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间隔区寡核苷酸分型法用于99株结核分枝杆菌杭州临床分离株的基因分型研究
目的 用间隔区寡核苷酸分(Spoligotyping)鉴定杭州结核分枝杆菌临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据.方法 收集结核分枝杆菌杭州临床分离株,应用Spoligotyping进行基因分型检测.基因聚类分析采用BioNumerics(Version 5.0)软件.结果 共在杭州市收集到99株结核分枝杆菌临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(Non-Beijing family),分别占64.65%(64/99)和35.35%(35/99),20种基因型,其中9株为独特类型,剩余90株分为11簇.北京家族菌株中,89.06%(57/64)为典型北京家族(Typical Beijing family),35株非北京家族菌株可分为16个基因型,10株为独特的基因型.结论 杭州结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,北京家族菌株占优势,但非北京家族菌株基因多态性更显著.
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70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株Spoligotyping基因分型研究
目的 了解结核分枝杆菌临床分离株相关基因型的分布情况,并分析北京家族菌株与耐药的相关性.方法 收集浙江省结核分枝杆菌临床分离株,常规罗氏培养基培养,应用Spoligotyping进行基因分型研究,聚类分析采用BioNumerics软件,统计学分析采用卡方检验.结果 70株浙江省结核分枝杆菌临床分离株可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(Non-Beijing family),分别占70%(49/70)和30%(21/70),18种基因型,其中12株为独特类型,剩余58株分为6簇.北京家族菌株中,89.8%(44/49)为典型北京家族(typicalBeijing family),非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为13个基因型,9株为独特的基因型.北京家族菌株中表现为全敏感者71.4%(35/49),表现为耐药者为28.6%(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7%,表现为耐药者为33.3%,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(x2=0.158,P>0.05).结论 北京家族菌株为浙江的流行优势菌株.北京基因型与耐药无明显相关性.
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甘肃省228株临床分离结核分枝杆菌DNA分型初步研究
目的 了解目前甘肃结核分枝杆菌流行株的基因型特征,并评价两种基因分型方法的应用价值.方法 收集甘肃省结核分枝杆菌临床分离菌株,分别采用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple-locus variable number tandem repeat analysis,MLVA)和间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)技术进行基因分型,用BioNumerics软件进行聚类分析后,进行结果综合分析、比对.结果 利用MLVA分型方法,228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个主要基因型;Spoligotyping可将228株结核分枝杆菌分为4个基因群,8个主要基因型,其中大的基因型为北京家族基因型.两种方法在基因型分型方面经卡方检验差异无统计学意义(x2=0.06,P＞0.05).结论 两种方法对结核分枝杆菌的分型效果良好,重复性高,操作简便,可试用于大规模分子流行病学调查.北京家族是甘肃主要的流行基因群.
关键词： 结核分枝杆菌 基因分型 多位点串联重复序列分析 间隔区寡核苷酸分型 -
MIRU-VNTR和Spoligotyping用于重庆地区210株儿童结核分枝杆菌临床分离株的基因分型
目的 评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和基于结核分枝杆菌散在分布数目可变串联重复序列分析(MIRU-VNTR)方法在重庆地区儿童结核病分子流行病学中的应用.方法 收集重庆地区210株儿童结核分枝杆菌(MTB)临床分离株,应用上述两种分型方法进行比较分析.结果 采用Spoligotyping分型方法,210株菌可分为2个基因群44种基因型,其中大的1个基因群即北京家族(北京基因型)含有130株菌(61.90%).采用MIRU-VNTR分析发现24个位点的多态性差异较大,不同MIRU位点组合(12、15和24位点)的分辨率指数依次升高,后两个组合的差异是由位点ETR-B引起.各位点和各位点组合在北京家族菌株中的分辨率指数均高于非北京家族菌株.结论 重庆地区儿童MTB具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族.在结核病原学监测中,可先采用Spoligotyping,再对成簇菌株进行15位点与ETR-B组合二次分型的联合分型策略,可提高分子流行病学调查效果.
