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细颈囊尾蚴四川和云南分离株线粒体nad1和cox1基因的序列测定与种系发育分析
用PCR方法扩增分离自我国四川和云南2省5地山羊和猪共24个细颈囊尾蚴标本的线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第1亚基(nad1)基因部分序列(pnad1)和细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因全序列,分析其遗传变异,并用MEGA 4.0 程序NJ法和Bayesian 3.1程序贝叶斯推理法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的细颈囊尾蚴种群间的遗传相似性及其他带科带属绦虫的亲缘关系.测序结果显示,细颈囊尾蚴的pnad1序列长度为780 bp,cox1基因全序列长度为1 620 bp.pnad1和cox1基因序列均存在一定的遗传变异,且pnad1序列的变异高于cox1基因序列.系统发育树显示,所有细颈囊尾蚴构成一个分支,可分为3个亚群,均未形成明显的地理分支或宿主分支.因此nad1基因是更适合于研究细颈囊尾蚴系统发生的遗传标记,同时两者在种内均相对保守,与其他带科绦虫种间差异较大,故均可用于细颈囊尾蚴的分子分类.
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两株人源隐孢子虫分离株的鉴定和种系发育分析
从郑州市某医院腹泻婴幼儿粪便中分离获得2个隐孢子虫分离株,应用巢式PCR扩增分离株SSU rRNA(18S rRNA)基因的特定片段,扩增产物分别用限制性内切酶SspⅠ和VspⅠ单酶切进行限制性片段多态性(RFLP)分析确定分离株种类或基因型.同时对扩增产物进行克隆和测序,并与GeBank上发表的相关参考序列进行同源性比较和种系发育分析.根据RFLP分析,2个分离株可初步确定为人隐孢子虫(Cryptosporidium hominis);种系发育分析表明2个分离株与C.hominis协的相应序列位于同一进化枝,序列同源性为100%.因此,本试验中获得的2个分离株应为C.hominis.
关键词： 隐孢子虫 ssu rRNA基因 PCR.RFLP 种系发育 -
兔源肺孢子虫种系发育的研究进展
肺孢子虫属(Pneumocystis)含多种具宿主种特异性的肺孢子虫,它们可以诱导严重免疫功能低下宿主产生肺孢子虫肺炎.断乳兔可自发发生肺孢子虫肺炎,引起典型的肺部病理组织学改变.本文就兔源肺孢子虫光镜与电镜结构、基因和种系发育学特点进行综述,并与其他种肺孢子虫进行比较,从生物学与种系发育学上证据表明兔源肺孢子虫应是一新种肺孢子虫,同时也证实了肺孢子虫具有遗传多样性.
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牛源隐孢子虫分离株的分子鉴定
目的 对安徽4个牛源隐孢子虫分离株进行鉴定,旨在阐明感染牛隐孢子虫主要虫种.方法 采用PCR和Nested-PCR方法分别对4个分离株18S rRNA、HSP70基因进行扩增和测序,所测定的序列经生物信息学分析它们同源性和构建种系发育进化树,以确定各分离株与其他隐孢子虫虫种之间的亲缘关系.结果 (1)它们的18S rRNA基因和HSP70基因与安氏隐孢子虫(C.Andersoni)AY954887相似性可达88.3%和98.3%;(2)在遗传进化树方面,它们与AY954892(河南株)亲缘关系接近.结论 此次分离的4个牛源隐孢子虫分离株均为安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni).
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封闭环境下酸性矿坑水中微生物生态多样性的研究
铜绿山铜矿是世界开采时间长的矿井之一,在开采过程中有许多矿井被废弃,许多废弃的矿井内产生了大量的对环境有害的酸性矿坑水.酸性矿坑水取自铜绿山铜矿某废弃矿井,利用限制性酶切片断多样性分析(RFLP分析)对酸性矿坑水中的微生物生态多样性进行了研究.研究表明,酸性矿坑水呈酸性,相对于其他极端与非极端生态环境,酸性矿坑水中的细菌与古菌的群落多样性较低.RFLP分析与系统发育分析表明,酸性矿坑水中细菌主要由A.fcrrooxidans(属于gamma-Proteobacteria)和L.ferrooxidans(属于Nitospira)成;古菌主要由Thermoplasma相关古菌组成.在这种封闭环境的酸性矿坑水中首次发现了类似于产甲烷古菌的克隆片断,其占古菌种群的四分之一左右.本研究将促进对酸性矿坑水中细菌及古菌群落组成及其对酸性矿坑水产生的作用的研究.
