首页 > 文献资料
-
中国柯萨奇病毒A组16型部分VP1区序列测定及系统进化分析
利用1999～2004年连续6年从中国深圳及北京地区分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox.A16)毒株的部分VP1区基因序列进行分析和研究,试图找出中国Cox.A16的种系进化规律和分型依据.6株Cox.A16病毒部分VP1区核苷酸和氨基酸同源性均较高,相互间核苷酸同源性为94.5%～98.0%,氨基酸同源性为97.8%～100%.6株中国分离株与Cox.A16国际参考株相比,部分VP1区核苷酸同源性高于78.2%,氨基酸同源性高于为93.3%.基因系统进化分析表明,中国大陆分离的6株Cox.A16与中国台湾流行株Tainan-5079-98(AF177911),与4株日本分离株、瑞典株及美国株GA95-2095(AF081613)、PA94-5753(AF081628)的关系均较近,核苷酸同源性大于93.3%.了解我国Cox.A16流行株的遗传学背景和种系进化关系,对有效地预防和控制Cox.A16流行有重要意义.
关键词： 柯萨奇病毒A组16型 手足口病 种系进化分析 -
河北省甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因特征研究
目的 掌握河北省甲型H1N1流行性感冒(甲流)病毒的流行情况；对分离到的甲流病毒株血凝素(Hemagglutinin,HA)基因序列进行测定比较,分析HA重链区(HA1)第222位氨基酸位点的突变情况.此位点编码的天冬氨酸(Aspartic Acid,N)突变为甘氨酸(Glycine,G)(D222G),可能会使病毒更容易结合下呼吸道受体,为流感大流行的预防控制提供参考.方法 采集流感样病例的鼻咽拭子,用狗肾传代细胞分离流感病毒,经血凝抑制试验鉴定分型.选取不同时间、地域的10株甲流病毒进行HA基因全序列分析,167株病毒测HA区379～1204片段,用DNA(脱氧核糖核酸,Deoxyribonucleic Acid) Star软件比较分析同源性、变异趋势.结果 10株甲流病毒毒株HA基因与疫苗株A(甲)/California(加利福尼亚)/07/2009相比高度同源,核苷酸同源性为98.9％～99.5％,氨基酸同源性为98.4％～99.3％,有3个位点氨基酸发生同样的替换(脯氨酸,Proline)100S(丝氨酸,Serine),S220T(苏氨酸,Threonine),E(谷氨酸,Glutamic Acid)391K(赖氨酸,Lysine).从采集于2010年12月标本分离的2株甲流病毒A/河北桥东/SWL (Swine-like) 178/2010和A/河北裕华/SWL1261/2010,在202、214、468三个氨基酸位点与其他毒株不同.所有167株甲流病毒的HA1第222位氨基酸均未发生D222G突变.结论 河北省甲流病毒HA基因与疫苗株A/California/07/2009高度同源,与疫苗株及各毒株之间核苷酸同源性均≥98.9％,尚未发现D222G变异.
关键词： 甲型H1N1流行性感冒 血凝素基因 抗原变异 种系进化分析 -
一株致普通棉耳狨猴严重下呼吸道感染的副粘病毒种系进化分析
目的 探讨副粘病毒Tianjin株的种系进化地位.方法 将副粘病毒Tianjin株HN核苷酸、氨基酸序列与GenBank发布的副粘病毒相应序列进行比较,构建种系进化树,阐明副粘病毒Tianjin株在副粘病毒科中的分类地位.结果 基于HN核苷酸序列的种系进化分析表明,副粘病毒Tianjin株属于副粘病毒科、副粘病毒亚科、呼吸道病毒属,与仙台病毒亲缘关系近.Tianjin株与仙台病毒BB1株HN核苷酸、氨基酸序列同源性分别为94.8%、95.1%,与其他仙台病毒,在84.8%～88.7%和89.6%～91.7%之间.Tianjin株与BB1株HN核苷酸序列的差异明显大于同一进化分支内的仙台病毒之间的差异.Tianjin株HN蛋白存在18个独特的氨基酸残基变异.结论 结合种系进化分析结果、病毒的宿主来源和致病特点,提示副粘病毒Tianjin株不属于仙台病毒现有的3个进化分支而自成独立的一支.
-
柯萨奇B3病毒VP1基因序列及系统发生树分析
目的 研究柯萨奇B组3型病毒MKP株结构蛋白VP1基因序列及变异性.方法 在Hela细胞中增殖病毒,应用RT-PCR扩增目的基因片段,与pMD18-T载体连接,鉴定后测序,进行序列同源性及系统发生分析.结果 CVB3/MKP株VP1基因含930个碱基,编码310个氨基酸,与其他参考株比,核苷酸同源性在82.50%以上,氨基酸同源性在95.47%以上,CVB3/MKP株VP1基因与Nancy株聚簇.结论 CVB3/MKP株VP1基因与Nancy株在进化上属同一分支.CVB3/MKP株与CVB3/P株在系统发生树中的距离近.
-
猪戊型肝炎病毒的研究进展
近年来国外对戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)的研究表明,该病毒不仅可以侵犯人,而且有多种动物可以作为其自然宿主,提示由该病毒引起的戊型肝炎(hepatitis E,HE)是一种人畜共患性疾病.从猪中分离并确定的猪HEV,对于HEV的病原学、流行病学、动物模型、临床诊断及HEV的疫苗制备等都具有重要意义.
-
红河州HIV/HCV合并感染者HCV基因亚型多样性及种系进化研究
目的 探讨云南省红河州地区HIV/HCV合并感染者HCV基因亚型多样性及种系进化情况,为本地区HIV/HCV合并感染者合理的抗病毒治疗提供科学依据,同时监测该类患者体内的HCV是否存在遗传进化的新变异.方法 扩增55名红河州内HIV/HCV合并感染的HCV病毒载量阳性的丙型肝炎患者C/E1和NS5B 2个基因位点,通过测序分析和种系进化分析以明确研究对象所感染的HCV病毒的基因型和亚型. 结果 综合2个外显子序列分析,结果显示红河州HIV/HCV合并感染患者的HCV以3b亚型多见(40.0％),其次是3a(20.0％)、6a(16.4％)、6n(12.7％)、1b(9.1％)、双重感染(1.8％).课题组做本地区HCV基因亚型遗传进化分析时发现红河州地区流行的6a亚型毒株序列均与越南的HCV 6a亚型毒株的参考序列丛集. 结论 HCV 6a亚型是越南和红河州内静脉吸毒人群(intravenous drug uses,IDUs)中高流行的病毒亚型,由于与越南接壤,红河州可能是HCV 6a亚型通过静脉吸毒途径由越南传入中国流行的一个传入点,进而再传入昆明或中国的其它地区.
