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C2株蓝氏贾第鞭毛虫组蛋白H4基因的克隆与同源性分析
目的 从C2株蓝氏贾第鞭毛虫(简称贾第虫)基因组中获得组蛋白H4基因序列并进行同源比对. 方法 采用组织/细胞基因组DNA提取试剂盒提取贾第虫的基因组DNA,利用Primer Premier 5软件设计特异性引物,应用PCR技术从贾第虫基因组中获得H4组蛋白基因,构建pGM-T重组载体,转化TOP10感受态细菌,挑选阳性克隆并进行序列分析,分析结果与美国WB株贾第虫及其他模式生物H4组蛋白基因和蛋白序列分别进行同源比对. 结果 成功克隆并得到C2株贾第虫H4组蛋白基因序列·基因片段大小为310 bp,同源比对结果显示其基因序列与美国WB株完全一致,进化树分析表明C2株贾第虫组蛋白H4基因在生物进化上较为独立,与其他物种存在较大分歧. 结论 C2株贾第虫与其他现存真核生物亲缘关系较为疏远,为进一步研究贾第虫的生物进化地位提供了实验资料.
关键词： C2株蓝氏贾第鞭毛虫 组蛋白 同源分析 -
16种常见凝固酶阴性葡萄球菌的快速分子鉴定
目的 建立对16种常见凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)的快速分子鉴定.方法 用gap基因对16种常见CNS进行扩增和测序,获得序列在GenBank进行比对,构建进化树进行同源分析,同时与16S rRNA基因比较.结果 16种常见CNS中,gap基因相似率介于39% ～ 98%,人葡萄球菌和与人葡萄球菌亚种相似率高(98%),腐生葡萄球菌与木糖葡萄球菌相似率低(39％),16SrRNA基因相似率介于96% ～ 99%,至少2种细菌99%以上相似率,多4种葡萄球菌99%以上相似率；进化树同源分析显示,两种方法在检测缓慢葡萄球菌与松鼠葡萄球菌、产色葡萄球菌与中间葡萄球菌和人葡萄球菌与人葡萄球菌亚种时,都有很高的可信度(99%以上),而对于其他10种细菌,gap基因同源分析有较少的不可靠信度(49%,56%),16S rRNA基因同源分析有较多不可靠信度(43%、43%、50%、56%、63%、65%、76%).结论 gap基因序列分析能够对16种常见CNS进行准确鉴定,同源分析可信度要明显优于16S rRNA基因.
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C2株蓝氏贾第鞭毛虫组蛋白H2B基因的克隆与同源性分析
目的 获取C2株蓝氏贾第鞭毛虫H2B组蛋白基因序列,与WB株蓝氏贾第鞭毛虫及其他物种进行同源分析.方法 PCR扩增获取H2B组蛋白基因,连接pGM T载体,转化E.coli DH5α感受态宿主细胞,挑选阳性克隆并进行序列分析,与美国WB株蓝氏贾第鞭毛虫及模式生物H2B组蛋白基因和蛋白序列进行同源分析.结果 测序C2株蓝氏贾第鞭毛虫H2B组蛋白基因序列,同源比对结果显示其基因序列与美国WB株完全一致,进化树分析表明贾第虫H2B组蛋白基因在进化过程中与其他物种分化较早.结论 蓝氏贾第鞭毛虫H2B组蛋白基因同源分析结果显示贾第虫与其他现存真核生物亲缘关系较为疏远,为进一步研究蓝氏贾第鞭毛虫的生物进化地位提供有价值的资料.
关键词： C2株蓝氏贾第鞭毛虫 H2B组蛋白 同源分析 -
问号钩体黄疸出血群赖型赖株特异性基因的筛选
通过抑制消减杂交技术,比较问号钩体黄疸出血群赖型赖株与双曲钩端螺旋体57001株之间基因组的差异,筛选致病钩体特有的基因片段.主要方法为以问号钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株为tester,非致病性双曲钩端螺旋体57001株为driver,培养后分别抽提基因组DNA,经Alu Ⅰ酶切后连接特殊设计的adaptor进行消减杂交和PCR,获得的消减混合物经T/A克隆后,转化入pMD18中建立消减杂交文库.经PCR和dot blot筛选鉴定阳性克隆,并进行测序及同源分析.结果显示在随机挑取的188个克隆中,有35个含有tester特异的DNA序列.特异性片段测序后进行生物信息学分析,发现.本研究筛选并分析了可能与钩体毒力相关的基因.为进一步探讨该基因地生物学功能及阐明问号钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株致病分子机制打下了基础.