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昆明地区丙型肝炎基因型分析
HCV是造成慢性肝炎、肝硬化及肝癌的重要原因之一.现研究已知HCV基因组高度的变异性是HCV持续感染及严重预后的重要因素,且HCV基因型与感染途径、临床病情及抗病毒治疗、疫苗制备等有明显的相互关系.根据HCV基因的遗传差异性可将HCV分为不同的基因型和亚型.根据HCV基因型可以明确病毒的种系发育和传播来源,了解不同基因型和亚型的地理分布,可能与HCV治疗的疗程及效果相关[1].因此,针对当地流行的HCV基因型进行检测鉴定,具有重要的临床意义.本研究即以型特异性探针杂交法对176例HCV感染者进行HCV基因型研究,以探讨昆明地区HCV感染基因型流行特征.
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云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA基因的序列分析及种系发育
目的 分析我国云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA的基因差异和种系发育. 方法 2000-2015年收集来自我国云南中缅边境等地的疟疾患者血样(或疟原虫DNA),提取血样中的疟原虫DNA,对它们的18S rDNA基因进行扩增、测序分析,并与GenBank中疟原虫相应序列进行比较分析,利用邻接法(neighbor joining,NJ)、大似然法(maximum likelihood,ML)和大简约法(maximum parsimony,MP)构建系统进化树.结果 共收集了94例疟疾患者血样或DNA,所有样品均扩增出18S rDNA基因序列.序列比对分析显示,恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)、间日疟原虫(P.vivax)、三日疟原虫(P.malariae)、卵形疟原虫(P.ovale)和诺氏疟原虫(P.knowlesi)的种内差异分别为0～0.2％、0～0.1％、0～0.1％、0～0.1％和0.种系发育关系分析显示,NJ、MP和ML法构建的系统进化树的拓扑结构基本一致.本研究的疟原虫形成5个大的分支:恶性疟原虫形成一个分支,与GenBank中来自喀麦隆(KC428741、KC428742)、巴西(KC906718)和马来西亚(HQ283221)的分离株聚集在一起;间日疟原虫形成一个分支,其中大部分样品与来自喀麦隆(HF945443)、印度(HM014361、JQ627158)和哥伦比亚(U83877)的分离株形成一较小分支,小部分样本(Pv11、Pv18和Pv21)形成一个更小的分支后与食蟹猴疟原虫(P cynomolgi) (L07559)相聚形成一较小分支;三日疟原虫形成一个分支,来自云南的三日疟原虫Pm1、Pm3和Pm4聚在一个小分支内,并与来自日本的分离株(AB250682)相聚,再与来自海南的分离株Pm5相聚,显示出地区差异性;卵形疟原虫形成一个分支,与来自越南的分离株(EU935736、AF387038)聚在一起;诺氏疟原虫形成一个分支,与来自缅甸的分离株(GU816250、GU816246)聚在一起. 结论 我国云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA基因均无明显种内差异;种系发育关系分析显示,NJ、MP和ML法构建的系统进化树的拓扑结构基本一致.
关键词： 疟原虫 18S rDNA基因 序列分析 种系发育 -
合肥地区奶牛源隐孢子虫的分离与鉴定
目的 分离合肥地区奶牛源隐孢子虫,并鉴定其种类.方法 采集安徽省合肥市某奶牛场285头成年母牛粪样,采用饱和蔗糖溶液漂浮法和改良抗酸染色法检测牛粪中隐孢子虫卵囊,并分离纯化隐孢子虫阳性粪样中的卵囊,抽提其基因组DNA作为模板,根据隐孢子虫18S rRNA和HSP70基因设计引物,用PCR和巢式PCR方法扩增目的片段,对巢式PCR产物进行克隆、测序,并运用DNAStar软件对序列进行同源性比对,构建系统进化树.结果 两种方法检测均为阳性的粪样有5份,感染率为1.8％(5/285).隐孢子虫卵囊呈椭圆或卵圆形,饱和蔗糖溶液漂浮法分离的隐孢子虫卵囊大小为7.37 μm×6.13μm,形状指数(长/宽)为1.20;改良抗酸染色法检获的隐孢子虫卵囊大小为7.58 μm×6.20 μm,形状指数为1.22.巢式PCR扩增出的18S rRNA和HSP70基因片段分别为250 bp和325 bp.合肥奶牛源隐孢子虫5株分离株18S rRNA基因与安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)DQ989573序列一致性高,两者在系统进化树上为同一分支.这5株分离株的HSP70基因序列与安氏隐孢子虫AY954892和DQ989576序列一致性高,且在系统进化树上为同一分支.结论 合肥市某奶牛场分离的奶牛源隐孢子虫为安氏隐孢子虫.
