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上海市浦东新区注射吸毒者HCV的进化分析与正选择位点研究
目的 了解上海市浦东新区注射吸毒者分离的HCV的基因分型,分析其病毒种群的增长演化过程与选择压力.方法 采集美沙酮门诊注射吸毒者血清200份,扩增HCV NS5B377-nt核苷酸片段.结合同期当地的志愿献血者、MSM、法定报告丙型病毒性肝炎(丙肝)病例的分离序列,使用BEAST软件包分析主要基因型的进化速率和种群演变过程.采用Datamonkey在线软件包对注射吸毒者分离序列分析选择压力,并与直接抗病毒药物(Direct-acting antiviral,DAA)结合位点进行比对.结果 美沙酮门诊注射吸毒者HCVRNA阳性检出率19.5％(39/200),其中基因分型分为3a亚型(14份)、3b亚型(13份)、1b亚型(7份)、6a亚型(4份)和6n亚型(1份).注射吸毒者分离序列与其他人群序列同源性均较高.进化分析表明,HCV 1b亚型的理论感染人数于20世纪90年代开始增加且增速较快,3a与3b亚型则从90年代中期呈逐渐上升趋势.选择压力分析显示,注射吸毒者NS5B 377-nt片段确认有2个正选择位点,在7个DAA结合位点的突变率为2.2％.结论 HCV 3a和3b亚型是上海浦东注射吸毒者丙肝感染的主导基因型.而1b亚型在各人群中普遍分布,进化速率较快,其导致的感染数将持续上升.注射吸毒者HCV NS5B基因片段的DAA结合位点突变率低,预计药物结合效果较好.
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汉坦病毒包膜糖蛋白多态性的生物信息学分析
目的 构建汉坦病毒包膜糖蛋白序列数据库,针对汉坦病毒包膜糖蛋白序列进行多态性及正选择位点分析.方法 对构建的汉坦病毒包膜糖蛋白序列数据库中所有完整的包膜糖蛋白序列进行比对,采用信息熵评价序列位点的保守性,结合BLOSUM90评分系统和PAML软件包寻找选择压力下的异常氨基酸替换模式.结果 汉坦病毒包膜糖蛋白中G1第11位、72位、204位和G2第8位和346位点等10个位点氨基酸替换差异有统计学意义.汉坦病毒各亚型之间未发现有意义的正选择位点.SEO型汉坦病毒G2糖蛋白第438位氨基酸位点为正选择位点.结论 通过汉坦病毒包膜糖蛋白序列数据库,用生物信息学方法不仅能够检验已知生物学特性蛋白各功能域的保守性,更可为潜在的新功能域的研究提供切入点.
