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皮肤黑色素瘤芯片数据与生物信息学分析方法介绍
目的 皮肤黑色素瘤是一种恶性程度非常高的肿瘤,预后较差,早期易出现淋巴及血路转移.本研究通过对皮肤黑色素瘤和良性痣基因芯片进行数据挖掘及生物信息学分析,为两者鉴别诊断及探索黑色素瘤的发病机制及潜在药物靶点提供参考.方法 从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中选取45例皮肤黑色素瘤组织和18例良性痣组织的基因芯片进行生物信息学分析,筛选出差异基因,并采用DAVID(database for annotation,visualization and integrated discovery)和STRING(search tool for the retrival of interacting genes/proteins)数据库对差异基因进行基因功能、信号通路和蛋白互作分析.结果 共找到1 857个满足条件的差异基因,其中821个基因上调,上调差异表达基因主要涉及细胞增殖、有丝分裂、细胞周期和ECM-受体相互作用等;1 036个基因下调,下调差异表达基因主要涉及细胞黏附、炎症反应、免疫应答、氧化还原反应、PPAR和Rap1信号通路等,通过蛋白互作分析共选出10个关键基因GAPDH、AKT1、SRC、EGFR、CDK1、CAD、IGF1、PCNA、BIRC5和MMP-9.结论 GAPDH等关键基因可能促进了皮肤黑色素瘤的发生并参与了细胞增殖、黏附、炎症反应等生物学过程,后续依然有待于研究.除此之外,这些基因也为皮肤黑色素瘤鉴别诊断及探索黑色素瘤发病机制及药物靶点提供了参考.
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皮肤恶性黑色素瘤与良性痣基因表达差异的研究
目的 通过癌症相关基因芯片比较中国人皮肤恶性黑色素瘤与良性痣及正常皮肤间的基因表达谱差异,探讨中国人皮肤恶性黑色素形成相关的差异表达基因.方法 收集我科收治的皮肤恶性黑色素瘤标本及肿瘤旁正常皮肤组织6例、良性痣标本10例.抽提出总RNA用生物素标记后与美国SUPERARRY公司的OHS802癌症相关基因芯片结合,通过计算机扫描,数据分析筛选差异表达基因,并针对差异表达基因采用RT-PCR法验证.结果 经比较440条癌症相关基因中31条基因存在明显表达差异,其中与正常皮肤及良性痣标本相比,恶性黑色素瘤中表达上调的有24条,下调的有7条.结论 基因表达谱芯片技术可以有效地筛选出皮肤恶性黑色素瘤和良性痣及正常皮肤组织的差异表达基因,这些差异表达的基因包括多种癌症相关的基因,其中ITGA3及ILK基因在癌旁正常皮肤、良性痣及恶性黑色素瘤中表达水平依次升高,可应用于对恶性黑色素发病机制的进一步研究.
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4种免疫标记物在恶性黑色素瘤和良性痣中的表达
目的 探讨4种免疫标记物在恶性黑色素瘤(malignant melanoma,MM)及良性痣(benign nevus,BN)中的表达及意义.方法 应用免疫组织化学技术检测27例MM、23例BN组织标本中HMB-45、S-100、黑色素A(Melan-A)、B细胞淋巴细胞瘤2(B-cell lymphoma-2,Bcl-2)的表达情况.结果 HMB-45在MM中表达较BN明显升高(P＜0.01),而S-100、Melan-A、Bcl-2在MM及BN中均呈不同程度阳性表达,无统计学差异.4种标记物在MM中表达无相关性.淋巴结转移性MM中,HMB-45呈阴性表达；在梭形细胞型MM中,Melan-A呈阴性表达.结论 HMB-45在良、恶性黑色素肿瘤中有鉴别意义,S-100、Melan-A、Bcl-2可作为黑色素肿瘤的诊断标记物,但需多种标记物联合应用,才能提高黑色素肿瘤诊断的准确率.
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5种免疫标记物在鉴别良、恶性黑色素肿瘤中的作用
目的：探讨5种免疫标记物在鉴别恶性黑色素瘤（ MM）及良性痣（ BN）中的意义。方法应用免疫组织化学技术检测27例MM、23例BN中周期素D1（ CyclinD1）、P53、HMB－45、黑色素A（ Melan－A）及增殖指数ki－67的表达情况。结果 CyclinD1、P53、HMB－45在MM中呈不同程度阳性表达，阳性率分别为67％、44％、89％；在BN中均呈阴性或少量细胞有表达。而Melan－A在MM及BN中均呈不同程度阳性表达，阳性率分别为85％及100％。 ki－67在MM中明显高于BN。相关性分析发现，P53与ki－67及Melan－A之间有显著相关性。结论 CyclinD1、P53与ki－67可用于临床诊断工作中，与HMB－45及Melan－A等经典黑色素肿瘤标记物相结合，有助于提高MM诊断的准确率。
