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微阵列比较基因组杂交检测和分析一例46,X0,+der(?)胎儿的全基因组拷贝数变化
目的 检测和分析一例46,X0,+der(?)胎儿的全基因组拷贝数变化(CNVs),确定胎儿的核型,探讨微阵列比较基因组杂交(array-CGH)在临床细胞遗传诊断中运用的町行性和优越性.方法 对胎儿进行常规G显带染色体分析,应用array-CGH芯片进行全基因组高分辨率扫描和分析,RT-qPCR验证array-CGH的结果 .结果 G显带染色体分析显示胎儿的核型为46,X0,+der(?).Array-CGH显示衍生染色体为Y染色体,且不存在CNVs;另外,共检测出了118个亚显微CNVs.RT-qPCR证明array-CGH的结果 是准确的.结论 与传统的细胞遗传分析方法 相比,array-CGH具有高分辨率、高通量和高准确性等优点,为亚显微水平染色体畸变的检测提供了一种新型的强大的分析平台.
关键词： 微阵列比较基因组杂交 G显带染色体分析 拷贝数变化 细胞遗传分析 -
微阵列比较基因组杂交技术及其应用
基因组DNA拷贝数变化在许多人类疾病如肿瘤、遗传性疾病的发生发展中起重要作用.经典的细胞遗传技术(如核型分析和比较基因组杂交)由于分辨率低,只能检测较大的拷贝数变化.虽然荧光定量PCR和荧光原位杂交的分辨率大大提高了,但需要预先知道拷贝数变化的位置和类型,且一次只能分析少数位点,缺乏整体性.微阵列比较基因组杂交具有高分辨率、高灵敏度、高通量、自动化和快速等优点,能准确地检测微缺失、微复制和扩增等基因组不平衡,精确地确定断裂点,并把结果直接定位于基因组上,为肿瘤、遗传性疾病及正常人群的基因组DNA拷贝数变化的检测和研究提供了一种有效的方法.
关键词： 微阵列比较基因组杂交技术 基因组 拷贝数变化 -
基于高通量多组学数据分析ESYT3在乳腺癌中的表达及临床意义
目的 基于高通量数据库分析扩展突触结合蛋白3(ESYT3)在乳腺癌中的表达及临床意义.方法 使用TCGA数据库和基因表达数据库(GEO)的门户网站(cBioPortal和Oncomine)以及癌症多组学和临床数据库LinkedOmics分析ESYT3在乳腺癌中的变化及其与临床预后的关系;分别采用Kaplan-Meier法分析ESYT3变异与乳腺癌患者生存之间的关系,非参数检验分析正常乳腺组织和浸润性乳腺癌组织中ESYT3的表达差异,Spearman非参数检验分析浸润性乳腺癌中ESYT3 mRNA水平与临床各指标的相关性以及基因拷贝数变化和甲基化水平对mRNA表达的影响.结果 cBioPortal分析结果显示1098例浸润性乳腺癌患者中,122例发生了ESYT3 mRNA的改变(包括突变、拷贝数变化和mRNA水平上调),其中,ESYT3 mRNA水平上调超过默认阈值(EXP≥2)的占10％,且不利于患者预后(P<0.05);Oncomine分析结果显示,浸润性乳腺癌组织中ESYT3 mRNA水平明显高于癌旁组织(P<0.01);LinkedOmics分析结果显示,浸润性乳腺癌中ESYT3 mRNA水平分别受雌激素受体、孕激素受体、PAM50分型、组织学类型、年龄以及肿瘤纯度的影响(P<0.01);ESYT3 mRNA水平与其基因拷贝数呈正相关(P<0.01),而与其DNA甲基化呈负相关(P<0.01).结论 ESYT3拷贝数增加和低甲基化促进其表达,且ESYT3高表达不利于乳腺癌患者预后,可作为预后的候选标志物.
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微阵列比较基因组杂交技术及其在肿瘤拷贝数变化研究中的应用进展
肿瘤是一种严重威胁健康和生命的疾病,据统计约有50％的男性和30％的女性可能患病[1],并且超过半数的肿瘤患者分布在医疗条件欠缺的发展中国家[2].肺癌的发生发展是一个多基因参与、多阶段发展的病理过程,而基因组DNA拷贝数变化(CNVs)是引起肿瘤基因异常的重要机制之一,识别特征性CNVs及所含基因对认识肿瘤的将起到重要作用.