关键词： 结核分枝杆菌 北京基因型 数目可变串联重复序列 间隔区寡核苷酸分型 儿童 -
中国结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型方法标准化操作程序的探讨
目的 探讨中国结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)的标准化方法,初步评价其应用价值.方法 采用核酸提取、聚合酶链反应(PCR)、反向线性点杂交等技术,结合BioNumeries(Version 5.0)软件,对224株结核分枝杆菌临床分离株进行分型研究.结果 使用Spoligotyping标准化方法 对224株中国结核分枝杆菌临床分离菌株进行基因分型,将其分为北京家族菌株和非北京家族菌株两大簇.其中北京家族菌株129株,为主要的流行菌株.结论 初步确定中国Spoligotyping标准化技术方案.该方法 快速、简便、重复性好,能同时对结核分枝杆菌进行检测和分型,有利于结核病传染源的追溯和流行趋势的研究,尤其是在鉴定北京家族菌株上具有独特作用.
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间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用
目的 评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotypmg)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用.方法 收集224株结核分枝杆菌临床分离株,分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用.结果 使用Spoligotyping方法,224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型,39株具有独特的基因型,其余185株菌呈现出16种基因型;使用MLVA方法时,224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型,132株具有独特的基因型,余下的92株菌呈现出28种基因型;当两种方法联合使用时,224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型,159株结核分枝杆菌具有独特的基因型,余下的65株菌表现为20种基因型.湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义(P＜0.001),安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省.结论 MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面,其分辨能力高于Spoligotyping,但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势.将Spoligotyping方法作为一线分型技术,MLVA作为二线分型技术联合应用时,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果.不同地区的菌株有不同的特点.
关键词： 结核分枝杆菌 间隔区寡核苷酸分型 可变数量串联重复序列 基因分型 -
MLVA和Spoligotyping用于西藏地区216株结核分枝杆菌临床分离株的基因分型研究
目的 评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)两种分型方法在西藏地区结核病分子流行病学中的应用.方法 收集西藏地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)临床分离株,应用Spoligotyping及MLVA两种分型方法进行比较分析.结果 共在西藏地区收集剑216株结核分枝杆菌临床分离株,采用Spoligotyping分型方法,216株菌可分为3个基因群13种基因型,其中大的1个基因群即北京家族(Beijing family)含有195株菌,占90.28%.北京家族菌株中,有BCG接种史者占45.64%(89/195),无BCG接种史者占54.36%(106/1195),两者间的差异无统计学意义(χ2=0.059,P＞0.05).采用MLVA分型方法,216株菌可分成19个基因群108种基因型,其中80种基因型只有1株菌,占37.03%(80/216),另有136株菌表现出28种基因型,成簇数为28,占62.96%(136/216).在20个VNTR位点的等位基因多态性发现Miru31位点的多态性高,多态性指数(h)达到0.77,而Mtub29、Mtub12位点的多态性较差,都低于0.05.其中Mtub02位点可鉴别北京家族和非北京家族,它鉴别的北京家族与Spoligotyping鉴别的北京家族符合率达到100%.结论 西藏地区结核分枝杆菌具有明显的接引多态性,其主要流行型为北京家族.北京家族菌株与BCG接种无相关性.应用Spoligotyping和MLVA两种分型方法进行结核病流行病学研究,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果.
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IS6110-RFLP、Spoligotyping和MLVA在结核分枝杆菌基因分型中的应用研究
目的 评价IS6110限制性片段长度多态性(IS6110-RFLP)、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)3种方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用.方法 分别采用IS6110-RFLP、Spoligotyping及MLVA对40株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法的分型效果.结果 使用IS6110-RFLP方法,40株结核分枝杆菌呈现出35种基因型,33株具有独特的基因型;使用Spoligotyping方法,40株结核分枝杆菌呈现出17种基因型,11株具有独特的基因型;使用MLVA方法时,40株结核分枝杆菌呈现出34种基因型,29株具有独特的基因型;当3种方法联合使用时,40株结核分枝杆菌呈现出39种基因型,38株具有独特的基因型.结论 MLVA和IS6110-RFLP方法的分辨率高于Spoligotyping,但是对于IS6110单拷贝或低拷贝的菌株,MLVA方法的分辨率要高于IS6110-RFLP.MLVA、IS6110-RFLP和Spoligotyping联合应用可有效地进行结核病的流行病学调查和病原学监测.
