同近年来国内其他分离株成一簇,而2009年的河南省CVB5分离株同山东省CVB5分离株成一簇.结论 河南省内存在不同CVB5株传播链的流行,此次分离株为近几年内的主要流行株.
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2011年龙岩市手足口病例肠道病毒通用引物核酸阳性未分型样本病原分析
目的 了解龙岩市大量判定为其他肠道病毒(EV)感染的手足口病(HFMD)样本的病原组成.方法 对龙岩市2011年经Real-time RT-PCR检测判为未分型EV感染的104份HFMD咽拭子样本经RD细胞分离培养后以RT-PCR法检测EV、EV71、CoxA16,对仍不能分型的样本以187/222引物进行扩增,对扩增产物进行纯化回收、克隆、测序,并用Blast程序在线比对判定型别.同时对培养物进行Real-time RT-PCR检测EV、EV71、CoxA16.任一法检出培养物阳性即判为阳性.结果 104份样本中检出EV阳性88份(84.62％),包括29份EV71,4份EV71+CoxA16,3份CoxB5,2份CoxA10,50份仍未能分型.结论 Real-time RT-PCR检测未能分型的HFMD病例中,相当部分(37.18％)还是由EV71所致,临床不应该随意排除该类病例EV71感染的可能,同时还包含CoxB5和CoxA10病毒.
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一起柯萨奇病毒B5型暴发的流行病学调查
目的 查清柯萨奇病毒B5型暴发的原因和流行状况,并采取针对性的控制措施.方法 采用现场流行病学调查方法开展调查,并依据血清学、病原学以及分子生物学进行实验结果确认.结果 从2005年5月19日开始出现以发热、头痛、头昏、咽痛、恶心、呕吐等为主要症状的病例,病程一般10 d左右,疫情历时34 d,共发病49例,14岁以下儿童罹患率为13.57 %;有15例病人住院治疗,其中10例临床诊断"病毒性脑炎";病例全部为1岁～12岁儿童,无死亡和后遗症病例出现.应用逆转录PCR方法从病人的2份血清和2份脑脊液标本中扩增出肠道病毒特异性基因片段,并从8份粪便中培养出柯萨奇病毒,血清分型为B5型.结论 本次暴发为柯萨奇B5病毒引起病毒性脑炎暴发.
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一例重症手足口病死亡患儿柯萨奇病毒B5型VP4区基因特征分析
目的:对一例重症手足口病死亡患儿肠道病毒型别进行鉴定,分析VP4区基因特征,了解其变异情况.方法:提取病毒RNA,用肠道病毒VP4区分型引物进行半巢式RT-PCR(RT-nPCR),通过测序和Blast比对确定肠道病毒型别;并对其VP4区进行序列和进化分析.结果:RT-nPCR扩增目的片段测序结果经Blast比对确定为柯萨奇病毒B5型(CoxB5),命名为BJ09-237 (Genbank登录号为JF430480).其VP4区全长207bp,与CoxB5参考序列在VP4区的核苷酸同源性为79%～98%,氨基酸同源性为95%～100%,与广东株HQ005438及俄罗斯株GQ281602在同一进化树分支上.BJ09-237在VP4区无氨基酸的缺失和插入,未发现其所特有的氨基酸置换.结论:该重症手足口病死亡患儿CoxB5的VP4区基因序列未发生明显变异.
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2011-2013年龙岩市手足口病流行病学及病原学特征分析
目的 分析2011-2013年龙岩市手足口病(HFMD)流行病学和病原学特征.方法 运用描述流行病学方法对龙岩市2011-2013年HFMD资料进行分析.选取部分经实时荧光RT-PCR法检测,其他肠道病毒(Enterovirus,EV)阳性咽拭标本,用人横纹肌肉瘤(RD)细胞进行病毒分离,用RT-PCR法进行检测、序列测定和同源性分析,对分离到的病毒进行分析鉴定.结果 2011-2013年龙岩市HFMD发病率均处于较高水平.发病高峰出现在5-7月,男性多于女性.＜5岁儿童病例占报告总病例的93.6％,散居儿童占75.4％.104份其他EV阳性标本病毒分离培养物,经RT-PCR法检测EV阳性88份(84.6％),其中29份肠道病毒71型(EV71)阳性,4份EV71和柯萨奇病毒A16型(CVA16)同时阳性,3份柯萨奇病毒B5型(CVB5)阳性,2份柯萨奇病毒A10型(CVA10)阳性,50份EV阳性培养物仍未能分型.分离到的EV71型属于C4a基因亚型.CVA16型属于B1b基因型.结论 龙岩市HFMD疫情处于高流行态势,＜5岁散居儿童是主要发病人群,病原仍以EV71和CVA16为主,同时发现了CVB5和CVA10病毒.
关键词： 手足口病 流行特征 病原学 柯萨奇病毒B5型 柯萨奇病毒A 10型