关键词： 微阵列比较基因组杂交技术 肿瘤 拷贝数变化 -
微阵列比较基因组杂交分析18等臂双着丝粒染色体胎儿全基因组拷贝数变化
目的 了解18q等臂双着丝粒染色体[idic(18)(p11→qter)]胎儿全基因组拷贝数变化的情况,确定idic(18)(p11→qter)的结构和组成,探讨微阵列比较基因组杂交在分子细胞遗传诊断中运用的可行性和优越性.方法 运用微阵列比较基因组杂交芯片对一被传统G显带和荧光原位杂交诊断为idlc(18)(p11→qter)的胎儿进行全基因组高分辨率扫描和分析.结果 微阵列比较基因组杂交显示胎儿存在18p11.21→pter缺失、18p11.21→qter复制,断裂点位于12 104 527～12 145 199(距离18p端粒),确定idic(18)(p11→qter)是idic(18)(p11.21→qter).另外,还检测出了21个亚显微拷贝数变化.结论 与传统的细胞遗传分析方法相比,微阵列比较基因组杂交不仅能准确、高分辨率和高通量地检测出基因组拷贝数变化,还能高分辨率地确定拷贝数变化的断裂点.
关键词： 微阵列比较基因组杂交 18等臂双着丝粒染色体 拷贝数变化 -
微阵列比较基因组杂交产前诊断8p23.1重复综合征胎儿的实验研究
-CGH结果进行验证.结果 常规G显带核型分析显示胎儿和父母的核型均正常.array-CGH结果显示8p23.1嗅觉受体/防卫素重复(ORDRs)之间存在大约1.43 Mb的重复(位于10 245 882～11 676 699 bp).实时定量PCR证明array-CGH的结果足准确的.结论 与传统的细胞遗传分析方法相比,array-CGH具有高分辨率、高特异性和高准确性等优点.
关键词： 微阵列比较基因组杂交 8p23.1重复 拷贝数变化 产前诊断 -
CNVplex联合STR技术在复发性流产遗传学查因中的应用
目的 运用快速检测绒毛染色体拷贝数变化的方法探讨复发性流产查因途径.方法 对60例反复自然流产病例的绒毛样本(孕13周前)分别进行多重DNA拷贝数(CNVplex)和荧光原位杂交(FISH)技术检测,所有样本同时行绒毛培养核型分析验证.结果 48例培养成功的复发性流产病例,染色体异常率为60.42％.其中48例CNVplex检测结果与核型分析相一致:包括20例染色体正常者、23例常染色体三体,3例三倍体和2例45,XO(Turner综合征);而FISH检测结果中与核型分析结果相符的只有38例.对于非嵌合体和非结构异常样本,两种方法与细胞遗传学核型分析结果符合率分别为100％ (CNVplex)和79.17％ (FISH).结论 应用CNVplex联合短串联重复序列(STR)技术可检测绒毛染色体拷贝数及检测5 Mbp以上的重复和缺失异常,利于分析流产病因.
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微阵列比较基因组杂交检测复杂染色体重排胎儿隐藏的基因组拷贝数变化
目的:检测复杂染色体重排断裂点区域是否隐藏有亚显微拷贝数变化,确定重排的复杂性,探讨微阵列比较基因组杂交在分子细胞遗传诊断中运用的可行性和优越性.方法:应用微阵列比较基因组杂交芯片对一被传统G显带和多色荧光原位杂交诊断为平衡复杂染色体重排(46,XX.t(4;5;15)(4pter→4q23::15q23→15qter;4qter→4q23::5p15→5qte;15pte→15q23::)dn)的胎儿进行全基因组高分辨率扫描和分析.结果:微阵列比较基因组杂交显示胎儿存在3个亚显微拷贝数变化:dup(5)(q13.2)(69274233-70622915,～1.35 Mb),del(15)(q11.2)(18657188-20080135,-1.42Mb)和del(18)(p11.31·p11.23)(7069849-7567290,～0.49Mb),均定位于重排断裂点(4q23,5p15和15p23)以外的区域,与断裂点不相关.结论:被传统细胞遗传分析技术诊断为平衡染色体重排的病例会隐藏有亚显微拷贝数变化,且这些拷贝数变化并非一定定位于重排断裂点区域;对于检测和定位亚显微拷贝数变化,微阵列比较基因组杂交是一个非常强大和有效的工具.
关键词： 微阵列比较基因组杂交 复杂染色体重排 拷贝数变化 细胞遗传诊断 基因组