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四川省106株结核分枝杆菌spoligotyping基因分型研究
目的 了解四川省结核分枝杆菌基因型构成情况以及北京基因型菌株在四川省结核分枝杆菌中所占的比例,为四川省结核病预防控制提供分子流行病学依据.方法 采用间隔区寡核苷酸分型( spacer oligonucletide typing,spoligotyping)方法对106株四川省结核分枝杆菌进行分型分析,将spoligotyping分型结果与SITVIT2数据库进行比较确定菌株的基因家族.结果 根据spoligotyping分型结果及与数据库SITVIT2的比较,106株结核分枝杆菌表现为30种基因型,21种基因型为数据库中存在的基因型,9种基因型为新的基因型.基因家族分析发现,65株结核分枝杆菌为北京家族菌株(61.32％),26株为T家族菌株,4株为MANU家族菌株,U型及H型家族菌株各1株.9株新基因型的菌株没有进行基因家族的确定.结论 本研究对四川省结核分枝杆菌的基因型构成以及北京家族菌株的流行程度做了初步的描述.对四川省结核病的流行趋势分析、结核病的预防控制等具有重要的意义.
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沧州市结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型研究
目的：初步了解沧州市结核分枝杆菌临床分离株的基因多态性和分子流行病学特征，探讨各基因型与表型耐药之间的关系。方法收集结核病患者经临床分离培养得到的结核分枝杆菌菌株及相应病例信息，提取菌株DNA，采用间隔区寡核苷酸基因分型法进行基因分型研究，采用BACTECTMMGITTM960液体培养技术进行一线抗结核药物敏感试验。运用BioNumerics 5.0软件进行聚类分析，运用Graphpad Prism 5.0软件进行数据分析。结果154例患者中男109例，女45例；初治121例，复治33例；34例有吸烟史，12例合并糖尿病。48株（31.2%）至少对链霉素、异烟肼、利福平、乙胺丁醇中的1种药物耐药。复治患者的耐药率（63.6%）显著高于初治患者耐药率（22.3%）。典型北京型菌株占所有菌株的91.6%，非典型北京型菌株占8.4%。典型北京型与非典型北京型在患者性别、治疗情况、吸烟史、糖尿病史及耐药分布上的差异均无统计学意义。结论沧州市结核分枝杆菌呈现明显的基因多态性。典型北京型菌株是该地区的优势菌株，且基因型与耐药性无关。
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结核病分子流行病学研究方法进展和探讨
结核病分子流行病学在结核病的控制方面有着良好的应用前景,发达国家已将其列入常规检查,在我国也有很好的应用前景和更大的应用空间.目前的基因分型的主流方法仍然是采用数目可变串联重复序列(VNTR)和间隔区寡核苷酸分型共同应用的模式.间隔区寡核苷酸分型是继IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)之后应用于结核分枝杆菌基因分型广泛的方法之一,目前被作为鉴定北京基因型菌株的标准方法.VNTR方法操作简便、快速,成本低廉,重复性好,便于不同实验室间相互比较；VNTR方法选用的位点在不同国家和地区会有不同,VNTR位点分辨率的高低也需要深入研究.IS6110-RFLP方法虽然已经不再大规模地使用,但是一直作为鉴定其他基因分型方法的正确率和准确度的金标准.随着分子生物学技术的进步,基因分型技术出现新的发展趋势.如长片段多态性(LSP)和单核苷酸多态性(SNP)方法是近几年出现的频率越来越高的分型方法.目前LSP和SNP方法的分辨率虽然不高,但在研究系统发育中确有很好的应用.系统发育学的研究一开始是采用VNTR-15和VNTR-24的方法,后来发现存在不确定性且误差较大,随着对LSP和SNP特性的了解更加全面,认为LSP和SNP是研究系统发育学的好的方法.随着分子生物学技术的不断进步,结核病分子流行病学的研究将会为结核病的预防和控制提供更多支持和指导.
关键词： 基因分型 数目可变串联重复序列 间隔区寡核苷酸分型 系统发育学 -
结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型法分析
目的 应用间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)方法分析甘肃省结核分枝杆菌临床分离株的分子型别特征.方法 用spoligotyping基因分型方法,对甘肃省兰州市肺科医院住院或门诊确诊患者分离的结核分枝杆菌进行分型,采用BioNumerics4.5软件进行聚类(cluster)分析,对聚类结果与国际间隔寡核苷酸分型数据库(SpolDB4)对比.结果 215株临床分离株被分成3个基因群22种基因型,其中成簇菌株形成11个基因型共204株,独特基因型菌株11株；北京家庭基因型结核分枝杆菌占86.51％ (186/215),T4占4.19％ (9/215)、H1占1.86％ (4/215)、MANU占1.40％( 3/215)等基因型；Logistic多元回归分析结果表明,北京家庭基因型与患者性别、年龄、职业、抗结核治疗史、耐药、发病情况和菌种耐药性、来源地等均无关联.结论 甘肃省结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,北京家族基因型结核分枝杆菌为该地区主要流行株,其他罕见的基因型结核分枝杆菌也值得重视.