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猪源大肠杆菌耐药性及超广谱β-内酰胺酶流行性分析
目的 对福建地区分离的猪源大场杆菌进行耐药性测定以及对ESBLs流行性进行分析,以期为临床合理用药科学提供依据.方法 采用琼脂稀释法测定373株菌大肠杆菌对12种抗菌药物的敏感性,并用PCR方法检测ESBLs耐药基因的携带情况以及分析CTX-M阳性菌的种系发育关系.结果 分离株对甲氧苄啶/磺胺甲嗯唑、萘啶酸、氟苯尼考及氨苄西林耐药率较高,分别为93.8％、82.8％、73.7％和70.0％;对恩诺沙星、四环素、庆大霉素、多西环素、环丙沙星、卡那霉素、头孢噻呋和头孢噻肟的耐药率依次为54.4％、53.1％、52.0％、46.6％、44.0％、41.0％、35.9％和30.8％.在373株大肠杆菌中,共有122株菌携带有ESBLs耐药基因,检出率为32.7％,其中CTX-M、TEM及OXA的检出率分别是18.0％(67)、12.1％(45)和7.5％(28),其中CTX-M的阳性菌中以CTX-M-14为流行,其次是CTX-M-65和CTX-M-55;其种系发育显示分离株主要分布在A群.结论 福建地区猪大肠杆菌对抗菌药表现出较强的耐药性,ESBLs在猪源大肠杆菌中广泛流行,CTX-M是其主要流行的基因型,并且多数菌以共生型大肠杆菌为主.
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热休克蛋白70(hsp70)基因对利什曼原虫中国分离株的系统发育分析
目的 选用hsp70基因探讨我国各疫区不同宿主利什曼原虫的种系发育关系.方法 采用PCR方法扩增分离自中国各疫区不同宿主的利什曼原虫之热休克蛋白70(hsp70)基因,将扩增的目的 片段纯化后测序.使用MEGA 5.0软件对测序产物进行多序列比对并构建系统发育树,同时与国外利什曼原虫分离株的hsp70序列共同分析,观察利什曼原虫中国分离株在世界范围利什曼原虫的系统发育和分子进化中的地位.结果 中国各流行疫区利什曼原虫均获得约1 300 bp长度的hsp70基因片段,存在丰富的多态位点.中国23株利什曼原虫经hsp70基因分型聚集为四群,其中人来源的原虫分离株均在A群,为杜氏利什曼原虫(L.donovani),并分为杜氏利什曼原虫指名亚种(L.donovani)和杜氏利什曼原虫婴儿亚种(L.infantum)两个亚支;分离自新疆沙鼠或白蛉的6株利什曼原虫聚在B群,为都兰利什曼原虫(L.turanica);分离自新疆白蛉和内蒙古沙鼠的两株利什曼原虫为C群沙鼠利什曼原虫(L.gerbilli);分离自内蒙古蜥蜴和新疆白蛉的两株原虫为D群蜥蜴利什曼原虫(Sauroleishmania).结论 利什曼原虫中国分离株属于利什曼原虫亚属的不同种和蜥蜴利什曼原虫亚属,我国利什曼原虫分离株的种系发育复杂多样.
关键词： 利什曼原虫 种系发育 热休克蛋白70(hsp70)基因 -
人源隐孢子虫分离株种类鉴定与种系发育关系分析
目的 确定郑州某医院分离到1株隐孢子虫(PRHN)所属种/基因型.方法 用PCR对该分离株18S rRNA、HSP70、Cpn60和AOX进行PCR扩增,并对扩增产物进行测序,扩增序列经用DNAstar 和Clustal X与GenBank参考序列比对,用PAUP 4.0构建种系发育进化树,以确定该分离株与其他隐孢子虫虫种之间的亲缘关系.结果 通过18S rRNA、HSP70基因分析该分离株与Cryptosporidium parvum(C.parvum)鼠基因型同源性高,分别为99.9%和99.2%,在种系发育树上,PRHN均与C. parvum鼠基因型亲缘关系近;对Chaperponin 60(Cpn60)和Alternative oxidase (AOX)进行序列分析时,该分离株与本实验室分离到的猪隐孢子虫(C.suis)亲缘关系近.结论 该分离株为C. parvum鼠基因型.
