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弹性模量与表观密度的分段函数关系用于股骨近端的结构模拟
目前,在用功能适应性理论与有限元相结合,进行计算机数值模拟骨再造时,大多数研究者对于不同的表观密度,都是将表观密度和弹性模量的关系取为一种形式.由于松质骨的各向异性,其结构形式的多样性、复杂性,认为用一个统一的模型来描述其结构性能存在一定的问题.本研究基于松质骨胞元模型理论,提出与实际更加接近的松质骨弹性模量与表观密度的分段函数关系,使得弹性模量与表观密度关系的确立有一定的理论基础.利用Mullender等[1]提出的骨自我组织控制过程微分方程来控制骨再造过程,与有限元相结合,将这种松质骨的弹性模量与表观密度的分段函数关系应用到股骨近端结构的模拟预测中,不但能根据模拟得到的内部密度分布给出其内部结构的具体胞元结构形式,而且可以大大提高迭代的收敛速度,因此是一项具有一定的理论意义和实际应用价值的工作.
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HCV IRES特异性抑制性RNA结构模拟及在体外对病毒翻译启动的抑制作用
[摘要]目的 计算机模拟IRNA二级结构,研究HCV IRES特异性抑制性RNA对HCVIRES介导蛋白翻译的体外抑制作用.方法 应用计算机软件模拟IRNA二级结构;体外化学合成IRNA及其互补体的cDNA,以AatⅡ和Xba Ⅰ双酶切后克隆入具有自剪切作用的顺式核酸载体pGEMRz中;应用酶切方法、PCR方法和测序法对重组载体进行三重鉴定.
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2例1型糖尿病患者外周血TCR Vβ7分子结构模拟与分析
目的：模拟和分析2例1型糖尿病（T1D）患者外周血TCR Vβ7的结构。方法以荧光定量PCR熔解曲线分析技术检测T1D患者外周血TCR Vβ7的谱系漂移，利用IMGT数据库和生物信息学软件（CPH Models 2.0 Server和 RasMol 2 Software）模拟分析其分子结构。结果2例T1D患者外周血的TCR Vβ7拥有极为相似的氨基酸序列“CASRTAGQYEQYFGPGTR”和“CASRTAGQYEQFFGPGTR”，唯一不同的是第十二个氨基酸残基，前者为酪氨酸（Y），后者为苯丙氨酸（F）。分子模拟显示，两者TCR Vβ7基因结构明显不同。结论不同T1D患者来源的TCR Vβ7即使具有相似或相同的氨基酸序列，分子结构未必相同；其可能来自于不同的T细胞克隆。
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人类多肽:N-乙酰氨基半乳糖转移酶2蓖麻蛋白样结构域的折叠识别和结构模拟
目的对人类多肽:N-乙酰氨基半乳糖转移酶2蓖麻蛋白样结构域进行三维结构预测.方法利用网络结构模拟SWISS-MODEL服务器进行结构模拟.结果发现其采用的是β-三叶草折叠方式,二级结构主要为β链,通过与模板蛋白的结构比较,对其可能的活性位点进行了预测.结论该酶具有蓖麻蛋白样结构域.
关键词： 结构模拟 蓖麻蛋白样结构域 swiss-model -
人类N-乙酰化酶2蛋白质三维结构的计算机模拟技术的研究进展
NAT2是人体内重要的代谢酶,主要参与含氮药物的代谢.目前对NAT2基因序列测定和药物代谢等方面已经进行了大量的研究.近年来人们对蛋白质的三维(立体)结构的模拟越来越关注,但是对NAT2的三维立体结构以及它与药物结合的构效关系等研究仅处在一个起步阶段.该文对NAT2三维立体结构的构建的研究进展作一综述,着重介绍蛋白质立体结构的构建方法 和工具的研究情况.
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人胃癌血管特异性结合多肽的体内筛选及其三维结构模拟的初步分析
目的: 利用噬菌体随机环七肽库在小鼠肾包膜下荷人胃癌模型体内筛选能够与人胃癌血管内皮细胞结合的特异性分子,对其多肽进行计算机空间结构模拟分析. 方法:制备免疫抑制小鼠肾包膜下人胃癌移植瘤模型,用随机环七肽库在其体内进行4轮筛选,对随机获得的14个克隆进行测序. 通过细胞ELISA检测所得到的特异性小肽在脐静脉内皮细胞(HUVEC),SGC7901,LoVo,Eca-109及Hep-G2细胞系上的结合能力. 并通过计算机分子模拟多肽CGNSNPKSC的空间结构. 结果:成功获得14个噬菌体克隆,并呈现出2种氨基酸序列,其中多肽CGNSNPKSC,相比于对照细胞SGC7901, LoVo, Eca-109, Hep-G2,其同HUVEC结合能力明显增强. 利用计算机技术成功地模拟并分析了该多肽的空间结构. 结论:多肽CGNSNPKSC同血管内皮细胞结合能力较强;空间结构稳定,是一个高亲水多肽,更容易形成折曲的抗原表位,很有可能是一个极具肿瘤血管靶向治疗前景的多肽.
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结核分枝杆菌的aceA基因的克隆、序列测定及生物信息学分析
目的克隆编码结核分枝杆菌异柠檬酸裂合酶的基因aceA (1915,1916),对其全序列进行测定,并以生物信息学方法和软件分析其生物学特性,为进一步研究该酶的功能提供信息资料.方法用PCR系统扩增出异柠檬酸裂合酶基因片段,将其插入载体pET28a,对其全序列进行测定;利用序列对比分析、蛋白氨基酸序列分析及结构预测软件进行生物信息学分析和模拟.结果克隆的基因序列与报道的序列完全一致,aceA与icl及其他编码异柠檬酸裂合酶基因同源性很高,具有保守氨基酸共有序列;初步模拟出了该蛋白的三级结构.结论本研究通过对aceA基因序列和氨基酸进行生物信息学分析,获取了该酶的信息特征,并与现有的报道结果进行对比分析,为分子生物学诊断、治疗和药靶筛选提供理论依据.