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应用Spoligotyping技术对吉林省结核分枝杆菌基因分型的研究
目的 使用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对吉林省333株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型.方法 收集吉林省内结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping方法进行基因分型研究.基因聚类分析采用BioNumerics软件.结果 共在吉林省内收集到333株结核分枝杆菌f临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)或称北京基因型(Beijing genotype),非北京家族(non-Beijing family),分别占89.5%(298/333)和10.5%(35/333),29种基因型.其中22株为独特类型,余311株分为7簇.北京家族菌株中,95.0%(283/298)为典型北京家族,非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为19个基因型,16株为独特的基因型.结论 吉林省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性.
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24位点可变串联重复序列和间隔区寡核苷酸分型对河南省结核分枝杆菌基因型的鉴定
目的 了解河南省结核分枝杆菌的基因型别.方法 采用经典24位点分枝杆菌散在重复单元-可变串联重复序列(mycobacterium interspersed repetitive unit-variable number of tandem repeat,MIRU-VNTR)和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)对2015年间河南省不同地区的668株结核分枝杆菌进行基因分型.结果 间隔区寡核苷酸分型将668株菌分为11个家族,35个基因型.在558株北京家族基因型中,典型北京家族菌株546株,非典型北京家族菌株12株.在110株非北京家族菌株中,8株为新发现菌株;另102株非北京家族菌株被分为10个家族,其中T家族有76株,包括T1家族59株,T2家族7株,T3家族10株.标准24位点VNTR将668株菌分为550个基因型,有508株菌显示出单一的基因型,另160株菌被分到42个不同的基因簇中.大簇含有21株菌,其余簇包含2～20株菌.结论 河南省结核分枝杆菌主要为北京家族基因型.
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河南省结核菌分离株26位点MIRU-VNTR和Spoligotyping分子分型及耐药分析
目的 探讨河南省结核杆菌的遗传多样性.方法 使用26位点(经典24位点和其他2位点)的分支杆菌散在重复单元中数目可变串联重复序列(mycobacterium interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat,MIRU-VNTR)和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)对来自2015年期间河南省不同地区的668株结核杆菌分离株进行分型分析.对结核菌spoligotype类型和耐药表型的相关性进行分析.结果 Spoligotyping分析表明668株结核杆菌被分到10个不同的基因簇中.北京家族基因型是河南地区结核杆菌中的优势菌株.北京家族基因型菌株对四种一线药全耐药以及耐多药菌株比例明显高于非北京型菌株.668株结核杆菌通过26位点VNTR被分为567个不同的基因型.26个位点中15个位点具有高度或适中的分辨能力.10个分辨能力强位点的组合分辨力能与26位点相当.结论 北京家族是河南省流行的结核杆菌基因型.10位点VNTR和spoligotyping相结合可有效地用于河南省结核杆菌进化遗传学研究.
关键词： 结核分枝杆菌 26位点MIRU-VNTR 间隔区寡核苷酸分型 -
多位点可变数量串联重复序列分析在北京家族结核分枝杆菌基因分型中的应用及位点筛选
目的 对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)中不同位点组合在结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)基因分型研究中的应用.并以IS6110限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)为参照,筛选有效位点.方法 分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果.结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU)-12系列的HGI(Hunter-Gaston Index)值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型.VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型.结论 北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行.对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法,其分辨率能够达到MTB基因分型"金标准"IS6110-RFLP水平.
