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基于指纹相似度的药物-靶点相互作用预测
药物通过结合人体靶点发挥药效,识别药物-靶点相互作用对于药物新功能发现至关重要.该文提出基于分子子结构的靶点指纹特征和基于指纹相似度的药物-靶点特征计算方法,构建随机森林分类模型识别和预测药物-靶点相互作用,通过酶、离子通道、G蛋白偶联受体和核受体数据集测试并与现有方法对比分析,并将所提模型应用于中药成分-靶点相互作用预测,实验结果表明所提方法的有效性.
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基于基因表达谱与分子指纹技术研究复方丹参滴丸治疗颈动脉粥样硬化的物质基础和作用机制
该文利用基因表达谱和分子指纹技术研究探讨复方丹参滴丸治疗颈动脉粥样硬化的物质基础和作用机制.首先,收集人颈动脉粥样硬化和正常组织的基因表达谱数据,采用芯片显著性分析(significance analysis of microarray,SAM)方法筛选出差异基因;利用DAVID软件对差异基因进行GO分析和KEGG通路分析;为了避免遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学意义的基因,文中进行了GSEA分析;将差异基因集输入到Cmap,获得7个负性富集分数较大的药物分子,预示这些药物能逆转调控疾病组织的基因表达谱;后,根据结构相似的分子具有相似活性的特点,将复方丹参滴丸的336个成分与7个药物分子进行2D分子指纹的相似度比较.结果显示:SAM法筛选得到147个差异基因,其中上调基因60个,下调基因87个.GO分析中,生物过程(biological process)主要涉及生物附着、损伤反应和炎症反应等;细胞组成(cellular component)主要涉及胞膜外区、细胞外隙和质膜等;分子功能(molecular function)主要涉及抗原结合、金属内肽酶活性和多肽结合等.KEGG通路分析主要涉及JAK-STAT,RIG-I样受体和PPAR等信号通路.复方中有10个成分与Cmap筛选出的药物分子具有非常相似的结构(Tanimoto系数均大于0.85),如hexadecane,提示可能是复方丹参滴丸治疗颈动脉粥样硬化的主要药效成分.该方法可用于研究中药复方的药效物质基础和分子作用机制.
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复方一枝蒿抗流感有效成分的网络药理学研究
复方一枝蒿由板蓝根、大青叶、一枝蒿3味中药组成,主要用于治疗感冒发烧,临床疗效明显,但其作用机制尚不明确.本文通过对流感病毒相关靶点和复方一枝蒿化学成分的收集,采用朴素贝叶斯算法,基于分子指纹和分子描述符,建立抗流感多靶点预测平台;利用靶点预测平台,对复方一枝蒿的有效成分及其作用靶点进行预测,并利用网络开发专业软件,构建了化学成分-靶点网络及靶点-通路网络,以揭示复方一枝蒿的多种有效成分抗流感病毒的网络药理机制,为进一步研究复方一枝蒿抗流感的作用机制提供理论依据.
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基于2D分子指纹的分子相似性方法在虚拟筛选中的应用
随着计算机技术迅速发展和化合物库分子数量的剧增,分子相似性在药物虚拟筛选中的应用也越来越广泛.描述符是分子相似性方法主要组成部分之一,目前已经有大量的描述符应用于分子相似性,本文总结了2D分子指纹的分类和发展,以及基于2D分子指纹的相似性方法在虚拟筛选中的应用.
