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副粘病毒Tianjin株基因组3'和5'末端序列测定及分析
目的 测定副粘病毒Tianjin株基因组3'和5'末端序列,分析其前导区一级及二级结构与功能的关系. 方法 从感染病毒的鸡胚尿囊液中提取总RNA,利用cDNA末端快速扩增(RACE)法分别扩增基因组3'和5'端cDNA片段,并克隆至pGM-T载体中,然后分别测定插入片段的核苷酸序列,用DNAStar软件将测得的3'和5'端前导区序列与GenBank中选取的6株仙台病毒代表株相应序列进行相似性比较及序列比对,用RNAdraw软件预测基因组3'和5'端前导区二级结构并进行比较分析. 结果 副粘病毒Tianjin株基因组3'和5'末端非编码区长度分别为119和142个核苷酸,前导区核苷酸序列与6株仙台病毒基因组的相似性分别在89.1%～96.4%和93.0%～96.5%,二级结构与选取的已知仙台病毒株高度相似而且稳定. 结论 副粘病毒Tianjin株基因组3'和5'端前导区序列相对保守,可能与病毒复制、转录调控及致病性有关.
关键词： 副粘病毒 仙台病毒 3'和5'端前导区 cDNA末端快速扩增法 二级结构 -
家族性急性髓系白血病相关新基因FAMLF cDNA全长的克隆及其生物功能分析
目的 克隆家族性急性髓系白血病(AML)相关新基因cDNA全长,在分子水平上探讨急性白血病发生发展的机制.方法 以构建的家族性AML抑制性消减文库中1个有差异表达的新基因EST序列zywb87(GenBank注册号CV973101)为基础,应用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆其全长cDNA,应用生物信息学对其功能进行初步分析,应用一步法半定量RT-PCR检测其在AML患者及正常人中的表达.结果 获得了家族性AML相关新基因FAMLF的cDNA全长,该基因定位于染色体lq31.3,cDNA全长2313 bp,开放读码框(ORF)为249 bp,编码82个氨基酸的蛋白质,含有信号肽,富含亮氨酸重复单位(LRR_SD22),内在固有无序结构域等功能区.Blast检索为功能未知的新基因,已被GenBank收录,并命名为FAMLF,核酸注册号为EF413001,蛋白质注册号为ABN58747.新基因FAMLF在AML患者中的表达明显高于正常人,差异有统计学意义(2.61±0.66 vs 0.97±0.51,P<0.01).结论 成功获得一个家族性AML相关新基因FAMLF cDNA全长,FAMLF基因在AML中高表达,可能是具有一定生物功能的新基因.