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多重PCR和间隔区寡核苷酸分型技术应用于不同流行地区的牛结核病研究
目的 在牛结核病监测中联合应用菌株的多重PCR鉴定和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping),快速鉴定分离菌株并分析不同地区流行菌株的特点.方法 分别在牛结核病清净地区和流行地区进行牛型PPD变态反应试验,扑杀阳性牛后进行病理检查,并采集病料分离细菌.获取分离菌株,进行多重PCR鉴定和spoligotyping分型,分析不同地区的菌株特征.结果 结核病清净地区监测到16头牛型PPD阳性牛,扑杀后未见有病变,采集病料分离到4株分枝杆菌,经多重PCR鉴定均为非典型分枝杆菌.流行地区监测牛型PPD阳性23头,扑杀后发现14头有病变,采集病料后共有11头分离到疑似菌,经多重PCR鉴定均为牛型分枝杆菌.用spoligotyping分析共分为4个型,其中2个为未见报道的新型,报英国AHVLA牛结核spoligotyping数据库后获取通用编号SB1903和SB1904.结论 分离菌株中的优势菌株为首次报道的SB1903,但也检出有国际流行菌株SB0140,证实该地区牛结核病的流行是以“独特菌型地域内相互传播为主、输入性感染为辅”为特征.本次监测发现国内有SB0140菌株分布,提示应调查该型菌是否已经传染至我国人间.
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四川省川南地区结核分枝杆菌Spoligotyping分型研究
目的 了解四川省川南地区结核分枝杆菌基因型构成情况,为结核病防控提供分子流行病学依据.方法 采用间隔区寡核苷酸分型(Spacer Oligonucletide typing,Spoligotyping)方法对四川省川南地区267株临床分离菌株进行基因分型,结果采用BioNumerics(Version 5.10)软件进行分析,并将Spoligotyping分型结果与SpolDB4.0数据库中的菌株进行比对分析.结果 267株结核分枝杆菌表现出66种基因型,其中51株表现为独特基因型,其余216株可聚为10个基因簇.与SpolDB4数据库比对分析发现,267株结核分枝杆菌中,144株为北京家族菌株(53.93％),79株为T家族菌株(29.59％),9株为H家族菌株,3株为U家族菌株,2株为MANU家族菌株,其余30株表现的基因型为数据库中不存在的基因型.结论 四川省川南地区结核分枝杆菌存在较高的基因多态性,北京家族菌株和T家族菌株为主要的流行菌株,应加强对这两类菌株的流行趋势的监测及生物学特性研究.
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Spoligotyping对广西地区208株结核分枝杆菌临床分离株的基因分型
目的 用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对广西地区结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,并分析北京家族菌株与耐药的相关性.方法 收集广西地区结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping进行基因分型研究和比例法进行药物敏感性检测.基因聚类分析采用BioNumerics软件.统计分析采用χ2检验.结果 共在广西地区收集到208株结核分枝杆菌临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)或称北京基因型(Beijing genotype),和非北京家族(Non-Beijing family),分别占55.3%(115/208)和44.7%(93/208),47种基因型,其中36株为独特类型,剩余172株分为11簇.北京家族菌株中,90.4%(104/115)为典型北京家族(Typical Beijing family),非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为39个基因型,31株为独特的基因型.有耐药结果的205株菌株中,北京家族菌株,76.25%(76/113)表现为全敏感,而23.75%(37/113)表现为耐药;非北京家族菌株,75%表现为全敏感,而25%表现耐药,经卡方检验(Chi-Square Tests)(表2),两者间的差异无统计学意义(χ2=2.9721,P＞0.05).结论 广西结核分枝杆菌存在明显的基因多态性.本研究证实北京基因型与耐药无明显相关性.
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间隔区寡核苷酸分型技术用于结核分枝杆菌多重感染的初步研究
目的 初步评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术在鉴定结核分枝杆菌多重感染中的应用.方法 选取结核分枝杆菌临床分离株,5 μm孔径滤膜过滤法制备单个细菌菌悬液,平板接种37℃培养,选取生长良好的单个菌落培养增菌,提取基因组DNA,Spoligotyping进行基因分型鉴定,比较临床分离株与相应的单克隆分离株的分型结果.结果 共选取32株结核分枝杆菌临床分离株,获得306个单克隆分离株.Spoligotyping分型鉴定结果显示30株结核分枝杆菌临床分离株与相应的单克隆分离株的分型结果一致,2株临床分离株的单克隆分离株呈现了多种基因型,多重感染率为6.25％.结论 Spoligotyping可用于快速,有效地区分结核分枝杆菌多重感染.
